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- PDB-3x42: Crystal structure of copper amine oxidase from Arthrobacter globi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x42
タイトルCrystal structure of copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis in the presence of sodium bromide
要素Phenylethylamine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Copper amine oxidase / topaquinone / TPQ
機能・相同性
機能・相同性情報


primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
: / AGAO-like N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase ...: / AGAO-like N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / COPPER (II) ION / : / Phenylethylamine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.875 Å
データ登録者Okajima, T. / Nakanishi, S. / Murakawa, T. / Kataoka, M. / Hayashi, H. / Hamaguchi, A. / Nakai, T. / Kawano, Y. / Yamaguchi, H. / Tanizawa, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Probing the Catalytic Mechanism of Copper Amine Oxidase from Arthrobacter globiformis with Halide Ions.
著者: Murakawa, T. / Hamaguchi, A. / Nakanishi, S. / Kataoka, M. / Nakai, T. / Kawano, Y. / Yamaguchi, H. / Hayashi, H. / Tanizawa, K. / Okajima, T.
履歴
登録2015年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylethylamine oxidase
B: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,10729
ポリマ－138,0202
非ポリマー2,08827
水21,5101194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18950 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area40530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.684, 63.508, 158.099
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1192-

HOH

21B-980-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase


分子量: 69009.836 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 9-628 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
プラスミド: pEPO-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase

-
非ポリマー , 6種, 1221分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.41 %
結晶化温度: 289 K / pH: 6.8
詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES (pH6.8), MICRODIALYSIS, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.919
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.875→100 Å / Num. obs: 267101 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IU7

1iu7


解像度: 1.875→24.738 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 6758 5.02 %
Rwork0.1579 --
obs0.1595 134681 96.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.875→24.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9752 0 92 1194 11038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08313804
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2493683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.875-1.89630.27941420.22562510X-RAY DIFFRACTION58
1.8963-1.91860.26722360.21624226X-RAY DIFFRACTION96
1.9186-1.9420.26812250.20714170X-RAY DIFFRACTION96
1.942-1.96660.22872260.19554256X-RAY DIFFRACTION97
1.9666-1.99240.20872230.18774233X-RAY DIFFRACTION96
1.9924-2.01970.24162150.18464219X-RAY DIFFRACTION97
2.0197-2.04860.22582000.18314319X-RAY DIFFRACTION97
2.0486-2.07910.22672160.17754225X-RAY DIFFRACTION97
2.0791-2.11160.21572350.17854320X-RAY DIFFRACTION97
2.1116-2.14620.23122090.17214214X-RAY DIFFRACTION98
2.1462-2.18320.20172230.16594304X-RAY DIFFRACTION97
2.1832-2.22290.20732070.16964282X-RAY DIFFRACTION98
2.2229-2.26560.18332090.16164358X-RAY DIFFRACTION98
2.2656-2.31180.20322570.16024238X-RAY DIFFRACTION98
2.3118-2.3620.19682140.15834302X-RAY DIFFRACTION97
2.362-2.41690.19172310.16614298X-RAY DIFFRACTION98
2.4169-2.47730.20282340.16664292X-RAY DIFFRACTION98
2.4773-2.54420.19132400.16424351X-RAY DIFFRACTION99
2.5442-2.6190.19072480.16184264X-RAY DIFFRACTION99
2.619-2.70350.22492180.16164392X-RAY DIFFRACTION99
2.7035-2.80.18772270.15784357X-RAY DIFFRACTION99
2.8-2.91190.18782290.14854392X-RAY DIFFRACTION99
2.9119-3.04420.19752050.15554405X-RAY DIFFRACTION99
3.0442-3.20440.17432640.14914334X-RAY DIFFRACTION99
3.2044-3.40470.17372350.14224406X-RAY DIFFRACTION100
3.4047-3.66680.16892530.13284413X-RAY DIFFRACTION100
3.6668-4.03430.14032160.13034452X-RAY DIFFRACTION100
4.0343-4.61480.15672480.12964429X-RAY DIFFRACTION100
4.6148-5.80180.17372310.14864465X-RAY DIFFRACTION100
5.8018-24.740.20782420.19274497X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.9776 Å / Origin y: -0.8027 Å / Origin z: 34.5195 Å
111213212223313233
T0.1037 Å2-0.0017 Å2-0.0005 Å2-0.0844 Å2-0.0057 Å2--0.1319 Å2
L0.4339 °20.0691 °2-0.0173 °2-0.2718 °2-0.0159 °2--0.8917 °2
S0.0208 Å °-0.1035 Å °0.0128 Å °0.0536 Å °-0.0267 Å °0.0059 Å °-0.0624 Å °-0.0295 Å °0.0051 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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