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- PDB-3wo6: Crystal structure of YidC from Bacillus halodurans (form I) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wo6
タイトルCrystal structure of YidC from Bacillus halodurans (form I)
要素Membrane protein insertase YidC 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha helical
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane insertase activity / protein insertion into membrane / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane insertase YidC/YidC1/YidC2, Firmicutes / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Membrane protein insertase YidC 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Kumazaki, K. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural basis of Sec-independent membrane protein insertion by YidC.
著者: Kumazaki, K. / Chiba, S. / Takemoto, M. / Furukawa, A. / Nishiyama, K. / Sugano, Y. / Mori, T. / Dohmae, N. / Hirata, K. / Nakada-Nakura, Y. / Maturana, A.D. / Tanaka, Y. / Mori, H. / Sugita, ...著者: Kumazaki, K. / Chiba, S. / Takemoto, M. / Furukawa, A. / Nishiyama, K. / Sugano, Y. / Mori, T. / Dohmae, N. / Hirata, K. / Nakada-Nakura, Y. / Maturana, A.D. / Tanaka, Y. / Mori, H. / Sugita, Y. / Arisaka, F. / Ito, K. / Ishitani, R. / Tsukazaki, T. / Nureki, O.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein insertase YidC 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8197
ポリマ－27,9241
非ポリマー1,8956
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.926, 60.631, 58.903
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Membrane protein insertase YidC 2 / Foldase YidC 2 / Membrane integrase YidC 2 / Membrane protein YidC 2


分子量: 27924.225 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-256 / 変異: G83A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125
遺伝子: yidC2, BH1169 / プラスミド: pET variant / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: Q9KDP2
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 % / Mosaicity: 0.765 °
結晶化温度: 293 K / 手法: lipidic qubic phase / pH: 6
詳細: 28-32% PEG500DME, 2. mM CdCl2, 100mM Na-(CH3)2AsO2, pH 6.0, lipidic qubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月5日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 10889 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 42.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 2.556 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.441.90.3185111.594185.6
2.44-2.4920.3195291.691188.8
2.49-2.532.10.2985071.813188
2.53-2.592.20.2915341.98187.1
2.59-2.642.10.2545221.904189.7
2.64-2.72.30.2425291.875189.8
2.7-2.772.30.2165562.021193
2.77-2.852.30.1985401.942192.6
2.85-2.932.50.175762.037192.9
2.93-3.022.50.1495432.029193.9
3.02-3.132.60.1275732.111194.4
3.13-3.262.70.1245722.341197.1
3.26-3.412.80.0885732.311195.7
3.41-3.5830.085722.538196.1
3.58-3.813.10.075862.809198.2
3.81-4.13.10.0575903.046199
4.1-4.522.90.0484283.419171.1
4.52-5.173.10.0524773.932178.6
5.17-6.513.20.0485973.042198
6.51-503.10.0425743.767190.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX(Phaser-MR)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SeM-substituted protein structure

解像度: 2.403→28.297 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.55 / 位相誤差: 25.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2587 544 5 %RANDOM
Rwork0.2421 ---
obs0.2429 10879 90.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.28 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 161.32 Å2 / Biso mean: 65.6209 Å2 / Biso min: 27.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.4163 Å20 Å2-3.719 Å2
2--12.0963 Å20 Å2
3---1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.403→28.297 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1601 0 61 7 1669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021697
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7142299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.07604
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.403-2.6450.31761300.30662456258686
2.645-3.02740.3051360.2482607274392
3.0274-3.81270.2271450.22622734287996
3.8127-28.29930.24941330.23472538267188
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4497-0.0020.51250.2418-0.10350.7728-0.0272-0.1895-0.11150.0169-0.0271-0.17910.13140.0263-0.00010.2227-0.0387-0.01690.3044-0.01680.344578.7498.477159.3505
20.3074-0.60080.1581.1824-0.30710.0834-0.28411.26130.1295-00.0298-0.017-0.3593-0.7783-0.21710.7484-0.1627-0.0511.03220.02340.479993.02513.659986.247
31.31180.5315-0.40051.39560.46280.56590.06180.00660.0495-0.0283-0.0794-0.0392-0.4659-0.06490.00010.3023-0.0406-0.00550.3251-0.03880.324570.135618.735457.5129
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 25:105)A25 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 106:137)A106 - 137
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 138:254)A138 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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