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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zcf | ||||||
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タイトル | Structure of recombinant human cytochrome c | ||||||
要素 | CYTOCHROME C | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / RESPIRATION / APOPTOSIS / ELECTRON TRANSFER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Formation of apoptosome / apoptosome / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / cellular respiration ...Formation of apoptosome / apoptosome / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / cellular respiration / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Detoxification of Reactive Oxygen Species / : / Pyroptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / mitochondrial intermembrane space / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Rajagopal, B.S. / Worrall, J.A.R. / Hough, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013 タイトル: The Hydrogen Peroxide Induced Radical Behaviour in Human Cytochrome C Phospholipid Complexes: Implications for the Enhanced Pro-Apoptotic Activity of the G41S Mutant 著者: Rajagopal, B.S. / Edzuma, A.N. / Hough, M.A. / Blundell, K.L.I.M. / Kagan, V.E. / Kapralov, A.A. / Fraser, L.A. / Butt, J.N. / Silkstone, G.G. / Wilson, M.T. / Svistunenko, D.A. / Worrall, J.A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zcf.cif.gz | 107.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zcf.ent.gz | 83.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zcf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3zcf_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3zcf_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3zcf_validation.xml.gz | 23.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3zcf_validation.cif.gz | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/3zcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/3zcf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11640.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P99999 #2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | PROTOPORPH | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 26 TO 31 % W/V POLYETHYLENE GLYCOL 1000 AND 40 MM KH2PO4, PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月12日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→57.27 Å / Num. obs: 46913 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 100 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 83.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3NWV 解像度: 1.65→49.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.205 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.933 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→49.9 Å
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拘束条件 |
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