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- PDB-3zmo: VP16, a capsid protein of bacteriophage P23-77 (VP16-type-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zmo
タイトルVP16, a capsid protein of bacteriophage P23-77 (VP16-type-1)
要素VP16
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性Jelly Rolls - #1180 / : / Major capsid protein VP16-like / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / identical protein binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / VP16
機能・相同性情報
生物種THERMUS PHAGE P23-77 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rissanen, I. / Grimes, J.M. / Pawlowski, A. / Mantynen, S. / Harlos, K. / Bamford, J.K.H. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Bacteriophage P23-77 Capsid Protein Structures Reveal the Archetype of an Ancient Branch from a Major Virus Lineage.
著者: Rissanen, I. / Grimes, J.M. / Pawlowski, A. / Mantynen, S. / Harlos, K. / Bamford, J.K.H. / Stuart, D.I.
履歴
登録2013年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5287
ポリマ－19,1281
非ポリマー4006
水3,819212
1
A: VP16
ヘテロ分子

A: VP16
ヘテロ分子

A: VP16
ヘテロ分子

A: VP16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,11028
ポリマ－76,5114
非ポリマー1,59924
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_755-x+y+2,y,-z1
crystal symmetry operation4_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area17140 Å2
ΔGint-68.9 kcal/mol
Surface area31660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.850, 61.850, 251.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1175-

NA

21A-1176-

NA

31A-1177-

PEG

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要素

#1: タンパク質 VP16


分子量: 19127.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SUBUNIT OF A STRAND-SWAPPED HOMODIMER / 由来: (組換発現) THERMUS PHAGE P23-77 (ファージ) / プラスミド: PIR2 (ORF16/PET22B) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: C8CHL4
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION SYSTEM, MICROLITER DROPS OF PROTEIN (2-3 MG/ML IN 20 MM TRIS-BUFFER PH 7.4) MIXED 1:1 WITH A SOLUTION CONSISTING 5%(W/V) PEG1000 AND 5%(W/V) PEG8000 (DISSOLVED IN AUTOCLAVED WATER).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→62.8 Å / Num. obs: 27581 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.5 % / Biso Wilson estimate: 33.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 21 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ARP/wARPモデル構築
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
xia2位相決定
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
ARP/wARP位相決定
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→53.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9546 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9298 / SU R Cruickshank DPI: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.103 / SU Rfree Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.093 / 詳細: RESIDUE 1 IS DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2148 1383 5.03 %RANDOM
Rwork0.1885 ---
obs0.1898 27503 99.62 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7265 Å20 Å20 Å2
2--0.7265 Å20 Å2
3----1.4529 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.305 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→53.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1345 0 24 212 1581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011433HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.031977HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d480SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes36HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes201HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1433HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion178SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1706SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.87 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 147 5.37 %
Rwork0.206 2591 -
all0.2071 2738 -
obs--99.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2828-0.20460.6883-0.1157-0.81560.1534-0.01660.0014-0.00490.03230.0097-0.02050.0390.02530.0069-0.04210.1044-0.00150.17270.1746-0.08881.7602-15.120634.7436
22.1875-0.47320.08370.3118-0.13443.2299-0.0294-0.0081-0.03550.059-0.1208-0.0345-0.0144-0.28260.1501-0.1749-0.0192-0.00410.0508-0.0134-0.056555.61170.758816.8908
31.1125-0.3294-1.18111.50190.69522.9363-0.07210.07360.02420.09530.0041-0.0069-0.1021-0.33050.0679-0.15240.0090.0060.1247-0.0215-0.063950.40383.789819.6123
42.2249-0.8871-2.762-0.98350.99073.2774-0.00270.0233-0.0470.038-0.077-0.00860.0186-0.11920.0797-0.1567-0.0312-0.01410.2303-0.114-0.071842.25542.541626.3701
50.3853-0.2928-0.3711.38151.0422.1648-0.02050.00150.06120.1121-0.0167-0.0921-0.2792-0.17290.0372-0.07970.0659-0.0350.1216-0.0432-0.032851.71210.618521.3906
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 2-16
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 17-78
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 79-105
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 106-126
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 127-173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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