PDB-3vr5: Crystal structure of nucleotide-free Enterococcus hirae V1-ATPase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vr5

タイトル

Crystal structure of nucleotide-free Enterococcus hirae V1-ATPase [eV1(L)]

要素

V-type sodium ATPase catalytic subunit A
V-type sodium ATPase subunit B
V-type sodium ATPase subunit D
V-type sodium ATPase subunit G

キーワード

HYDROLASE / V-ATPase / Enterococcus hirae / Rotary motor / P-loop / Na(+)-ATPase / ATP Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / sodium ion transport / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding
類似検索 - 分子機能

ATPase, V1 complex, subunit F / Rossmann fold - #12240 / ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Enterococcus hirae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Saijo, S. / Arai, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. ...

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Rotation mechanism of Enterococcus hirae V(1)-ATPase based on asymmetric crystal structures
著者: Arai, S. / Saijo, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Yamato, I. / Murata, T.

履歴

登録	2012年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月6日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vr5.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vr5.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/3vr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/3vr5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3vr2C 3vr3C 3vr4SC 3vr6C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vr6-d 3vr4-d 3a5c-1 3a5c-2 3a5d-2 5knb-d 3a5d-1 5knd-d 5knc-d 3w3a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (19) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (12) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

B: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

C: V-type sodium ATPase catalytic subunit A

D: V-type sodium ATPase subunit B

E: V-type sodium ATPase subunit B

F: V-type sodium ATPase subunit B

G: V-type sodium ATPase subunit D

H: V-type sodium ATPase subunit G

398 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.330, 129.320, 234.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A 分子量: 67473.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpA / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15
#2: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit B / Na(+)-translocating ATPase subunit B / V-type sodium pump subunit B 分子量: 52424.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpB / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q08637, EC: 3.6.3.15
#3: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit D / Na(+)-translocating ATPase subunit D / V-type sodium pump subunit D 分子量: 25587.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpD / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: P43435*PLUS, EC: 3.6.3.15
#4: タンパク質	V-type sodium ATPase subunit G / Na(+)-translocating ATPase subunit G / V-type sodium pump subunit G 分子量: 12783.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpG, ntpQ / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: P43455, EC: 3.6.3.15
Has protein modification	Y
配列の詳細	CURRENTLY THE SEQUENCE OF CHAIN G HAS NOT BEEN SUBMITTED TO THE SEQUENCE DATABASE. RESIDUES (-6)-0 ...CURRENTLY THE SEQUENCE OF CHAIN G HAS NOT BEEN SUBMITTED TO THE SEQUENCE DATABASE. RESIDUES (-6)-0 IN CHAIN G ARE EXPRESSION TAGS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 19.2% PEG3350, 0.2M NaF, 0.1M Bis-Tris propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月5日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.767
1	1	K, H, -L	2	0.233

反射

解像度: 3.9→50 Å / Num. all: 36120 / Num. obs: 36120 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 75.839 Å² / R_merge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 11.43

反射シェル

解像度: 3.9→4.14 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 5663 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VR4

3vr4

解像度: 3.9→49.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.894 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.865 / SU B: 87.514 / SU ML: 0.548 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	1659	4.7 %	RANDOM
R_work	0.20696	-	-	-
all	0.20896	33768	-	-
obs	0.20896	33768	97.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 100.468 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-95.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	94.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.9→49.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23655	0	0	0	23655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	24044
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.978	32856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.161	5	3334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.11	24.529	839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.888	15	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.973	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	3963
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	18231
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.901→4.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	83	-
R_work	0.221	1732	-
obs	-	1815	69.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3197	-0.0248	-2.0616	8.1216	-5.1208	4.6427	-0.3593	-0.9802	-0.0123	0.8589	0.4845	0.2413	-0.526	0.1824	-0.1252	0.8004	-0.1326	-0.034	0.8129	-0.0394	0.554	59.5349	12.8364	-1.557
2	3.7512	-0.2064	-0.2096	1.7721	0.0997	1.6165	0.0633	-0.544	0.6585	0.3271	-0.0621	-0.1779	-0.6126	0.3859	-0.0012	0.835	-0.1835	0.1218	0.2145	-0.1162	0.4953	35.6924	28.1185	-2.394
3	4.9642	-1.7433	1.933	1.6175	-1.3945	2.6355	0.2541	0.7484	0.2867	-0.3717	-0.1303	0.4115	-0.3432	-0.567	-0.1238	0.8897	0.2241	0.2131	0.6396	-0.0223	0.6663	7.3005	29.5238	-24.0546
4	4.4943	-2.4608	2.1841	1.4983	-1.2587	1.1146	0.0637	-0.5948	-0.7525	0.0118	0.1601	0.0763	0.1128	-0.1453	-0.2238	0.7195	0.0737	-0.0952	0.5711	0.5421	0.9711	47.3326	-27.8505	4.4203
5	1.2867	-0.0271	-0.1981	3.9762	0.2555	1.8436	-0.1599	0.0479	-0.7682	0.4296	0.1949	0.6406	0.5711	-0.0905	-0.035	0.7982	-0.0029	-0.1619	0.3837	0.4333	1.4084	30.3348	-49.4394	-0.8093
6	2.4341	-1.05	0.409	1.1344	0.2436	1.8062	0.3139	0.0343	-1.0787	0.2313	-0.0544	0.0732	0.7182	-0.1989	-0.2595	0.6665	-0.0287	-0.1854	0.1598	0.0079	1.1776	19.8032	-37.182	-17.5391
7	1.3737	0.276	-0.7013	3.3852	-0.9216	3.2491	0.085	0.0383	-0.9192	-0.148	0.1867	0.0867	0.2435	0.021	-0.2717	0.3868	-0.0167	-0.1957	0.0265	0.0196	1.0038	31.8745	-33.5181	-14.8435
8	0.7956	0.14	1.5834	2.1608	-3.0833	8.4467	-0.5486	0.2292	-0.3164	-0.6784	0.9392	-0.1537	-0.2388	-0.9335	-0.3906	0.6514	-0.3781	-0.0537	0.4346	-0.2124	1.1768	22.2254	-22.2789	-26.6312
9	0.9721	-0.6483	-0.9097	0.6446	1.1088	2.1329	0.3715	0.4761	0.1601	-0.1852	-0.1975	-0.1542	0.0463	-0.3463	-0.1739	1.1137	-0.1386	-0.2894	0.667	-0.2918	1.1582	14.9254	-31.7578	-40.5076
10	3.7292	-0.6219	0.9792	2.0268	-0.503	3.2979	0.179	0.2896	-0.7145	-0.7242	0.1784	0.4998	0.1035	-0.6771	-0.3574	0.8174	-0.1343	-0.3775	0.7744	-0.2468	1.0625	-1.2164	-31.1186	-40.2255
11	5.2753	0.8521	-0.7456	2.3374	-1.9503	6.0248	0.5729	0.6309	-0.4526	-0.0909	-0.3016	-0.6919	-0.2629	0.5071	-0.2714	0.5979	0.2707	0.0495	0.7069	-0.0121	0.5549	77.6991	-15.9195	-30.7429
12	3.3519	0.6168	-0.3559	1.4212	-1.1135	1.1288	-0.0139	0.6755	0.1543	-0.2104	0.0622	-0.4009	-0.0284	0.2604	-0.0483	0.9803	0.1064	0.3405	1.4751	-0.1956	0.7065	82.079	-4.6761	-53.538
13	2.5554	0.6009	-2.0065	2.8337	-0.0113	3.8063	0.1024	0.8362	0.3093	-0.3097	-0.0284	-0.1328	-0.0877	0.3223	-0.074	0.6916	0.2413	0.2224	0.9592	0.2195	0.3964	60.9912	-4.1861	-49.7972
14	11.5532	-5.4211	-1.1251	2.8591	1.117	3.2908	0.3207	1	0.1075	-0.5665	-0.434	0.217	-0.1168	-0.371	0.1133	1.4376	0.1594	0.1377	1.3947	0.3296	0.8291	39.0495	3.5023	-65.1452
15	0.288	-0.0253	0.8311	0.0173	-0.0947	2.5937	-0.3949	0.1081	-0.0324	-0.084	0.0247	-0.0559	-1.3136	0.0583	0.3702	1.9894	0.3547	0.0958	2.2303	0.5097	1.5483	38.1464	2.0592	-78.4428
16	11.8103	-10.0462	-9.1064	11.3982	4.498	11.3403	0.9425	-0.2444	0.1774	-1.2654	-0.7591	-0.0342	-1.0505	1.4857	-0.1834	1.0749	-0.2306	-0.0604	0.6798	0.1035	0.583	76.8348	6.7565	-18.9029
17	0.1023	0.0755	0.0165	0.0579	0.0109	0.0041	-0.192	0.4073	-0.1386	-0.0502	0.2411	-0.0958	-0.0328	0.0864	-0.0492	1.4712	-0.1328	1.0113	2.1766	0.4129	1.8847	73.1628	27.2868	-33.3169
18	2.6014	-0.1314	4.469	0.2133	-0.038	7.8664	-0.066	-0.2555	0.4562	-0.1787	-0.223	-0.511	-0.1162	-0.616	0.289	0.9461	-0.2411	0.3118	0.52	0.4787	1.2516	49.6346	32.284	-30.8667
19	4.9007	0.4914	0.1746	6.2163	-3.139	1.8023	-0.3208	0.9126	0.4487	-0.0721	0.0488	-0.4393	-0.2396	0.4012	0.2719	0.995	-0.2233	0.4174	1.0379	0.4266	0.6192	58.6405	24.5312	-42.2333
20	2.1768	-0.9322	1.4455	1.8984	-0.9818	2.6678	0.1308	0.2082	0.3274	-0.1345	-0.1337	0.0066	-0.1879	-0.0509	0.0029	0.7477	0.0404	0.3731	0.3994	0.3674	0.5978	50.3347	20.8706	-31.3056
21	6.0978	0.6612	2.2009	1.1611	-0.391	5.2098	0.2112	-0.0348	0.636	-0.2363	-0.6816	0.1904	-0.0885	-0.7337	0.4704	1.0934	0.1963	0.1505	0.9732	0.2981	0.9717	29.675	29.7747	-51.4209
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26	3.9208	0.783	0.3082	1.4003	-0.2332	0.911	-0.0829	0.4651	0.1683	-0.46	0.2746	0.5984	0.0348	-0.5927	-0.1917	0.6135	-0.07	-0.0789	0.523	0.2291	0.7478	-0.9115	-8.5937	-18.9
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30	4.0125	-1.9003	-1.6848	1.7756	0.6425	0.7684	-0.1339	0.5841	-0.731	-0.0922	-0.1302	0.1523	0.2513	-0.1844	0.2641	0.9561	0.2089	-0.103	0.4556	-0.6144	1.0499	48.8428	-37.5632	-36.705
31	2.6314	-0.4064	-3.1393	3.5007	-0.3198	7.5958	-0.0227	0.5728	-0.5851	0.0058	-0.2542	0.0744	-0.2574	0.6056	0.277	0.5527	0.0724	0.0091	0.6957	-0.4532	0.5566	51.2746	-22.9938	-38.8242
32	6.7962	-2.7879	0.0492	1.3934	-0.8105	3.8651	0.3271	1.2776	0.2644	-0.4251	-0.3013	-0.1169	0.0622	-0.2926	-0.0258	1.1453	0.0139	-0.0973	1.4773	-0.5006	0.7695	36.037	-21.4356	-56.0424
33	30.223	15.1966	-13.5362	7.6418	-6.7937	6.7427	0.1995	1.1226	1.3813	0.0693	0.598	0.6886	0.2977	-1.2037	-0.7975	1.7399	0.1845	-0.3876	2.5424	-0.3613	0.3634	22.5141	-16.4075	-62.1061
34	4.1867	-2.6504	2.0537	1.8177	-1.7957	3.3101	0.5952	1.131	0.0948	0.0082	-0.2038	-0.1019	-0.7327	-0.6934	-0.3914	2.0013	0.1175	-0.0978	1.883	-0.285	0.9771	34.1113	-25.0405	-67.6405
35	17.0513	-1.8503	13.2175	2.4876	0.3898	11.8907	-1.3799	-1.3101	1.2043	-0.3057	0.1027	0.2275	-1.0316	-1.0667	1.2772	1.0705	-0.148	-0.0364	1.0651	0.2985	0.4407	5.242	4.7536	-53.9715
36	12.6331	30.5851	36.8172	74.0711	89.1327	107.3003	-0.9698	1.2294	-0.3629	-1.447	2.5558	-0.743	-1.5072	3.5237	-1.586	2.1395	0.5116	-0.2354	2.7964	1.8723	2.5867	-23.4896	-7.5107	-90.8363
37	17.8395	11.663	20.1582	8.0357	13.6699	34.8483	0.3696	-0.1217	-0.7146	0.3698	0.524	0.0215	-1.1014	-0.2125	-0.8936	1.8904	0.4228	-0.2271	1.2423	0.2949	1.2257	-1.8001	6.8414	-76.4868
38	28.0943	2.8739	19.5838	0.6078	2.4671	16.9802	0.5052	1.6237	-0.6532	-0.5738	0.0688	0.2828	-0.3293	1.2339	-0.574	1.4153	0.1945	-0.684	0.9871	0.0012	0.6471	-0.8285	2.9872	-62.8972
39	43.1755	-5.4231	32.5554	2.3414	-5.6194	26.1907	2.2646	-0.1412	-1.149	-0.3069	-0.6055	0.6085	1.8332	0.0362	-1.6592	0.8286	0.1226	-0.0017	1.0998	0.1026	0.7325	37.1784	-4.6518	-27.1858
40	127.8004	134.8103	-111.8606	180.0309	-110.6725	99.3746	-5.7033	3.8759	1.7053	-9.1434	5.9321	7.4547	4.2106	-2.9306	-0.2289	1.7561	0.238	-1.0526	1.0912	0.5203	2.5553	-6.8486	-4.3752	-79.8034
41	24.7211	-4.0805	15.159	7.6654	1.5174	11.7047	-0.3058	0.3679	-0.7843	-1.3483	0.737	0.069	-0.5358	0.6592	-0.4312	2.6615	0.076	-0.0946	1.7392	-0.1254	1.2371	-9.326	-10.1253	-79.551
42	5.4531	10.7571	4.1156	21.3939	8.1393	3.1141	0.2446	0.0905	0.2626	0.1818	-0.3002	0.1889	0.2508	0.0113	0.0556	2.0937	0.8157	-0.3275	1.66	0.5431	1.7778	-5.7188	-8.8964	-70.819
43	0.4357	5.0521	-9.4737	59.1598	-110.7658	207.4431	1.8622	-0.3728	-0.1132	3.999	-3.718	0.0042	-7.6589	9.4886	1.8558	2.2663	1.1603	-1.6108	1.9591	-1.6359	3.1369	-5.5537	-3.7624	-69.9844
44	18.4818	-6.7893	10.3517	2.4979	-3.8185	8.9859	0.7349	-1.5288	-1.883	-0.3199	0.5945	0.6613	0.969	-1.4712	-1.3294	1.1717	-0.2238	-0.2863	1.6713	0.2003	1.584	-11.0879	-2.0717	-58.3224

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 390
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	391 - 587
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-6 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	64 - 185
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	186 - 284
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	285 - 390
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	391 - 426
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	427 - 477
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	478 - 586
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1 - 90
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	91 - 226
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	227 - 453
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	454 - 533
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	534 - 579
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	4 - 77
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	78 - 106
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	107 - 147
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	148 - 217
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	218 - 364
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	365 - 455
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	4 - 77
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	78 - 187
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	188 - 263
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	264 - 305
26	X-RAY DIFFRACTION	26	E	306 - 455
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	1 - 38
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	39 - 77
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	78 - 187
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	188 - 263
31	X-RAY DIFFRACTION	31	F	264 - 322
32	X-RAY DIFFRACTION	32	F	323 - 389
33	X-RAY DIFFRACTION	33	F	390 - 411
34	X-RAY DIFFRACTION	34	F	412 - 453
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	6 - 66
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	G	81 - 132
38	X-RAY DIFFRACTION	38	G	133 - 172
39	X-RAY DIFFRACTION	39	G	173 - 206
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	2 - 10
41	X-RAY DIFFRACTION	41	H	11 - 42
42	X-RAY DIFFRACTION	42	H	43 - 65
43	X-RAY DIFFRACTION	43	H	66 - 76
44	X-RAY DIFFRACTION	44	H	77 - 101

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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