[日本語] English
万見
- PDB-3zbd: Structure of TGEV nsp1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zbd
タイトルStructure of TGEV nsp1
要素NON-STRUCTURAL PROTEIN 1
キーワードVIRAL PROTEIN / CORONAVIRUS / ALPHACORONAVIRUS / NSP1
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / regulation of autophagy ...host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Replicase polyprotein 1a / Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / SH3 type barrels. / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal ...Replicase polyprotein 1a / Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / SH3 type barrels. / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Roll / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種PORCINE TRANSMISSIBLE GASTROENTERITIS CORONAVIRUS (伝染性胃腸炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Jansson, A.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structure of Alphacoronavirus Tgev Nsp1 Has Implications for Coronavirus Nsp1 Function and Evolution.
著者: Jansson, A.M.
履歴
登録2012年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NON-STRUCTURAL PROTEIN 1
B: NON-STRUCTURAL PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0422
ポリマ－26,0422
非ポリマー00
水3,729207
1
A: NON-STRUCTURAL PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0211
ポリマ－13,0211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NON-STRUCTURAL PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0211
ポリマ－13,0211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.640, 36.090, 42.270
Angle α, β, γ (deg.)91.49, 108.85, 94.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 NON-STRUCTURAL PROTEIN 1 / NSP1 / P9


分子量: 13020.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PORCINE TRANSMISSIBLE GASTROENTERITIS CORONAVIRUS (伝染性胃腸炎ウイルス)
株: PURDUE / プラスミド: PEXP5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P0C6V2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHAIN 1 (1-110) FEATURE IDENTIFIER PRO_0000338303

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 5%(V/VOL) PEG 4000, 200MM AMMONIUM CHLORIDE, 30MM HEPES, 30MM MES, PH 6.2

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID23-210.873
シンクロトロンESRF ID14-421.072
検出器
タイプID検出器
MARRESEARCH1CCD
MARRESEARCH2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.8731
21.0721
反射解像度: 1.5→27.4 Å / Num. obs: 30811 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 17.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.49→26.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9592 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU R Cruickshank DPI: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.078
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2089 1535 4.91 %RANDOM
Rwork0.1747 ---
obs0.1763 31262 96.38 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7484 Å20.2673 Å21.786 Å2
2--1.4061 Å2-1.9738 Å2
3----2.1545 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.181 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→26.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1718 0 0 207 1925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011755HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.062379HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d611SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes52HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes250HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1755HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.16
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion213SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2019SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.54 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 132 4.9 %
Rwork0.2056 2562 -
all0.2076 2694 -
obs--96.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7724-0.2262-0.02492.3685-0.12320.6886-0.0092-0.02050.08970.1839-0.013-0.32660.04370.04680.0222-0.0655-0.0055-0.0334-0.0460.0162-0.0008-22.1337-4.596527.4639
21.5025-0.15920.20372.9809-0.87951.16360.00960.1195-0.0023-0.3587-0.005-0.04630.08980.0585-0.0045-0.00980.01610.0165-0.0373-0.0033-0.0877-14.536713.509549.6154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る