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- PDB-5exq: Human cytochrome c Y48H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5exq
タイトルHuman cytochrome c Y48H
要素Cytochrome c
キーワードAPOPTOSIS / cytochrome c / heme / tyrosine to histidine substitution / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of apoptosome / apoptosome / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / cellular respiration / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen ...Formation of apoptosome / apoptosome / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / cellular respiration / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / execution phase of apoptosis / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Pyroptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / apoptotic signaling pathway / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
Model detailsY48H variant
データ登録者Fellner, M. / Jameson, G.N.L. / Ledgerwood, E.C. / Wilbanks, S.M.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Altered structure and dynamics of pathogenic cytochrome c variants correlate with increased apoptotic activity.
著者: Fellner, M. / Parakra, R. / McDonald, K.O. / Kass, I. / Jameson, G.N.L. / Wilbanks, S.M. / Ledgerwood, E.C.
履歴
登録2015年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年2月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / citation_author / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5645
ポリマ－23,2312
非ポリマー1,3333
水6,630368
1
A: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2342
ポリマ－11,6161
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3303
ポリマ－11,6161
非ポリマー7152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.791, 35.965, 59.937
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c


分子量: 11615.556 Da / 分子数: 2 / 変異: Y48H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYCS, CYC / プラスミド: pBTR(HumanCc) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P99999
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Hanging drops of 1 microL of 29.5 mg/mL of reduced protein and 2 microL reservoir buffer were allowed to equilibrate above the reservoir buffer (32% (w/v) polyethylene glycol 5000, 50 mM ...詳細: Hanging drops of 1 microL of 29.5 mg/mL of reduced protein and 2 microL reservoir buffer were allowed to equilibrate above the reservoir buffer (32% (w/v) polyethylene glycol 5000, 50 mM lithiumsulfate, 50 mM Tris-HCl pH 8.5). The protein solution was 17.5 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 15 mM sodium dithionite (pH 7.6).

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→54.04 Å / Num. obs: 26388 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 12.63 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 97684 / Scaling rejects: 63
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.6-1.622.60.4252.6352313640.6780.32290.6
8.6-54.045.10.06522.39791930.9920.0392.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.1.1データ削減
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.10-2155精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimless0.3.11データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZCF

3zcf


解像度: 1.6→54.038 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 19.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1927 2536 5.15 %
Rwork0.1726 46667 -
obs0.1737 26362 86.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 65.16 Å2 / Biso mean: 21.5129 Å2 / Biso min: 5.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→54.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1628 0 91 370 2089
Biso mean--12.03 33.26 -
残基数----208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.952439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.934686
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5964-1.62710.29841610.24722616277787
1.6271-1.66030.25941190.24222781290094
1.6603-1.69640.30421450.23182827297293
1.6964-1.73590.22851540.21712759291393
1.7359-1.77930.24721400.20942788292893
1.7793-1.82740.23071460.20112814296093
1.8274-1.88120.26681580.19572740289892
1.8812-1.94190.2868320.272783686877
1.9419-2.01130.23541180.18032478259688
2.0113-2.09190.21531200.18212788290891
2.0919-2.18710.16341340.16532704283890
2.1871-2.30240.2105570.195491797431
2.3024-2.44660.17841560.166129743130100
2.4466-2.63550.1742070.1632921312899
2.6355-2.90070.16341590.16212974313399
2.9007-3.32040.19161870.16542961314899
3.3204-4.18320.16972430.14492842308598
4.1832-54.06940.14821000.1442947304797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.58341.68120.11665.36150.38044.22320.054-1.13730.17260.3175-0.091-0.1653-0.14760.22030.03450.13890.0188-0.02490.2701-0.00660.0944-2.2507-1.3552-6.5092
25.57551.05462.69592.00280.12844.60860.0311-0.0193-0.54110.05020.0482-0.18130.43480.1945-0.09840.1250.02050.01240.0858-0.0040.1566-1.1497-12.5999-17.8794
37.30060.80034.52796.005-0.30449.15020.12380.33810.3822-0.16580.0918-0.4408-0.21490.2701-0.20520.0883-0.00990.0450.091-0.02040.1282-0.578-0.757-22.7661
45.62690.80050.85340.97861.72986.0272-0.04030.09380.4949-0.01170.16670.0162-0.15120.0227-0.09780.0493-0.00060.00460.07870.0210.1143-8.2356-0.1827-19.9444
58.6471-0.12671.15817.2745-3.70689.42440.0974-0.47790.63460.163-0.0306-0.2447-0.34860.9292-0.03850.0893-0.04110.02450.2306-0.11060.21545.14992.2384-11.7524
69.4347-0.92962.21346.75033.77372.1250.2168-0.36350.42970.0533-0.1201-0.0036-0.9753-0.646-0.07380.18690.03610.00090.12470.00470.1422-35.339315.6051-10.3101
78.9994-0.5549-0.3086.25464.19555.3180.0431-0.138-0.2293-0.1596-0.1750.36980.085-0.37880.06580.0415-0.001-0.02740.123-0.02020.1046-37.00184.1406-15.4404
83.48682.4633-0.46733.86481.12077.81650.0146-0.1639-0.05640.1802-0.06930.14260.4353-0.35710.01770.1034-0.02140.01890.07710.01560.1036-31.445-1.917-12.9745
94.5081-0.0711-0.56861.46351.58634.6461-0.10780.0261-0.4075-0.03120.03910.16150.2829-0.16850.0510.1017-0.0109-0.00590.07580.00540.1291-25.4306-6.1086-18.8112
104.771-1.4746-0.49629.77-1.22018.0658-0.1109-0.4630.09180.47370.171-0.0517-0.13720.0005-0.04110.05810.0086-0.00370.130.00130.0685-20.81684.952-9.3742
115.9277-0.60951.50855.61.55796.44010.0499-0.06140.1763-0.00010.0308-0.2-0.24820.1579-0.08150.0606-0.01040.02780.07770.00940.0662-21.05968.2395-19.0438
127.96634.2897-1.27758.431-0.73859.08070.139-0.38290.1930.3703-0.0970.1425-0.2728-0.3204-0.03920.09490.04040.01190.1179-0.02840.067-31.359110.2097-5.7175
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 33 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 60 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 74 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 75 through 87 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 88 through 104 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 13 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 14 through 23 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 24 through 43 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 44 through 54 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 55 through 69 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 70 through 87 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 88 through 104 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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