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- PDB-5z85: The structure of azide-bound cytochrome c oxidase determined usin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z85
タイトルThe structure of azide-bound cytochrome c oxidase determined using the another batch crystals exposed to 20 mM azide solution for 2 days
要素(Cytochrome c oxidase subunit ...) x 13
キーワードOXIDOREDUCTASE / metalloenzyme cytochrome c oxidase proton pump bioenergetics heme copper / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / aerobic respiration / central nervous system development / respiratory electron transport chain / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I ...Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome C Oxidase; Chain G / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome C Oxidase; Chain M / Cytochrome C Oxidase; Chain L / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Few Secondary Structures / Irregular / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL ...AZIDE ION / CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Shimada, A. / Hatano, K. / Tadehara, H. / Tsukihara, T.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
JSPS KAKENHI15K18493 日本
JSPS KAKENHI22370060 日本
JSPS KAKENHI26291033 日本
Japan Science and Technology 日本
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: X-ray structural analyses of azide-bound cytochromecoxidases reveal that the H-pathway is critically important for the proton-pumping activity.
著者: Shimada, A. / Hatano, K. / Tadehara, H. / Yano, N. / Shinzawa-Itoh, K. / Yamashita, E. / Muramoto, K. / Tsukihara, T. / Yoshikawa, S.
履歴
登録2018年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)448,320155
ポリマ－410,21626
非ポリマー38,104129
水29,1121616
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,31580
ポリマ－205,10813
非ポリマー19,20767
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,00575
ポリマ－205,10813
非ポリマー18,89762
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.126, 205.893, 177.576
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21N
12B
22O
13C
23P
14D
24Q
15E
25R
16F
26S
17G
27T
18H
28U
19I
29V
110J
210W
111K
211X
112L
212Y
113M
213Z

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 526
2116N1 - 526
1126B1 - 229
2126O1 - 229
1136C1 - 272
2136P1 - 272
1146D4 - 147
2146Q4 - 147
1156E5 - 109
2156R5 - 109
1166F1 - 99
2166S1 - 99
1176G1 - 85
2176T1 - 85
1186H7 - 85
2186U7 - 85
1196I1 - 73
2196V1 - 73
11106J1 - 59
21106W1 - 59
11116K6 - 54
21116X6 - 54
11126L2 - 47
21126Y2 - 47
11136M1 - 43
21136Z1 - 43

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.993587, -0.00429, 0.112988), (-0.000119, -0.99924, -0.038981), (0.113069, -0.038744, 0.992831)167.315109, 630.793457, 2.84058
3given(1), (1), (1)
4given(-0.99388, 0.000363, 0.110461), (-0.005174, -0.99905, -0.04327), (0.110341, -0.043576, 0.992938)166.220169, 632.139465, 4.82506
5given(1), (1), (1)
6given(-0.993478, -0.001407, 0.114014), (-0.003669, -0.999012, -0.044294), (0.113964, -0.044423, 0.992491)166.211899, 632.12262, 4.46046
7given(1), (1), (1)
8given(-0.994377, 0.003262, 0.105849), (-0.005918, -0.999675, -0.024789), (0.105733, -0.025276, 0.994073)166.15184, 629.299377, -0.7013
9given(1), (1), (1)
10given(-0.991636, -0.048844, 0.119468), (0.043885, -0.998076, -0.043799), (0.121378, -0.03819, 0.991871)180.330551, 625.959595, 2.02298
11given(1), (1), (1)
12given(-0.993107, -0.008771, 0.116884), (0.003908, -0.99912, -0.041772), (0.117147, -0.041027, 0.992267)167.870758, 630.943665, 3.18518
13given(1), (1), (1)
14given(-0.993194, 0.006034, 0.116317), (-0.011013, -0.999048, -0.042212), (0.115952, -0.043206, 0.992315)163.53801, 632.474182, 4.07993
15given(1), (1), (1)
16given(-0.990711, -0.009786, 0.135632), (0.005166, -0.999396, -0.034371), (0.135887, -0.033351, 0.990163)165.05809, 629.727539, -0.87184
17given(1), (1), (1)
18given(-0.994854, -0.019536, 0.099416), (0.016385, -0.99934, -0.03242), (0.099984, -0.030624, 0.994518)174.84761, 627.441528, 1.6281
19given(1), (1), (1)
20given(-0.992851, 0.008977, 0.119025), (-0.015877, -0.998239, -0.057149), (0.118303, -0.058631, 0.991245)162.210342, 636.269531, 8.37875
21given(1), (1), (1)
22given(-0.994247, 0.00277, 0.107078), (-0.005606, -0.999641, -0.026191), (0.106967, -0.026641, 0.993906)166.164841, 629.591797, -0.3192
23given(1), (1), (1)
24given(-0.993432, -0.01955, 0.11274), (0.01604, -0.999361, -0.031958), (0.113293, -0.02994, 0.99311)171.92894, 626.955322, 0.07437
25given(1), (1), (1)
26given(-0.991982, -0.022269, 0.1244), (0.019108, -0.999465, -0.02655), (0.124925, -0.02396, 0.991877)170.207535, 625.30957, -3.56647

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 26分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1 / COX IV-1


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / cytochrome c oxidase subunit 6 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa / Cytochrome c oxidase polypeptide Vb


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / cytochrome c oxidase subunit 7 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome ...cytochrome c oxidase subunit 7 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9629.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / cytochrome c oxidase subunit 8 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase ...cytochrome c oxidase subunit 8 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase subunit VIb isoform 1 / COX VIb-1


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / cytochrome c oxidase subunit 9 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / Cytochrome c oxidase subunit STA


分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / cytochrome c oxidase subunit 10 / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase ...cytochrome c oxidase subunit 10 / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-H / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-muscle / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-M


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / cytochrome c oxidase subunit 11 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb / IHQ


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Ccytochrome c oxidase subunit 12 / ytochrome c oxidase polypeptide VIIIA / Cytochrome c oxidase ...Ccytochrome c oxidase subunit 12 / ytochrome c oxidase polypeptide VIIIA / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIc


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / cytochrome c oxidase subunit 13 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c ...cytochrome c oxidase subunit 13 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c oxidase subunit 8H / IX / VIIIb


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175

-
糖 , 1種, 8分子

#25: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 16種, 1737分子

#14: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#18: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#19: 化合物
ChemComp-TGL / TRISTEAROYLGLYCEROL / TRIACYLGLYCEROL / トリステアリン


分子量: 891.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H110O6
#20: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#22: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#23: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 759.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO8P / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#26: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#27: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物
ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#29: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#30: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.86 % / Mosaicity: 0.129 °
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6.8 / 詳細: PEG4000, Sodium phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 50 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→200 Å / Num. obs: 561432 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.8 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 2.32 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 8859305
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.8714.91.108140020.9210.2941.1471.716100
1.87-1.8814.91.083138880.9290.2871.1211.725100
1.88-1.914.90.987139320.9280.2611.0221.72100
1.9-1.9214.90.864139710.9490.2290.8941.771100
1.92-1.93150.801140200.9540.2120.8291.755100
1.93-1.95150.735138940.9630.1940.7611.79100
1.95-1.97150.703139510.9620.1860.7271.799100
1.97-1.9915.10.647139700.9660.1710.6691.824100
1.99-2.0115.10.595139040.9680.1570.6161.845100
2.01-2.0415.10.536139950.9770.1410.5541.89100
2.04-2.0615.10.505139540.9750.1330.5221.925100
2.06-2.0815.10.448139680.980.1180.4641.976100
2.08-2.1115.20.427139560.980.1130.4422.006100
2.11-2.1415.20.398140540.9820.1050.4122.039100
2.14-2.1615.20.356139110.9850.0940.3692.104100
2.16-2.1915.30.322139990.9870.0850.3332.131100
2.19-2.2215.30.298139540.9880.0780.3082.157100
2.22-2.2615.30.267139910.990.0710.2772.227100
2.26-2.2915.40.246139450.990.0650.2552.22100
2.29-2.3315.40.225139900.9920.0590.2322.23100
2.33-2.3715.40.207140260.9930.0550.2142.243100
2.37-2.4115.40.19139990.9930.050.1972.251100
2.41-2.4615.40.175140080.9940.0460.1812.292100
2.46-2.5115.40.164140450.9950.0430.172.355100
2.51-2.5715.40.152139930.9950.040.1572.397100
2.57-2.6315.40.145140320.9950.0380.152.485100
2.63-2.6915.30.14140430.9950.0370.1452.636100
2.69-2.7617.90.18140030.9950.0440.1852.684100
2.76-2.8417.80.173140650.9950.0420.1782.854100
2.84-2.9417.80.157140390.9960.0390.1622.913100
2.94-3.0417.70.145140650.9960.0360.1492.95100
3.04-3.1617.80.13140800.9960.0320.1342.938100
3.16-3.3117.80.118141260.9960.0290.1212.942100
3.31-3.4817.80.105141110.9970.0260.1082.923100
3.48-3.717.60.096141190.9970.0240.0992.925100
3.7-3.9916.90.087141710.9960.0220.092.91599.9
3.99-4.3915.60.078141550.9970.0210.0812.75599.9
4.39-5.0215.20.073142200.9970.020.0762.61299.7
5.02-6.3316.70.072143630.9960.0190.0752.47499.9
6.33-200140.066145200.9960.020.0692.33698.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0048精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
REFMAC5.8.0048位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B1A

5b1a


解像度: 1.85→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.495 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1887 28239 5 %RANDOM
Rwork0.1632 ---
obs0.1645 532947 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 164.19 Å2 / Biso mean: 40.336 Å2 / Biso min: 16.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--3.22 Å20 Å2
3----3.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28506 0 2708 1618 32832
Biso mean--64.4 43.04 -
残基数----3558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.02332777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6452.03244145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.60653666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.29822.9941249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.312154833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.25415127
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2180.24637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.02223635
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A4568LOOSE POSITIONAL0.195
1A4568LOOSE THERMAL1.7710
2B1854LOOSE POSITIONAL0.395
2B1854LOOSE THERMAL4.3110
3C2680LOOSE POSITIONAL0.535
3C2680LOOSE THERMAL2.6910
4D1168LOOSE POSITIONAL0.755
4D1168LOOSE THERMAL7.0510
5E852LOOSE POSITIONAL0.35
5E852LOOSE THERMAL2.9910
6F756LOOSE POSITIONAL0.535
6F756LOOSE THERMAL3.8910
7G664LOOSE POSITIONAL0.645
7G664LOOSE THERMAL4.0310
8H662LOOSE POSITIONAL0.555
8H662LOOSE THERMAL3.4110
9I601LOOSE POSITIONAL0.445
9I601LOOSE THERMAL5.0810
10J460LOOSE POSITIONAL0.455
10J460LOOSE THERMAL2.710
11K377LOOSE POSITIONAL0.275
11K377LOOSE THERMAL2.6110
12L372LOOSE POSITIONAL0.435
12L372LOOSE THERMAL2.4610
13M335LOOSE POSITIONAL0.525
13M335LOOSE THERMAL3.1810
LS精密化 シェル解像度: 1.851→1.899 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 1855 -
Rwork0.231 36291 -
all-38146 -
obs--92.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.239-0.0011-0.0960.1109-0.00060.27210.01430.03840.02940.00850.00490.0094-0.0137-0.0406-0.01920.05730.0101-0.01110.01020.00770.043964.938309.287198.122
20.33860.08190.06060.1771-0.00820.37390.02650.0822-0.09690.0350.0203-0.1063-0.0340.0728-0.04680.0454-0.0075-0.00660.0318-0.03830.1405126.3705314.3201194.3959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 514
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 607
3X-RAY DIFFRACTION1A608 - 609
4X-RAY DIFFRACTION1C301
5X-RAY DIFFRACTION1D201
6X-RAY DIFFRACTION1M101 - 102
7X-RAY DIFFRACTION1T101
8X-RAY DIFFRACTION1B1 - 227
9X-RAY DIFFRACTION1B301 - 302
10X-RAY DIFFRACTION1C3 - 261
11X-RAY DIFFRACTION1C302 - 308
12X-RAY DIFFRACTION1G101 - 102
13X-RAY DIFFRACTION1T102
14X-RAY DIFFRACTION1D4 - 147
15X-RAY DIFFRACTION1E5 - 109
16X-RAY DIFFRACTION1F1 - 98
17X-RAY DIFFRACTION1F101
18X-RAY DIFFRACTION1G1 - 84
19X-RAY DIFFRACTION1H7 - 85
20X-RAY DIFFRACTION1I1 - 73
21X-RAY DIFFRACTION1J1 - 58
22X-RAY DIFFRACTION1K6 - 54
23X-RAY DIFFRACTION1L2 - 47
24X-RAY DIFFRACTION1M1 - 43
25X-RAY DIFFRACTION1A705 - 919
26X-RAY DIFFRACTION1B404 - 530
27X-RAY DIFFRACTION1C401 - 495
28X-RAY DIFFRACTION1D301 - 393
29X-RAY DIFFRACTION1E301 - 385
30X-RAY DIFFRACTION1F202 - 278
31X-RAY DIFFRACTION1G202 - 237
32X-RAY DIFFRACTION1H204 - 229
33X-RAY DIFFRACTION1I101 - 118
34X-RAY DIFFRACTION1J102 - 122
35X-RAY DIFFRACTION1K401 - 412
36X-RAY DIFFRACTION1L201 - 221
37X-RAY DIFFRACTION1M201 - 221
38X-RAY DIFFRACTION1N701 - 916
39X-RAY DIFFRACTION1O404 - 512
40X-RAY DIFFRACTION1P402 - 493
41X-RAY DIFFRACTION1Q304 - 348
42X-RAY DIFFRACTION1R304 - 346
43X-RAY DIFFRACTION1S204 - 264
44X-RAY DIFFRACTION1T202 - 232
45X-RAY DIFFRACTION1U205 - 233
46X-RAY DIFFRACTION1V201 - 214
47X-RAY DIFFRACTION1W102 - 113
48X-RAY DIFFRACTION1X101
49X-RAY DIFFRACTION1Y201 - 214
50X-RAY DIFFRACTION1Z204 - 212
51X-RAY DIFFRACTION1C309 - 310
52X-RAY DIFFRACTION1P310 - 311
53X-RAY DIFFRACTION2N1 - 514
54X-RAY DIFFRACTION2N601 - 607
55X-RAY DIFFRACTION2G103
56X-RAY DIFFRACTION2N608 - 610
57X-RAY DIFFRACTION2P301
58X-RAY DIFFRACTION2Q201
59X-RAY DIFFRACTION2Z101
60X-RAY DIFFRACTION2O1 - 227
61X-RAY DIFFRACTION2O301 - 302
62X-RAY DIFFRACTION2P3 - 261
63X-RAY DIFFRACTION2G104
64X-RAY DIFFRACTION2P302 - 309
65X-RAY DIFFRACTION2T103
66X-RAY DIFFRACTION2Q4 - 147
67X-RAY DIFFRACTION2R5 - 109
68X-RAY DIFFRACTION2S1 - 98
69X-RAY DIFFRACTION2S101
70X-RAY DIFFRACTION2T1 - 84
71X-RAY DIFFRACTION2U7 - 85
72X-RAY DIFFRACTION2V1 - 73
73X-RAY DIFFRACTION2W1 - 58
74X-RAY DIFFRACTION2X6 - 54
75X-RAY DIFFRACTION2Y2 - 47
76X-RAY DIFFRACTION2Z1 - 43

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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