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Yorodumi- PDB-4rsz: The X-ray structure of the Primary Adduct formed in the Reaction ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rsz | |||||||||
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Title | The X-ray structure of the Primary Adduct formed in the Reaction between Cisplatin and Cytochrome c | |||||||||
Components | Cytochrome c | |||||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT | |||||||||
Function / homology | Function and homology information cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / respirasome / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process ...cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / respirasome / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process / lipid binding / apoptotic process / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Equus caballus (horse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.19 Å | |||||||||
Authors | Merlino, A. | |||||||||
Citation | Journal: Chem.Commun.(Camb.) / Year: 2015 Title: The X-ray structure of the primary adducts formed in the reaction between cisplatin and cytochrome c. Authors: Ferraro, G. / Messori, L. / Merlino, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rsz.cif.gz | 279.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rsz.ent.gz | 229.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rsz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/4rsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/4rsz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1hrcS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 104 / Label seq-ID: 1 - 104
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 11725.598 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Equus caballus (horse) / References: UniProt: P00004 |
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-Non-polymers , 5 types, 156 molecules
#2: Chemical | ChemComp-HEC / #3: Chemical | ChemComp-CPT / #4: Chemical | ChemComp-NO3 / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: A new crystal form of horse heart cytochrome c that co-crystallized with nitrate and sulphate ions has been obtained. Crystallization was prepared by using the hanging-drop vapour diffusion ...Details: A new crystal form of horse heart cytochrome c that co-crystallized with nitrate and sulphate ions has been obtained. Crystallization was prepared by using the hanging-drop vapour diffusion method in Linbro plates and a reservoir contained 3.5 M ammonium sulphate, 0.6 M sodium nitrate. The droplets consisted of 1 microliter protein (30 mg/mL in water) and 1 microliter of reservoir. They were equilibrated against a 500 microliters reservoir solution at 20 C. These conditions produced well shaped red crystals after 1 month. These crystals have been soaked for 24 h in a solution consisting of 0.005 M cisplatin in 2.0 M ammonium sulphate and 0.4 M sodium nitrate. To prepare this solution, Cisplatin was first dissolved in 5 mM sodium acetate buffer at pH 5.0. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: ENRAF-NONIUS FR571 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Jul 21, 2014 / Details: mirrors |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.19→104.22 Å / Num. all: 30538 / Num. obs: 30538 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.109 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB code 1HRC Resolution: 2.19→104.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 18.786 / SU ML: 0.245 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.446 / ESU R Free: 0.272 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.561 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.19→104.22 Å
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Refine LS restraints |
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