+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vr4 | ||||||
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Title | Crystal structure of Enterococcus hirae V1-ATPase [eV1] | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / V-ATPase / Enterococcus hirae / Rotary motor / P-loop / Na(+)-ATPase / ATP Binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism ...Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lysosomal membrane / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterococcus hirae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT, SAD / Resolution: 2.172 Å | ||||||
Authors | Saijo, S. / Arai, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. ...Saijo, S. / Arai, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Yamato, I. / Murata, T. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Rotation mechanism of Enterococcus hirae V(1)-ATPase based on asymmetric crystal structures Authors: Arai, S. / Saijo, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Yamato, I. / Murata, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vr4.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vr4.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vr4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3vr4_validation.pdf.gz | 990.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3vr4_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 3vr4_validation.xml.gz | 132 KB | Display | |
Data in CIF | 3vr4_validation.cif.gz | 187.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/3vr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/3vr4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3vr2SC 3vr3C 3vr5C 3vr6C 3a5cS 3aonS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 67473.273 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (bacteria) / Gene: ntpA / Production host: Cell free synthesis / References: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15 |
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-V-type sodium ATPase subunit ... , 3 types, 5 molecules DEFGH
#2: Protein | Mass: 52424.312 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (bacteria) / Gene: ntpB / Production host: Cell free synthesis / References: UniProt: Q08637, EC: 3.6.3.15 #3: Protein | | Mass: 25587.996 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (bacteria) / Gene: ntpD / Production host: Cell free synthesis / References: UniProt: P43435*PLUS, EC: 3.6.3.15 #4: Protein | | Mass: 12783.129 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (bacteria) / Gene: ntpG / Production host: Cell free synthesis / References: UniProt: P43455, EC: 3.6.3.15 |
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-Non-polymers , 4 types, 1806 molecules
#5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | CURRENTLY THE SEQUENCE OF CHAIN G HAS NOT BEEN SUBMITTED TO THE SEQUENCE DATABASE. RESIDUES (-6)-0 ...CURRENTLY THE SEQUENCE OF CHAIN G HAS NOT BEEN SUBMITTED TO THE SEQUENCE DATABASE. RESIDUES (-6)-0 IN CHAIN G ARE EXPRESSION |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 29.2% PEG3350, 0.1M NaF, 0.1M Bis-Tris propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection twin | Operator: k,h,-l / Fraction: 0.036 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.17→37.12 Å / Num. all: 195452 / Num. obs: 195452 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 29.349 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.8 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.17→2.23 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 13905 / % possible all: 97.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT, SAD Starting model: 3VR2, 3AON, 3A5C Resolution: 2.172→34.042 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8539 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / Phase error: 22.26 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.996 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 187.02 Å2 / Biso mean: 32.7787 Å2 / Biso min: 8.13 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.172→34.042 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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