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- PDB-6rz8: Crystal structure of the human cysteinyl leukotriene receptor 2 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rz8
タイトルCrystal structure of the human cysteinyl leukotriene receptor 2 in complex with ONO-2080365
要素Cysteinyl leukotriene receptor 2,Soluble cytochrome b562,Cysteinyl leukotriene receptor 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / LCP / cysteinyl leukotriene / cyslt2 / cysltr2 / cyslt2r / asthma / BRIL / Cysteinyl Leukotriene Receptor 2
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteinyl leukotriene receptor activity / leukotriene receptor activity / Leukotriene receptors / LTC4-CYSLTR mediated IL4 production / galanin receptor activity / electron transport chain / neuropeptide signaling pathway / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / electron transfer activity ...cysteinyl leukotriene receptor activity / leukotriene receptor activity / Leukotriene receptors / LTC4-CYSLTR mediated IL4 production / galanin receptor activity / electron transport chain / neuropeptide signaling pathway / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / electron transfer activity / periplasmic space / immune response / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cysteinyl leukotriene receptor 2 / Cysteinyl leukotriene receptor / Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Cysteinyl leukotriene receptor 2 / Cysteinyl leukotriene receptor / Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KNZ / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / Cysteinyl leukotriene receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gusach, A. / Luginina, A. / Marin, E. / Brouillette, R.L. / Besserer-Offroy, E. / Longpre, J.M. / Ishchenko, A. / Popov, P. / Fujimoto, T. / Maruyama, T. ...Gusach, A. / Luginina, A. / Marin, E. / Brouillette, R.L. / Besserer-Offroy, E. / Longpre, J.M. / Ishchenko, A. / Popov, P. / Fujimoto, T. / Maruyama, T. / Stauch, B. / Ergasheva, M. / Romanovskaya, D. / Stepko, A. / Kovalev, K. / Shevtsov, M. / Gordeliy, V. / Han, G.W. / Sarret, P. / Katritch, V. / Borshchevskiy, V. / Mishin, A. / Cherezov, V.
資金援助 ロシア, 米国, カナダ, 4件
組織認可番号国
Russian Science Foundation16-14-10273 ロシア
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127086 米国
Canadian Institutes of Health Research カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Nature et Technologies カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis of ligand selectivity and disease mutations in cysteinyl leukotriene receptors.
著者: Gusach, A. / Luginina, A. / Marin, E. / Brouillette, R.L. / Besserer-Offroy, E. / Longpre, J.M. / Ishchenko, A. / Popov, P. / Patel, N. / Fujimoto, T. / Maruyama, T. / Stauch, B. / Ergasheva, ...著者: Gusach, A. / Luginina, A. / Marin, E. / Brouillette, R.L. / Besserer-Offroy, E. / Longpre, J.M. / Ishchenko, A. / Popov, P. / Patel, N. / Fujimoto, T. / Maruyama, T. / Stauch, B. / Ergasheva, M. / Romanovskaia, D. / Stepko, A. / Kovalev, K. / Shevtsov, M. / Gordeliy, V. / Han, G.W. / Katritch, V. / Borshchevskiy, V. / Sarret, P. / Mishin, A. / Cherezov, V.
履歴
登録2019年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_audit_support / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteinyl leukotriene receptor 2,Soluble cytochrome b562,Cysteinyl leukotriene receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,01115
ポリマ－45,9961
非ポリマー5,01514
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.440, 78.440, 172.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Cysteinyl leukotriene receptor 2,Soluble cytochrome b562,Cysteinyl leukotriene receptor 2 / CysLTR2 / G-protein coupled receptor GPCR21 / hGPCR21 / G-protein coupled receptor HG57 / HPN321 / ...CysLTR2 / G-protein coupled receptor GPCR21 / hGPCR21 / G-protein coupled receptor HG57 / HPN321 / Cytochrome b-562 / CysLTR2 / G-protein coupled receptor GPCR21 / hGPCR21 / G-protein coupled receptor HG57 / HPN321


分子量: 45995.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: CYSLTR2, CYSLT2, CYSLT2R, PSEC0146, cybC / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NS75, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-KNZ / (2~{S})-8-[[4-[4-[2,3-bis(fluoranyl)phenoxy]butoxy]-2-fluoranyl-phenyl]carbonylamino]-4-(4-oxidanyl-4-oxidanylidene-but yl)-2,3-dihydro-1,4-benzoxazine-2-carboxylic acid / ONO-2080365


分子量: 602.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H29F3N2O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: 100 mM K Formate 30% v/v PEG400 100 mM TRIS-HCl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 14227 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.239 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 2.758 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.41 / Rpim(I) all: 0.766 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12-2829精密化
BUSTER2.10.3精密化
XDS20161205データ削減
XSCALE20180319データスケーリング
PHASER1.12-2829位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RZ4

6rz4


解像度: 2.7→29.924 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 711 5 %
Rwork0.1938 --
obs0.1964 14226 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 82.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.924 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2764 0 222 17 3003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7484078
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5931799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048482
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005494
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.90840.3451370.26942688X-RAY DIFFRACTION100
2.9084-3.20080.33871350.24442706X-RAY DIFFRACTION100
3.2008-3.66330.24961470.20382687X-RAY DIFFRACTION100
3.6633-4.61260.23291400.1582724X-RAY DIFFRACTION100
4.6126-29.9260.21431520.18982712X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.37570.1641-0.05752.19181.15482.146-0.0145-0.05510.13320.0673-0.07770.2397-0.1369-0.08280.03070.38510.02830.02660.2620.02690.4058109.979964.5101-6.767
27.5364-1.6287-0.05457.95082.95543.65190.49150.00410.0511-0.4216-0.21950.01361.6273-1.0023-0.28031.08960.0152-0.11070.87180.05680.5252130.56453.248739.5294
34.5140.3309-0.70123.68890.62524.62120.2431-0.4049-0.06650.2641-0.16140.11320.07510.4488-0.04820.3073-0.0303-0.05330.3360.01880.4799118.461758.1606-6.7567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 31 through 232)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 1001 through 1106)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 240 through 313)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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