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Yorodumi- PDB-5mkb: Maltodextrin binding protein MalE1 from L. casei BL23 without ligand -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5mkb | ||||||
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Title | Maltodextrin binding protein MalE1 from L. casei BL23 without ligand | ||||||
Components | MalE1 | ||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate binding protein / lactobacillus casei | ||||||
Function / homology | Bacterial extracellular solute-binding protein / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / Bacterial extracellular solute-binding protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / MalE1 Function and homology information | ||||||
Biological species | Lactobacillus casei (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.698 Å | ||||||
Authors | Homburg, C. / Bommer, M. / Wuttge, S. / Hobe, C. / Beck, S. / Dobbek, H. / Deutscher, J. / Licht, A. / Schneider, E. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Mol. Microbiol. / Year: 2017 Title: Inducer exclusion in Firmicutes: insights into the regulation of a carbohydrate ATP binding cassette transporter from Lactobacillus casei BL23 by the signal transducing protein P-Ser46-HPr. Authors: Homburg, C. / Bommer, M. / Wuttge, S. / Hobe, C. / Beck, S. / Dobbek, H. / Deutscher, J. / Licht, A. / Schneider, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5mkb.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5mkb.ent.gz | 943.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5mkb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5mkb_validation.pdf.gz | 495.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5mkb_full_validation.pdf.gz | 539.5 KB | Display | |
Data in XML | 5mkb_validation.xml.gz | 125.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5mkb_validation.cif.gz | 181.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/5mkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/5mkb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5m28SC 5mk9C 5mkaC 5mttC 5mtuC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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-Links
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40504.734 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus casei (bacteria) / Gene: malE1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B0L7B0 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 45 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 mM Na-Hepes, pH 7.0, 20-25% Jeffamine ED2003, pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 17, 2014 |
Radiation | Monochromator: Si-111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.698→46.171 Å / Num. obs: 294468 / % possible obs: 96.91 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0678 / Net I/σ(I): 13.21 |
Reflection shell | Resolution: 1.698→1.76 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.663 / % possible all: 93.21 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5M28 Resolution: 1.698→46.171 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 24.22
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.698→46.171 Å
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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