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- PDB-1l9b: X-Ray Structure of the Cytochrome-c(2)-Photosynthetic Reaction Ce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l9b
タイトルX-Ray Structure of the Cytochrome-c(2)-Photosynthetic Reaction Center Electron Transfer Complex from Rhodobacter sphaeroides in Type II Co-Crystals
要素
  • (REACTION CENTER PROTEIN ...) x 3
  • cytochrome c-2
キーワードPHOTOSYNTHESIS / bacterial photosynthesis / protein-protein interaction / electron transfer proteins / membrane proteins / protein complexes
機能・相同性
機能・相同性情報


: / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / periplasmic space ...: / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Cytochrome c, class IA/ IB / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit ...Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Cytochrome c, class IA/ IB / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Cytochrome c / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / UBIQUINONE-10 / Cytochrome c2 / Reaction center protein M chain / Reaction center protein L chain / Cytochrome c2 ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / UBIQUINONE-10 / Cytochrome c2 / Reaction center protein M chain / Reaction center protein L chain / Cytochrome c2 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Reaction center protein H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Axelrod, H.L. / Abresch, E.C. / Okamura, M.Y. / Yeh, A.P. / Rees, D.C. / Feher, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: X-ray structure determination of the cytochrome c2: reaction center electron transfer complex from Rhodobacter sphaeroides.
著者: Axelrod, H.L. / Abresch, E.C. / Okamura, M.Y. / Yeh, A.P. / Rees, D.C. / Feher, G.
履歴
登録2002年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: REACTION CENTER PROTEIN L CHAIN
M: REACTION CENTER PROTEIN M CHAIN
H: REACTION CENTER PROTEIN H CHAIN
C: cytochrome c-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,67926
ポリマ－107,2994
非ポリマー9,38022
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.222, 115.650, 79.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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REACTION CENTER PROTEIN ... , 3種, 3分子 LMH

#1: タンパク質 REACTION CENTER PROTEIN L CHAIN / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P02954, UniProt: P0C0Y8*PLUS
#2: タンパク質 REACTION CENTER PROTEIN M CHAIN / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34398.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P02953, UniProt: P0C0Y9*PLUS
#3: タンパク質 REACTION CENTER PROTEIN H CHAIN / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P11846, UniProt: P0C0Y7*PLUS

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#4: タンパク質 cytochrome c-2


分子量: 13488.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P00095, UniProt: P0C0X8*PLUS

-
非ポリマー , 10種, 307分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#7: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#8: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 148.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#10: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#13: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% PEG 4000, 0.06%(w/v) lauryldimethylamine-N-oxide, 3.9%(w/v) heptane-1,2,3-triol, 15 mM Tricine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
17.7 mg/mlprotein1drop
22 mg/mlcytochrome c21drop
310 %(w/v)PEG40001drop
40.06 %(w/v)LDAO1drop
53.9 %(w/v)heptanetriol1drop
615 mMTricine1droppH8.5
722 %(w/v)PEG40001reservoir
850 mMTricine1reservoirpH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月18日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.73 Å / Num. all: 50331 / Num. obs: 50331 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 63.2 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 6325 / Rsym value: 0.326 / % possible all: 83.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 196158 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.7 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID Code 1AIJ and 1CXC are starting models for the reaction center and cytochrome c2 respectively.

1aij

1cxc


解像度: 2.4→45.73 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues listed in remark 465 are missing due to lack of electron density. Atoms on the isoprenoid tail of BCL 1001, BPH 1005, and U10 1008 are missing due to the lack of electron density. ...詳細: Residues listed in remark 465 are missing due to lack of electron density. Atoms on the isoprenoid tail of BCL 1001, BPH 1005, and U10 1008 are missing due to the lack of electron density. The 3.6 Angstrom distance between the sidechains of Lys C10 and Asp M292 cannot be corroborated because of the lack of complete sidechain electron density for Lys C10.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2523 -random
Rwork0.22 ---
all-50307 --
obs-50307 96.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-26.131 Å20 Å22.077 Å2
2---28.599 Å20 Å2
3---2.468 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7202 0 615 285 8102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00761
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.294
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.799
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9267
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4-2.490.44662170.4311419281.1
2.49-2.590.38972200.36476191.8
2.59-2.70.34962550.3062503397.1
2.7-2.850.31182830.2653513299
2.85-3.020.2962680.2391514899.6
3.02-3.260.27822610.2267519899.9
3.26-3.580.26642430.2083519699.9
3.58-4.10.26152480.2007519499.9
4.1-5.170.21412610.1777519599.6
5.17-500.23172670.2026525999.3
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.264 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.799
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9267
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.4466 / Rfactor Rwork: 0.4311 / Rfactor obs: 0.4311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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