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万見
- PDB-3w2d: Crystal Structure of Staphylococcal Eenterotoxin B in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w2d
タイトルCrystal Structure of Staphylococcal Eenterotoxin B in complex with a novel neutralization monoclonal antibody Fab fragment
要素
  • Enterotoxin type B
  • Monoclonal Antibody 3E2 Fab figment heavy chain
  • Monoclonal Antibody 3E2 Fab figment light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Staphylococcal Eenterotoxin B
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enterotoxin type B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Liang, S.Y. / Hu, S. / Dai, J.X. / Guo, Y.J. / Lou, Z.Y.
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the neutralization and specificity of Staphylococcal enterotoxin B against its MHC Class II binding site.
著者: Xia, T. / Liang, S. / Wang, H. / Hu, S. / Sun, Y. / Yu, X. / Han, J. / Li, J. / Guo, S. / Dai, J. / Lou, Z. / Guo, Y.
履歴
登録2012年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enterotoxin type B
L: Monoclonal Antibody 3E2 Fab figment light chain
H: Monoclonal Antibody 3E2 Fab figment heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4114
ポリマ－76,3153
非ポリマー961
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area29010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.561, 109.308, 86.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.08, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-301-

HOH

21L-329-

HOH

31L-330-

HOH

41H-402-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enterotoxin type B / SEB


分子量: 28411.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: entB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01552
#2: 抗体 Monoclonal Antibody 3E2 Fab figment light chain


分子量: 23460.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Monoclonal Antibody 3E2 Fab figment heavy chain


分子量: 24443.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 13571 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 7.1 / Observed criterion σ(I): 3.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.1_743) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→36.436 Å / SU ML: 1.01 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2611 669 4.96 %
Rwork0.1963 --
obs0.1997 13478 98.82 %
all-13571 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.473 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3756 Å2-0 Å27.9234 Å2
2--4.4509 Å20 Å2
3----8.8265 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→36.436 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5253 0 5 135 5393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5357318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9431953
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.106799
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006931
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.33920.3731340.26022504X-RAY DIFFRACTION98
3.3392-3.6750.32411410.20072554X-RAY DIFFRACTION99
3.675-4.20610.22271240.17972532X-RAY DIFFRACTION99
4.2061-5.29660.21871290.15892596X-RAY DIFFRACTION99
5.2966-36.43850.24311410.21742623X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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