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- PDB-2hfb: Crystal structure of selenomethionine-labelled RafE from Streptoc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2hfb | ||||||
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Title | Crystal structure of selenomethionine-labelled RafE from Streptococcus pneumoniae | ||||||
![]() | Sugar ABC transporter, sugar-binding protein | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Periplasmic binding protein | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Paterson, N.G. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Mitchell, T.J. / Isaacs, N.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of selenomethionine-labelled RafE from Streptococcus pneumoniae Authors: Paterson, N.G. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Mitchell, T.J. / Isaacs, N.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 304.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 259 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 452.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 495.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 46359.195 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.1 Details: 1.8M Ammonium sulfate, 0.1M Na citrate pH 5.1, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Dec 17, 2004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 11.54 % / Av σ(I) over netI: 15.2 / Number: 673644 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 0.97 / D res high: 2.9 Å / D res low: 29.51 Å / Num. obs: 57961 / % possible obs: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell | ID: 1
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Reflection | Resolution: 2.9→29.51 Å / Num. obs: 57961 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.54 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 15.2 / Scaling rejects: 5053 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.9→29.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.374 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 75.269 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→29.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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