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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l9b | ||||||
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タイトル | X-Ray Structure of the Cytochrome-c(2)-Photosynthetic Reaction Center Electron Transfer Complex from Rhodobacter sphaeroides in Type II Co-Crystals | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / bacterial photosynthesis / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / electron transfer proteins (電子移動反応) / membrane proteins (膜タンパク質) / protein complexes (タンパク質複合体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / 光合成 / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 ...: / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / 光合成 / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / ペリプラズム / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Axelrod, H.L. / Abresch, E.C. / Okamura, M.Y. / Yeh, A.P. / Rees, D.C. / Feher, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: X-ray structure determination of the cytochrome c2: reaction center electron transfer complex from Rhodobacter sphaeroides. 著者: Axelrod, H.L. / Abresch, E.C. / Okamura, M.Y. / Yeh, A.P. / Rees, D.C. / Feher, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l9b.cif.gz | 223.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l9b.ent.gz | 173.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l9b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/1l9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/1l9b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-REACTION CENTER PROTEIN ... , 3種, 3分子 LMH
#1: タンパク質 | 分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P02954, UniProt: P0C0Y8*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 34398.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P02953, UniProt: P0C0Y9*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P11846, UniProt: P0C0Y7*PLUS |
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#4: タンパク質 | 分子量: 13488.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P00095, UniProt: P0C0X8*PLUS |
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-非ポリマー , 10種, 307分子
#5: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||||||||||||
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#6: 化合物 | ChemComp-BCL / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-LDA / #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #11: 化合物 | ChemComp-CL / | #12: 化合物 | ChemComp-U10 / | #13: 化合物 | ChemComp-HEM / | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10% PEG 4000, 0.06%(w/v) lauryldimethylamine-N-oxide, 3.9%(w/v) heptane-1,2,3-triol, 15 mM Tricine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 19 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月18日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→45.73 Å / Num. all: 50331 / Num. obs: 50331 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 63.2 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 6325 / Rsym value: 0.326 / % possible all: 83.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 196158 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.7 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID Code 1AIJ and 1CXC are starting models for the reaction center and cytochrome c2 respectively. 解像度: 2.4→45.73 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Residues listed in remark 465 are missing due to lack of electron density. Atoms on the isoprenoid tail of BCL 1001, BPH 1005, and U10 1008 are missing due to the lack of electron density. ...詳細: Residues listed in remark 465 are missing due to lack of electron density. Atoms on the isoprenoid tail of BCL 1001, BPH 1005, and U10 1008 are missing due to the lack of electron density. The 3.6 Angstrom distance between the sidechains of Lys C10 and Asp M292 cannot be corroborated because of the lack of complete sidechain electron density for Lys C10.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 61.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.264 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.4466 / Rfactor Rwork: 0.4311 / Rfactor obs: 0.4311 |