PDB-3ziv: Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to last Archa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ziv

タイトル

Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to last Archaea- Eukaryotes Common Ancestor (AECA) from the Precambrian Period

要素

AECA THIOREDOXIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ANCESTRAL RECONSTRUCTED

機能・相同性

Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Conservation of Protein Structure Over Four Billion Years
著者: Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Delgado-Delgado, A. / Perez-Jimenez, R. / Fernandez, J.M. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A.

履歴

登録	2013年1月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月25日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ziv.cif.gz	134.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ziv.ent.gz	107.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ziv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ziv_validation.pdf.gz	438 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ziv_full_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示
XML形式データ	3ziv_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	3ziv_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/3ziv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/3ziv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yj7C 2yn1C 2ynxSC 2yoiC 2ypmC 4ba7C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ifq-3 3hhv-d 1auc-d 1fb6-1 2ynx-1 1b9a-d 1eru-d 1xwb-1 2mmo-d 2hxk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AECA THIOREDOXIN

B: AECA THIOREDOXIN

C: AECA THIOREDOXIN

36.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AECA THIOREDOXIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AECA THIOREDOXIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: AECA THIOREDOXIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.650, 48.850, 91.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	AECA THIOREDOXIN 分子量: 12034.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.21 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7 / 詳細: COUNTER DIFFUSION, 25% PEG1500, PH 9.0, 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→45.51 Å / Num. obs: 9592 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 59.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.21
反射シェル	解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.24 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YNX

2ynx

解像度: 2.65→45.512 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2762	460	4.8 %
R_work	0.1808	-	-
obs	0.1852	9586	97.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→45.512 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2357	0	0	8	2365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2437
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	3324
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.65	855
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	390
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	427

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6501-3.0335	0.3524	165	0.25	2991	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0335-3.8216	0.3128	155	0.2044	3060	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8216-45.5191	0.2321	140	0.1542	3075	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1565	-0.3992	-3.0578	2.496	-2.7504	5.0485	-0.2746	-2.1023	1.7688	0.6833	-0.0458	-0.648	-2.4905	1.3878	-0.2591	1.0285	-0.3174	-0.137	0.7232	-0.2239	0.6293	5.919	2.3439	40.5515
2	3.3597	-0.0648	-1.3115	1.7147	-0.3863	3.0699	0.4923	1.0539	0.7411	-0.4677	-0.4053	-0.0709	0.0905	-0.2815	-0.1081	0.4265	0.1781	-0.0382	0.4585	0.0522	0.4813	1.8991	-8.4823	29.1953
3	4.7831	-1.8675	1.1199	4.9328	-5.5238	7.3656	-0.3974	0.8677	0.1722	0.278	-0.7619	1.2125	-0.798	-1.9501	1.157	0.7548	0.123	0.3215	1.04	-0.0506	0.4913	-8.3937	1.3587	37.6971
4	3.3921	-0.8405	-1.5843	3.0096	2.2229	6.7579	-0.0837	-0.5269	0.4231	0.5272	0.1031	-0.1577	0.5745	1.6569	-0.0749	0.4603	-0.0014	-0.0068	0.6707	0.0918	0.3559	5.6541	-9.2738	39.109
5	4.5085	-0.8509	0.6458	5.1469	1.3674	9.5169	0.9395	-0.4649	0.1748	0.5902	-0.1683	0.5719	-0.2117	-0.2291	-1.3129	0.576	-0.2861	0.0161	1.0324	0.0683	0.6261	-9.7813	-9.7387	39.305
6	2.0706	-2.2408	-0.986	8.3931	0.4737	6.9506	-0.1503	-0.9407	-0.4024	0.1548	-0.905	-0.7741	1.5054	0.524	0.9679	1.2096	0.0912	0.0916	0.5882	0.159	1.0002	-9.5434	-35.1204	30.2139
7	0.6471	0.3658	0.3307	0.6738	0.5106	0.3945	0.3966	0.2791	-1.0861	-0.8918	-0.3141	0.1372	1.4373	0.6827	0.1342	1.0503	0.4119	0.028	0.6765	-0.0399	0.8162	-8.7379	-33.676	22.2873
8	4.0368	0.448	-0.1779	3.337	-0.0409	5.2586	-0.4431	-0.2782	-0.8145	0.2408	-0.1836	0.2455	-0.0429	-0.2826	0.3495	0.5712	0.4464	-0.0119	0.4696	-0.0938	0.6297	-17.1602	-19.2701	32.8512
9	5.2727	3.6489	3.3183	2.6283	2.1197	2.4011	0.1123	0.0424	-0.4057	1.3735	-0.0893	1.5868	1.4066	-0.7358	0.5007	0.7549	-0.226	-0.0666	0.5312	0.0462	0.6105	-23.4301	-28.3835	23.5991
10	2.3543	1.1041	0.7115	4.3189	4.2489	5.7044	-0.1503	0.1207	-0.9464	-0.9796	0.1204	0.1306	0.4512	-0.1632	-0.0563	1.1142	0.2587	-0.2564	0.0464	-0.093	0.8688	-15.6372	-34.7747	21.5808
11	4.1813	1.0645	1.4232	3.3932	-0.7043	3.3722	-0.1912	0.906	-0.6396	-0.3659	0.2676	-0.2774	0.4526	0.6009	0.0214	0.4667	0.0767	0.0812	0.6302	-0.0387	0.4661	-11.206	-25.8606	19.1123
12	3.5737	0.6624	-1.3597	3.2462	0.0426	5.409	0.2848	0.3752	0.3073	-0.7254	-0.3519	-0.2509	-1.6334	-1.3537	-0.1368	0.758	0.2815	-0.0578	1.1548	0.1838	0.6736	8.5791	-5.8595	8.6028
13	2.8695	-0.5132	0.4456	3.8379	-0.679	0.7183	0.0006	1.736	-0.3404	-0.8323	-0.2088	0.8552	-0.3947	-1.2096	-0.0225	0.4884	0.0682	-0.0683	1.2317	0.0817	0.5792	6.7418	-14.9256	7.3808
14	5.0771	-2.3507	1.525	4.4529	-2.4893	4.0302	0.2349	-0.0938	-0.4244	1.2229	-0.2492	1.1101	-0.5402	-1.5293	-0.0923	0.5603	0.1368	0.0697	1.1988	0.2637	0.5658	1.2751	-12.3586	15.5423
15	1.5738	-0.1891	0.6041	3.3268	-1.8919	3.055	-0.2113	-0.1687	-0.4184	0.028	0.5454	0.7937	-0.208	-0.3808	-0.5097	0.6508	0.1251	0.041	1.3741	0.2769	1.0523	-7.9204	-11.6401	11.7204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 21 THROUGH 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 47 THROUGH 51 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 52 THROUGH 93 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 94 THROUGH 105 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 9 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 10 THROUGH 26 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 27 THROUGH 31 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 32 THROUGH 46 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 47 THROUGH 57 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 58 THROUGH 105 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 26 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESID 27 THROUGH 74 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESID 75 THROUGH 93 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESID 94 THROUGH 105 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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