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万見
- PDB-2zy9: Improved crystal structure of magnesium transporter MgtE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zy9
タイトルImproved crystal structure of magnesium transporter MgtE
要素Mg2+ transporter MgtE
キーワードMEMBRANE PROTEIN / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion transport / magnesium ion transmembrane transporter activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SLC41 divalent cation transporters, integral membrane domain / MgtE N-terminal fold / MgtE N-terminal domain-like / MgtE, N-terminal domain superfamily / SLC41A/MgtE, integral membrane domain / Magnesium transporter, MgtE intracellular domain / Magnesium transporter MgtE / SLC41A/MgtE divalent cation transporters, integral membrane domain superfamily / Divalent cation transporter / MgtE intracellular N domain ...SLC41 divalent cation transporters, integral membrane domain / MgtE N-terminal fold / MgtE N-terminal domain-like / MgtE, N-terminal domain superfamily / SLC41A/MgtE, integral membrane domain / Magnesium transporter, MgtE intracellular domain / Magnesium transporter MgtE / SLC41A/MgtE divalent cation transporters, integral membrane domain superfamily / Divalent cation transporter / MgtE intracellular N domain / MgtE intracellular N domain / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / Tetracycline Repressor; domain 2 / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Alpha Horseshoe / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Magnesium transporter MgtE
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Nureki, O. / Ishitani, R. / Hattori, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Mg(2+)-dependent gating of bacterial MgtE channel underlies Mg(2+) homeostasis
著者: Hattori, M. / Iwase, N. / Furuya, N. / Tanaka, Y. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Maguire, M.E. / Ito, K. / Maturana, A. / Nureki, O.
履歴
登録2009年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: struct_keywords / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text ..._struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mg2+ transporter MgtE
B: Mg2+ transporter MgtE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,29915
ポリマ－104,9832
非ポリマー31613
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11130 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area36030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.364, 76.527, 160.037
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Mg2+ transporter MgtE / magnesium transporter


分子量: 52491.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: MgtE / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q5SMG8
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8% PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月17日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→50 Å / Num. all: 35174 / Num. obs: 33428 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 76.65 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.94→2.99 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1480 / Rsym value: 0.219 / % possible all: 84.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ABC

1abc


解像度: 2.94→26.713 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.641 / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 40.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 1626 4.99 %RANDOM
Rwork0.255 30963 --
obs0.257 32589 95.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.018 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 244.46 Å2 / Biso mean: 119.193 Å2 / Biso min: 57.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.399 Å20 Å2-27.112 Å2
2--17.017 Å20 Å2
3----35.417 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→26.713 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6455 0 13 0 6468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8079029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8392279
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.94-3.0260.5211120.4492284239685
3.026-3.1240.4431210.3942449257090
3.124-3.2360.4291290.3552495262492
3.236-3.3650.431280.3222544267295
3.365-3.5180.3891260.2812577270395
3.518-3.7030.3281430.2552585272896
3.703-3.9340.2531410.2152586272797
3.934-4.2360.261500.2052637278797
4.236-4.6610.251350.1932670280598
4.661-5.3310.271560.1922685284199
5.331-6.6980.31410.2492708284999
6.698-26.7140.2431440.2542743288797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.99340.3049-0.89291.5184-1.4030.8390.25680.0307-0.40140.13660.26310.12050.25350.0695-0.20240.8933-0.1954-0.04431.0443-0.00180.999713.4423-17.304415.8868
21.9489-0.31040.20261.18561.42362.04840.1096-0.1668-0.0864-0.3018-0.03880.1827-0.1292-0.0152-0.12910.7565-0.11650.00070.67370.01270.778831.7296-2.24666.0451
33.1986-0.391-2.20571.1775-0.50582.3498-0.64711.3318-0.1022-1.061-0.0735-0.29221.1924-2.12410.29821.64540.0634-0.12331.70540.10120.767326.2414-12.78637.3932
42.4944-0.38272.06311.5032-1.70272.8592-0.1761-0.30170.21980.1709-0.0785-0.20910.0587-0.20210.07610.8720.04440.03660.73390.00940.77143.2166-3.019153.4923
51.76521.9151-0.07930.9848-1.012.4454-0.0762-0.4222-0.06130.1914-0.2717-0.3708-1.6595-0.07880.33721.6453-0.0092-0.50770.86340.05891.183238.467322.882420.2386
61.8615-1.8201-0.11320.51150.39663.448-0.6755-0.52190.0182-0.3623-0.0842-0.0301-1.8358-2.07110.39420.75570.1809-0.10061.0023-0.09020.705215.88511.963113.4176
70.0269-0.75220.96040.21320.67231.6328-0.9141-0.43670.8692-1.0076-0.01110.246-0.347-0.18070.52281.5766-0.1751-0.18031.53260.14670.547735.55658.911339.1303
80.7171.47510.60472.17421.58873.73830.1592-0.760.04940.5238-0.07790.18920.7235-1.2836-0.12090.8839-0.24440.11421.17930.1150.751627.4972-8.718756.7317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 23:130
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 131:260
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 261:276
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 277:449
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resseq 20:130
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resseq 131:260
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resseq 261:276
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resseq 277:449

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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