[日本語] English
万見
- PDB-3vw3: Antibody 64M-5 Fab in complex with a double-stranded DNA (6-4) ph... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vw3
タイトルAntibody 64M-5 Fab in complex with a double-stranded DNA (6-4) photoproduct
要素
  • (Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab ...) x 2
  • DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*(64T)P*(5PY)P*AP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*G)-3')
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA / Protein-DNA complex / DNA (6-4) photoproduct / Immunoglobulin / IMMUNE SYSTEM-DNA complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / COBALT HEXAMMINE(III) / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Satow, Y.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of a double-stranded DNA (6-4) photoproduct in complex with the 64M-5 antibody Fab
著者: Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Satow, Y.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of the DNA (6-4) photoproduct dTT(6-4)TT in complex with the 64M-2 antibody Fab fragment implies increased antibody-binding affinity by the flanking nucleotides
著者: Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Satow, Y. / Sato, K. / Komatsu, Y. / Ohtsuka, E. / Nikaido, O.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the 64M-2 antibody Fab fragment in complex with a DNA dT(6-4)T photoproduct formed by ultraviolet radiation
著者: Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Satow, Y. / Komatsu, Y. / Ohtsuka, E. / Nikaido, O.
履歴
登録2012年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月30日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (light chain)
H: Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (heavy chain)
A: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*(64T)P*(5PY)P*AP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9035
ポリマ－58,7424
非ポリマー1611
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area25090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.430, 68.430, 243.658
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*(64T)P*(5PY)P*AP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*G)-3')


分子量: 5638.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA with (6-4) photoproduct
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*G)-3')


分子量: 5396.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (light chain)


分子量: 23993.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
#2: 抗体 Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (heavy chain)


分子量: 23713.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c

-
非ポリマー , 2種, 145分子

#5: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12% PEG 3350, 0.1M magnesium acetate, 10mM Cobalt hexamine chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 20541 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 49.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 60.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 16 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1KEG

1keg


解像度: 2.5→28.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 573129.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 1993 9.8 %RANDOM
Rwork0.247 ---
obs0.247 20294 96.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.1259 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.77 Å20 Å20 Å2
2---7.77 Å20 Å2
3---15.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3307 732 7 144 4190
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.12
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.861.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.42.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 322 9.9 %
Rwork0.324 2916 -
obs--95.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3t64b.paramt64b.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION5nco_xplor_par.txtnco_xplor_top.txt

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る