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万見
- PDB-3w39: Crystal structure of HLA-B*5201 in complexed with HIV immunodomin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w39
タイトルCrystal structure of HLA-B*5201 in complexed with HIV immunodominant epitope (TAFTIPSI)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-52 alpha chain
  • peptid from Gag-Pol polyprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Class I Major Histocompatibility Complex / MHC / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-independent / : / neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / type I interferon-mediated signaling pathway ...antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-independent / : / neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / type I interferon-mediated signaling pathway / plasma membrane => GO:0005886 / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of immune response / type II interferon-mediated signaling pathway / detection of bacterium / viral process / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / HIV-1 retropepsin / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / exoribonuclease H activity / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / defense response / host multivesicular body / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / DNA integration / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / viral genome integration into host DNA / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / specific granule lumen / recycling endosome membrane / RNA stem-loop binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / RNA-directed DNA polymerase activity / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / host cell / Interferon alpha/beta signaling / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / sensory perception of smell / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / early endosome membrane / protein-folding chaperone binding / T cell differentiation in thymus / protein refolding / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / DNA recombination / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Gag-Pol polyprotein / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yagita, Y. / Kuse, N. / Kuroki, K. / Gatanaga, H. / Carlson, J.M. / Chikata, T. / Brumme, Z.L. / Murakoshi, H. / Akahoshi, T. / Pfeifer, N. ...Yagita, Y. / Kuse, N. / Kuroki, K. / Gatanaga, H. / Carlson, J.M. / Chikata, T. / Brumme, Z.L. / Murakoshi, H. / Akahoshi, T. / Pfeifer, N. / Mallal, S. / John, M. / Ose, T. / Matsubara, H. / Kanda, R. / Fukunaga, Y. / Honda, K. / Kawashima, Y. / Ariumi, Y. / Oka, S. / Maenaka, K. / Takiguchi, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Distinct HIV-1 Escape Patterns Selected by Cytotoxic T Cells with Identical Epitope Specificity
著者: Yagita, Y. / Kuse, N. / Kuroki, K. / Gatanaga, H. / Carlson, J.M. / Chikata, T. / Brumme, Z.L. / Murakoshi, H. / Akahoshi, T. / Pfeifer, N. / Mallal, S. / John, M. / Ose, T. / Matsubara, H. / ...著者: Yagita, Y. / Kuse, N. / Kuroki, K. / Gatanaga, H. / Carlson, J.M. / Chikata, T. / Brumme, Z.L. / Murakoshi, H. / Akahoshi, T. / Pfeifer, N. / Mallal, S. / John, M. / Ose, T. / Matsubara, H. / Kanda, R. / Fukunaga, Y. / Honda, K. / Kawashima, Y. / Ariumi, Y. / Oka, S. / Maenaka, K. / Takiguchi, M.
履歴
登録2012年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-52 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: peptid from Gag-Pol polyprotein
D: HLA class I histocompatibility antigen, B-52 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: peptid from Gag-Pol polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7326
ポリマ－89,7326
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-52 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: peptid from Gag-Pol polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8663
ポリマ－44,8663
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, B-52 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: peptid from Gag-Pol polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8663
ポリマ－44,8663
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.045, 83.255, 170.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11CHAIN A
21CHAIN D
12CHAIN B
22CHAIN E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPROPROCHAIN AAA1 - 2771 - 277
21METMETPROPROCHAIN DDD1 - 2771 - 277
12ILEILEMETMETCHAIN BBB1 - 992 - 100
22ILEILEMETMETCHAIN EEE1 - 992 - 100

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-52 alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen heavy chain / Bw-52 / HLA class I histocompatibility antigen ...HLA class I histocompatibility antigen heavy chain / Bw-52 / HLA class I histocompatibility antigen / B-5 alpha chain / MHC class I antigen B*52


分子量: 32137.414 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR RESIDUES 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30490, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド peptid from Gag-Pol polyprotein


分子量: 848.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic HIV-1 PEPTIDE
由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 (Z2/CDC-Z34 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P12499

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M Bis Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→46.9 Å / Num. all: 18422 / Num. obs: 18422 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 23.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.241 / Net I/σ(I): 2.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 2548 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RAYONIXMX225HEデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 1.0E+28 / 解像度: 3.1→38.802 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.656 / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 38.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3469 912 5.15 %RANDOM
Rwork0.2952 ---
obs0.2979 17704 95.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.02 Å2 / Biso mean: 14.3983 Å2 / Biso min: 4.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→38.802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6312 0 0 0 6312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4848826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087906
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3282396
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2267X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.111
12D2267X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.111
21B829X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.124
22E829X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.124
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1001-3.26340.45351430.35542165230890
3.2634-3.46780.42351340.32012323245795
3.4678-3.73530.3641300.28962358248896
3.7353-4.11090.32491170.29382419253697
4.1109-4.70480.31641320.27872458259098
4.7048-5.92420.30251350.28512452258797
5.9242-38.8050.27391210.27222617273898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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