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万見
- PDB-4a2w: Structure of full-length duck RIG-I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a2w
タイトルStructure of full-length duck RIG-I
要素RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
キーワードHYDROLASE / SUPERFAMILY 2 RNA HELICASE / ATP AND DSRNA BINDING / CARD / ANTIVIRAL SIGNALLING PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / antiviral innate immune response / double-stranded RNA binding / hydrolase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / RIG-I, CARD domain repeat 2 / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : ...phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / RIG-I, CARD domain repeat 2 / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ANAS PLATYRHYNCHOS (アヒル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Kowalinski, E. / Lunardi, T. / McCarthy, A.A. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for the Activation of Innate Immune Pattern Recognition Receptor Rig-I by Viral RNA.
著者: Kowalinski, E. / Lunardi, T. / Mccarthy, A.A. / Louber, J. / Brunel, J. / Grigorov, B. / Gerlier, D. / Cusack, S.
履歴
登録2011年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references
改定 1.22019年3月27日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
B: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,8322
ポリマ－213,8322
非ポリマー00
水00
1
A: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,9161
ポリマ－106,9161
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,9161
ポリマ－106,9161
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.320, 163.320, 152.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A91 - 186
2111B91 - 186
1121A245 - 450
2121B245 - 450
1221A750 - 790
2221B750 - 790
1131A470 - 600
2131B470 - 600
1141A610 - 698
2141B610 - 698
1241A729 - 740
2241B729 - 740
1151A1 - 90
2151B1 - 90

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999274, -0.00999, 0.036753), (0.009332, -0.999794, -0.018035), (0.036925, -0.017678, 0.999162)34.29549, -33.58417, -0.92796

-
要素

#1: タンパク質 RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I / RIG-I


分子量: 106916.117 Da / 分子数: 2 / 断片: FULL-LENGTH, RESIDUES 2-933 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ANAS PLATYRHYNCHOS (アヒル) / プラスミド: PFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: D3TI84
配列の詳細EXTRA GAM AT N-TERMINUS AFTER HIS-TAG CLEAVAGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 7 MG/ML PROTEIN 0.1 M KCL, 0.01M MGCL2, TRIS PH 8.5, 30% PEG 4000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.037
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.037 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 22592 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.93 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 3.7→4 Å / 冗長度: 8.09 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0116精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RIG-I HELICASE

解像度: 3.7→42.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 96.431 / SU ML: 0.622 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.736 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27365 1160 5.1 %RANDOM
Rwork0.21836 ---
obs0.22118 21432 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 148.465 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å20 Å20 Å2
2---1.23 Å20 Å2
3---2.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→42.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10880 0 0 0 10880
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0211086
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1291.96714957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.846318641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.16651342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00124.586532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.152152101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6271578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1348tight positional0.020.05
12B1348tight positional0.020.05
21A3240tight positional0.020.05
22B3240tight positional0.020.05
31A1688tight positional0.030.05
32B1688tight positional0.030.05
41A896tight positional0.020.05
42B896tight positional0.020.05
51A1229tight positional0.020.05
52B1229tight positional0.020.05
11A1348tight thermal7.170.5
12B1348tight thermal7.170.5
21A3240tight thermal5.90.5
22B3240tight thermal5.90.5
31A1688tight thermal7.10.5
32B1688tight thermal7.10.5
41A896tight thermal8.310.5
42B896tight thermal8.310.5
51A1229tight thermal6.360.5
52B1229tight thermal6.360.5
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 61 -
Rwork0.334 1424 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5539-2.1845-2.45321.7316-1.68596.75420.0688-0.5707-0.5896-0.105-0.1632-0.1310.71290.79820.09440.89140.1764-0.13591.3469-0.14141.452658.6031-21.3627-18.5303
212.87913.7034-0.55443.59211.36239.38010.01880.3710.4678-0.08210.2992-0.854-0.02971.2656-0.31810.1865-0.02540.15260.8645-0.2250.583940.6779-6.5638-20.4581
35.02482.9628-2.76243.8601-1.48172.098-0.28740.26150.52030.65350.2491-0.0142-0.08110.34850.03820.9154-0.2451-0.25220.60590.25960.588324.536442.1836-26.8143
45.4762-2.42543.39645.6003-3.8289.48510.05210.4760.2097-0.23640.2702-0.1056-0.17270.7403-0.32230.0968-0.1430.120.2839-0.15460.168315.32672.2712-14.4368
55.83313.44422.14012.17471.48961.2443-0.46751.93961.2319-0.17010.4710.745-0.199-0.2913-0.00351.16860.1642-0.10973.05080.60481.9354-24.9124-12.4859-16.7536
618.17634.0488-1.7723.2731-3.78075.7374-0.62872.3681-1.5556-0.3191.0170.55630.1753-1.8652-0.38830.8604-0.1969-0.09061.6944-0.99951.2514-6.8476-26.757-19.7585
73.37512.98341.47726.61181.68613.94230.0771-0.6062-0.15260.0805-0.19670.41990.046-0.81210.11970.91490.25230.0480.48670.10711.130216.3383-79.1412-25.7254
86.1865-5.498-3.56988.38175.45118.5774-0.25850.0269-0.6544-0.00290.04650.20720.81030.17250.21210.70680.00320.0320.02820.00970.416818.7258-35.5721-14.1395
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2A90 - 186
3X-RAY DIFFRACTION3A245 - 466
4X-RAY DIFFRACTION3A745 - 794
5X-RAY DIFFRACTION4A467 - 744
6X-RAY DIFFRACTION5B1 - 89
7X-RAY DIFFRACTION6B90 - 186
8X-RAY DIFFRACTION7B245 - 466
9X-RAY DIFFRACTION7B745 - 794
10X-RAY DIFFRACTION8B467 - 744

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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