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Yorodumi- PDB-3aon: Crystal structure of the central axis (NtpD-NtpG) in the catalyti... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3aon | ||||||
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Title | Crystal structure of the central axis (NtpD-NtpG) in the catalytic portion of Enterococcus hirae V-type sodium ATPase | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / V-ATPase / Enterococcus / Coiled-coil / Alpha/beta fold / Na(+)-ATPase / NtpA3-NtpB3 / NtpC / central axis | ||||||
Function / homology | Function and homology information proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterococcus hirae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Saijo, S. / Arai, S. / Hossain, K.M.M. / Yamato, I. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Murata, T. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2011 Title: Crystal structure of the central axis DF complex of the prokaryotic V-ATPase Authors: Saijo, S. / Arai, S. / Hossain, K.M.M. / Yamato, I. / Suzuki, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Murata, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3aon.cif.gz | 133.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3aon.ent.gz | 110.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3aon.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3aon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3aon | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25587.996 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (bacteria) / Gene: ntpD / Production host: Cell free synthesis References: UniProt: P43435*PLUS, H+-transporting two-sector ATPase |
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#2: Protein | Mass: 12783.129 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (bacteria) / Gene: ntpG, ntpQ / Production host: Cell free synthesis References: UniProt: P43455, H+-transporting two-sector ATPase |
#3: Chemical | ChemComp-NO3 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Sequence details | A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST AND WILL BE DEPOSITED TO ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST AND WILL BE DEPOSITED TO DATABASE. THE N-TERMINAL GSSGSSG ARE EXPRESSION |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 18% PEG 3350, 0.2 M Sodium Nitrate, 0.1M MES-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 0.9791, 0.9794, 1.0000 | ||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jul 17, 2009 | ||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rotated-inclined double-crystal monochromator Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2→34.16 Å / Num. all: 21698 / Num. obs: 21698 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.7 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3128 / % possible all: 96.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2→31.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 10.876 / SU ML: 0.135 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.179 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.498 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→31.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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