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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5knc | ||||||
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Title | Crystal structure of the 3 ADP-bound V1 complex | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / P-loop / Na(+)-ATPase / ATP Binding | ||||||
Function / homology | ![]() Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism ...Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lysosomal membrane / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Suzuki, K. / Mizutani, K. / Maruyama, S. / Shimono, K. / Imai, F.L. / Muneyuki, E. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. ...Suzuki, K. / Mizutani, K. / Maruyama, S. / Shimono, K. / Imai, F.L. / Muneyuki, E. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Yamato, I. / Murata, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structures of the ATP-binding and ADP-release dwells of the V1 rotary motor Authors: Suzuki, K. / Mizutani, K. / Maruyama, S. / Shimono, K. / Imai, F.L. / Muneyuki, E. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Yamato, I. / Murata, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 115.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 154.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5knbSC ![]() 5kndC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 66347.797 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 9790 / Gene: ntpA / Production host: ![]() ![]() |
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-V-type sodium ATPase subunit ... , 3 types, 5 molecules DEFGH
#2: Protein | Mass: 51720.898 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 9790 / Gene: ntpB / Production host: ![]() ![]() #3: Protein | | Mass: 25119.043 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 9790 / Gene: ntpD / Production host: ![]() ![]() #4: Protein | | Mass: 12689.339 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 9790 / Gene: ntpG / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 93 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-SO4 / | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-GOL / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG3350, sodium fluoride, Bis-tris propane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 15, 2013 |
Radiation | Monochromator: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: k,h,-l / Fraction: 0.06 |
Reflection | Resolution: 3.015→50 Å / Num. obs: 67952 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.6 % / Net I/σ(I): 10.08 |
Reflection shell | Resolution: 3.02→3.21 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.064 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / % possible all: 95.4 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5KNB Resolution: 3.015→48.372 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.64
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.015→48.372 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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