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- PDB-3wg7: A 1.9 angstrom radiation damage free X-ray structure of large (42... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wg7
タイトルA 1.9 angstrom radiation damage free X-ray structure of large (420KDa) protein by femtosecond crystallography
要素(Cytochrome c oxidase subunit ...) x 13
キーワードOXIDOREDUCTASE / Electron Transport Complex IV / Iron / Oxidation-Reduction / Protein Interaction Domains / Motifs / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / aerobic respiration / central nervous system development / respiratory electron transport chain / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I ...Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome C Oxidase; Chain G / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome C Oxidase; Chain M / Cytochrome C Oxidase; Chain L / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Few Secondary Structures / Irregular / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL ...CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hirata, K. / Shinzawa-Itoh, K. / Yano, N. / Takemura, S. / Kato, K. / Hatanaka, M. / Muramoto, K. / Kawahara, T. / Tsukihara, T. / Yamashita, E. ...Hirata, K. / Shinzawa-Itoh, K. / Yano, N. / Takemura, S. / Kato, K. / Hatanaka, M. / Muramoto, K. / Kawahara, T. / Tsukihara, T. / Yamashita, E. / Tono, K. / Ueno, G. / Hikima, T. / Murakami, H. / Inubushi, Y. / Yabashi, M. / Ishikawa, T. / Yamamoto, M. / Ogura, T. / Sugimoto, H. / Shen, J.R. / Yoshikawa, S. / Ago, H.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2014
タイトル: Determination of damage-free crystal structure of an X-ray-sensitive protein using an XFEL.
著者: Hirata, K. / Shinzawa-Itoh, K. / Yano, N. / Takemura, S. / Kato, K. / Hatanaka, M. / Muramoto, K. / Kawahara, T. / Tsukihara, T. / Yamashita, E. / Tono, K. / Ueno, G. / Hikima, T. / Murakami, ...著者: Hirata, K. / Shinzawa-Itoh, K. / Yano, N. / Takemura, S. / Kato, K. / Hatanaka, M. / Muramoto, K. / Kawahara, T. / Tsukihara, T. / Yamashita, E. / Tono, K. / Ueno, G. / Hikima, T. / Murakami, H. / Inubushi, Y. / Yabashi, M. / Ishikawa, T. / Yamamoto, M. / Ogura, T. / Sugimoto, H. / Shen, J.R. / Yoshikawa, S. / Ago, H.
履歴
登録2013年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32022年8月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)441,90180
ポリマ－410,21626
非ポリマー31,68554
水44,6412478
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,35941
ポリマ－205,10813
非ポリマー16,25128
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area79450 Å2
ΔGint-658 kcal/mol
Surface area62930 Å2
2
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,54239
ポリマ－205,10813
非ポリマー15,43426
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area79630 Å2
ΔGint-663 kcal/mol
Surface area62730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)182.600, 204.510, 178.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21N
12B
22O
13C
23P
14D
24Q
15E
25R
16F
26S
17G
27T
18H
28U
19I
29V
110J
210W
111K
211X
112L
212Y
113M
213Z

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 526
2116N1 - 526
1126B1 - 229
2126O1 - 229
1136C3 - 271
2136P3 - 271
1146D4 - 147
2146Q4 - 147
1156E5 - 109
2156R5 - 109
1166F1 - 99
2166S1 - 99
1176G1 - 85
2176T1 - 85
1186H7 - 85
2186U7 - 85
1196I1 - 73
2196V1 - 73
11106J1 - 59
21106W1 - 59
11116K6 - 54
21116X6 - 54
11126L2 - 47
21126Y2 - 47
11136M1 - 43
21136Z1 - 43

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.993055, -0.004857, 0.117553), (-0.000523, -0.998956, -0.045689), (0.117652, -0.045433, 0.992015)166.09396, 627.85712, 4.5825

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 26分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1 / COX IV-1


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa / Cytochrome c oxidase polypeptide Vb


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9629.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase ...Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase subunit VIb isoform 1 / COX VIb-1


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / Cytochrome c oxidase subunit STA


分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart / Cytochrome c ...Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-H / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-muscle / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-M


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb / IHQ


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIc


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c ...Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c oxidase subunit 8H / IX / VIIIb


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175

-
糖 , 1種, 2分子

#27: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 14種, 2530分子

#14: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#18: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#19: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物
ChemComp-TGL / TRISTEAROYLGLYCEROL / TRIACYLGLYCEROL / トリステアリン


分子量: 891.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H110O6
#21: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#22: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#23: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 759.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO8P / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物
ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#28: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 69

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 5.7
詳細: 40mM sodium phosphate, 0.2% decylmaltoside, pH 5.7, BATCH, temperature 277K, Batch

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.241 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.241 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 500699 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
REFMAC5.8.0048精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DYR

2dyr


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 7.407 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22998 25158 5 %RANDOM
Rwork0.19451 ---
obs0.19632 473986 95.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.471 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.64 Å20 Å20 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3----2.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28506 0 2164 2478 33148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.02231834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3252.01842940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7553568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3422.9811231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.682154729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4715124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2040.24537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0260.0323240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3021.98214299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3142.94817858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.60617535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.32252682
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: LOOSE POSITIONAL / Weight position: 5

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A45030.18
2B18700.29
3C26760.28
4D11950.38
5E8520.2
6F7490.42
7G7050.33
8H6620.31
9I6010.47
10J4900.32
11K3850.2
12L3800.31
13M3360.3
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 1765 -
Rwork0.275 34555 -
obs--95.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25070.0191-0.08480.1602-0.00480.34420.01920.04770.02610.0023-0.00130.0175-0.0004-0.044-0.01780.00330.0094-0.00390.04020.00970.140262.097307.318198.9
20.36550.09650.04970.2354-0.01370.45110.02180.1064-0.06710.00940.0182-0.0815-0.03650.0943-0.040.0048-0.0006-0.00340.0637-0.0270.2091126.221311.98195.154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 514
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 227
3X-RAY DIFFRACTION1C3 - 261
4X-RAY DIFFRACTION1D4 - 147
5X-RAY DIFFRACTION1E5 - 109
6X-RAY DIFFRACTION1F1 - 98
7X-RAY DIFFRACTION1G1 - 84
8X-RAY DIFFRACTION1H7 - 85
9X-RAY DIFFRACTION1I1 - 73
10X-RAY DIFFRACTION1J1 - 58
11X-RAY DIFFRACTION1K6 - 54
12X-RAY DIFFRACTION1L2 - 47
13X-RAY DIFFRACTION1M1 - 43
14X-RAY DIFFRACTION2N1 - 514
15X-RAY DIFFRACTION2O1 - 227
16X-RAY DIFFRACTION2P3 - 261
17X-RAY DIFFRACTION2Q4 - 147
18X-RAY DIFFRACTION2R5 - 109
19X-RAY DIFFRACTION2S1 - 98
20X-RAY DIFFRACTION2T1 - 84
21X-RAY DIFFRACTION2U7 - 85
22X-RAY DIFFRACTION2V1 - 73
23X-RAY DIFFRACTION2W1 - 58
24X-RAY DIFFRACTION2X6 - 54
25X-RAY DIFFRACTION2Y2 - 47
26X-RAY DIFFRACTION2Z1 - 43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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