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- PDB-3og9: Structure of YahD with Malic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3og9
タイトルStructure of YahD with Malic acid
要素protein yahD a copper inducible hydrolase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / copper homeostasis / malic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Dienelactone hydrolase / Dienelactone hydrolase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / DLH domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Martinez Font, J. / Mancini, S. / Tauberger, E. / Moniot, S.
引用ジャーナル: Fems Microbiol.Lett. / 年: 2011
タイトル: Regulation and structure of YahD, a copper inducible alpha/beta hydrolase of Lactococcus lactis IL1403
著者: Martinez, J. / Mancini, S. / Tauberger, E. / Weise, C. / Saenger, W. / Solioz, M.
履歴
登録2010年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein yahD a copper inducible hydrolase
B: protein yahD a copper inducible hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4454
ポリマ－47,1772
非ポリマー2682
水8,773487
1
A: protein yahD a copper inducible hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7232
ポリマ－23,5891
非ポリマー1341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: protein yahD a copper inducible hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7232
ポリマ－23,5891
非ポリマー1341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.640, 79.070, 130.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 protein yahD a copper inducible hydrolase


分子量: 23588.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
株: IL1403 / 遺伝子: yahD, LL0076, L795, L79507 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CJC1
#2: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE UNP ENTRY Q9CJC1 SHOULD HAVE RESIDUES 191T AND 199K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 37.5% PEG 3350, 150mM DL-Malic acid pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月9日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→40 Å / Num. obs: 34965 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 0.159
反射 シェル解像度: 1.88→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0040精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB CODE 2hli

2hli


解像度: 1.88→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 3.158 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22422 1749 5 %RANDOM
Rwork0.16944 ---
obs0.17216 33213 100 %-
all-34965 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.441 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3275 0 18 487 3780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.9654721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3215441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.73325.647170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.36215625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.941512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22400
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0431.52208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53823440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.51331436
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8414.51281
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 127 -
Rwork0.203 2410 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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