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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zum | ||||||
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タイトル | Photosynthetic Reaction Centre Mutant with Phe L146 replaced with Ala | ||||||
![]() | (REACTION CENTER PROTEIN ...) x 3 | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / ELECTRON TRANSFER / PRIMARY CHARGE SEPARATION / CHARGE RECOMBINATION / TRANSIENT ABSORPTION SPECTROSCOPY | ||||||
機能・相同性 | ![]() plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gibasiewicz, K. / Pajzderska, M. / Potter, J.A. / Fyfe, P.K. / Dobek, A. / Brettel, K. / Jones, M.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of Recombination of the P(+)H(A)(-) Radical Pair in Mutant Rhodobacter Sphaeroides Reaction Centers with Modified Free Energy Gaps between P(+)B(A)(-) and P(+)H(A)(-). 著者: Gibasiewicz, K. / Pajzderska, M. / Potter, J.A. / Fyfe, P.K. / Dobek, A. / Brettel, K. / Jones, M.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 200.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-REACTION CENTER PROTEIN ... , 3種, 3分子 HLM
#1: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 31270.295 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 34398.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
-非ポリマー , 8種, 225分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SPN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SPN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-LDA / #6: 化合物 | ChemComp-BCL / #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-FE / | #10: 化合物 | ChemComp-SPN / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, 0.09% LDAO, 3.5% 1,2,3 HEPTANETRIOL, 0.75 M POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→119 Å / Num. obs: 68081 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 57.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 2.5→119.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.25 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES M303-307, H1-10, H246-260 WERE NOT LOCATED IN THE STRUCTURE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.731 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→119.52 Å
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拘束条件 |
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