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- PDB-3vr4: Crystal structure of Enterococcus hirae V1-ATPase [eV1] -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vr4
タイトルCrystal structure of Enterococcus hirae V1-ATPase [eV1]
要素
  • (V-type sodium ATPase subunit ...) x 3
  • V-type sodium ATPase catalytic subunit A
キーワードHYDROLASE / V-ATPase / Enterococcus hirae / Rotary motor / P-loop / Na(+)-ATPase / ATP Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ATPase, V1 complex, subunit F / Rossmann fold - #12240 / ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit ...ATPase, V1 complex, subunit F / Rossmann fold - #12240 / ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit barrel-sandwich domain / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type sodium ATPase subunit D / V-type sodium ATPase subunit G / V-type sodium ATPase catalytic subunit A / V-type sodium ATPase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus hirae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 単波長異常分散 / 解像度: 2.172 Å
データ登録者Saijo, S. / Arai, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. ...Saijo, S. / Arai, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Yamato, I. / Murata, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Rotation mechanism of Enterococcus hirae V(1)-ATPase based on asymmetric crystal structures
著者: Arai, S. / Saijo, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Yamato, I. / Murata, T.
履歴
登録2012年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
B: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
C: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
D: V-type sodium ATPase subunit B
E: V-type sodium ATPase subunit B
F: V-type sodium ATPase subunit B
G: V-type sodium ATPase subunit D
H: V-type sodium ATPase subunit G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)399,40119
ポリマ－398,0648
非ポリマー1,33711
水32,3371795
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37740 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area117040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.980, 128.480, 225.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A


分子量: 67473.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpA / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15

-
V-type sodium ATPase subunit ... , 3種, 5分子 DEFGH

#2: タンパク質 V-type sodium ATPase subunit B / Na(+)-translocating ATPase subunit B / V-type sodium pump subunit B


分子量: 52424.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpB / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q08637, EC: 3.6.3.15
#3: タンパク質 V-type sodium ATPase subunit D / Na(+)-translocating ATPase subunit D / V-type sodium pump subunit D


分子量: 25587.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpD / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: P43435*PLUS, EC: 3.6.3.15
#4: タンパク質 V-type sodium ATPase subunit G / Na(+)-translocating ATPase subunit G / V-type sodium pump subunit G


分子量: 12783.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpG / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: P43455, EC: 3.6.3.15

-
非ポリマー , 4種, 1806分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細CURRENTLY THE SEQUENCE OF CHAIN G HAS NOT BEEN SUBMITTED TO THE SEQUENCE DATABASE. RESIDUES (-6)-0 ...CURRENTLY THE SEQUENCE OF CHAIN G HAS NOT BEEN SUBMITTED TO THE SEQUENCE DATABASE. RESIDUES (-6)-0 IN CHAIN G ARE EXPRESSION TAGS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 29.2% PEG3350, 0.1M NaF, 0.1M Bis-Tris propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A10.97919
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 210r1CCD2009年12月16日
ADSC QUANTUM 210r2CCD2009年12月16日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979191
211
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.036
反射解像度: 2.17→37.12 Å / Num. all: 195452 / Num. obs: 195452 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 29.349 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.17→2.23 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 13905 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_934)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換, 単波長異常分散
開始モデル: 3VR2, 3AON, 3A5C

3vr2

3aon

3a5c


解像度: 2.172→34.042 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8539 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 22.26 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2108 9799 5.09 %RANDOM
Rwork0.1665 ---
all0.1685 ---
obs0.1685 194627 98.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.996 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 187.02 Å2 / Biso mean: 32.7787 Å2 / Biso min: 8.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5525 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.2784 Å20 Å2
3---0.8309 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.172→34.042 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26189 0 87 1795 28071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00326903
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73836359
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0514168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9710089
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1731-2.21050.26699430.2303175021844592
2.2105-2.25070.27569460.2263178951884195
2.2507-2.2940.25489430.2226180311897495
2.294-2.34080.25739810.2117178471882895
2.3408-2.39170.25469860.2078178611884795
2.3917-2.44730.25119100.2066180571896795
2.4473-2.50840.2539620.2039179431890595
2.5084-2.57620.24758780.2011180061888495
2.5762-2.6520.23619730.1916179381891195
2.652-2.73750.242210080.1891179571896595
2.7375-2.83520.238210410.1819178941893594
2.8352-2.94860.22628760.1774179981887495
2.9486-3.08270.22699410.1699179631890495
3.0827-3.2450.2219590.1625179491890895
3.245-3.44790.21749410.1543180051894695
3.4479-3.71360.186710040.1397178381884294
3.7136-4.08630.17179890.1287177221871194
4.0863-4.67520.15359280.1164176351856393
4.6752-5.88140.16979050.144174821838792
5.8814-28.05170.20148350.1731169551779090
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.89120.42511.35533.98072.40493.2319-0.08550.13910.1111-0.25170.1706-0.0261-0.20940.0848-0.09340.2314-0.02210.0410.14410.02340.20945.291626.325556.8945
20.38960.0546-0.09761.40510.1820.731-0.02790.0080.071-0.17090.0508-0.1671-0.04690.1608-0.01740.1398-0.01320.010.1784-0.04630.210860.89392.369357.6053
31.7876-1.32331.43252.6541-1.37811.6947-0.2891-0.37740.13630.63390.19010.0902-0.0877-0.28320.03090.28050.02640.01430.2484-0.06130.255651.5823-8.486578.003
40.9957-0.51940.42851.9694-0.70581.01080.0519-0.0734-0.16270.28840.0384-0.12280.41220.1323-0.0390.33660.1162-0.05260.1334-0.05340.21763.8019-30.297280.5299
50.70110.4893-0.51720.7409-0.18580.46480.05060.05110.0607-0.1427-0.02950.0516-0.0837-0.1109-0.03080.21960.0238-0.03380.18710.01560.15031.622811.231553.4007
60.9144-0.06360.07450.5837-0.01711.19150.06460.2348-0.0322-0.15550.02550.2291-0.0225-0.3415-0.08210.1333-0.0226-0.05270.21940.00850.2455-16.9775-2.797363.7099
70.7821-0.2497-0.32790.4475-0.22670.71470.00290.0236-0.1481-0.0902-0.0060.13850.1602-0.05330.01050.1641-0.0107-0.02750.1528-0.02350.166-0.7048-9.205468.4242
81.1287-0.3710.10061.3946-0.3861.10330.0329-0.1616-0.31940.0675-0.02170.10010.2494-0.04250.01770.1002-0.0369-0.01430.01640.01810.11471.9854-19.040290.6489
90.73060.16120.59820.07210.41792.9392-0.03960.05430.23-0.0771-0.0074-0.0813-0.0470.0690.05570.24160.05080.00280.11580.01420.250918.017645.875886.0002
102.1011.03580.26711.57210.22030.4913-0.0715-0.13460.611-0.01750.01920.0903-0.12990.03630.03850.24060.0241-0.03160.132-0.07120.375625.545756.5803108.9934
111.4310.00850.48470.4751-0.33510.61310.0224-0.02770.02160.08320.00440.0364-0.058-0.029-0.03140.14420.00420.0030.1205-0.0570.176626.911233.6796107.2243
121.07830.04350.28960.9197-0.60310.78420.01330.082-0.1008-0.05080.0402-0.0480.1086-0.0353-0.05140.0922-0.00090.00730.1061-0.06610.182635.492724.6114103.4307
132.6545-0.4648-0.15142.8902-0.99722.23760.1711-0.312-0.23770.5135-0.03010.160.28350.0643-0.08770.3245-0.0426-0.05330.15990.00880.213136.74235.1405124.9289
144.371-3.2967-1.66582.62271.50311.1283-0.1977-0.13430.06290.12590.1271-0.0062-0.11220.02940.07040.29690.0020.03040.17480.04510.267640.235944.349173.9856
150.61680.0105-0.62190.9356-0.80281.35950.06390.04420.0130.0343-0.042-0.2242-0.15830.2608-0.01040.1473-0.0585-0.05840.2543-0.07170.272663.869126.016886.519
160.7814-0.35350.05881.9001-0.66681.75460.031-0.03930.06660.30540.0215-0.2793-0.23980.342-0.0570.2038-0.0165-0.05550.2111-0.07390.25257.427126.408197.4599
170.3096-0.10750.0360.6764-0.33131.1760.01880.0322-0.0562-0.02130.0508-0.13890.10270.1539-0.06290.1163-0.0029-0.03310.1636-0.07590.241954.470314.36888.8359
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282.1538-0.19220.90581.32960.30862.50840.0197-0.2233-0.34430.33560.0522-0.10540.46560.2085-0.04680.28490.03430.00040.18970.08790.183313.2535-0.7931119.7914
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300.3401-0.550.26234.0791-3.30912.99320.0182-0.30170.0834-0.01660.13990.22660.04510.0614-0.05350.035-0.0573-0.0844-0.0406-0.00710.052933.5912-20.0024107.395
314.88430.38691.04914.63761.33125.2990.3353-0.9256-0.08160.162-0.09240.1094-0.7435-0.426-0.2150.43210.11330.16270.4750.13970.399328.1621-38.4723134.6169
322.64121.70912.33082.17982.13852.4270.5391-0.874-0.49560.7118-0.14070.74140.6499-1.2864-0.63360.3875-0.07660.04680.72880.31310.538227.4375-49.3926137.1967
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341.86342.61041.12153.8031.70581.54880.1620.17610.31580.1146-0.19340.7385-0.1911-0.77960.07940.38190.19470.27250.7470.19780.809717.6732-35.1955130.6311
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362.27580.309-1.0910.3590.1760.85540.1199-0.03990.6688-0.38070.15440.0391-0.28680.3189-0.00450.4570.175-0.01180.41190.07050.437828.6524-29.541124.4173
372.5411-1.3481-0.08021.2384-0.75364.71550.176-0.3008-0.48250.00930.1260.89750.8182-1.0434-0.26290.3422-0.1101-0.13450.49240.20440.512826.1365-48.0935123.7805
383.81765.0495-4.53976.6798-6.00495.3975-0.11610.8855-0.0352-1.03930.92570.94930.9599-1.2692-0.62750.4129-0.06-0.20490.36350.08070.405630.2013-40.2619110.651
391.1079-0.60220.76992.47671.56412.3640.06920.97820.1412-2.54070.14320.42430.9049-0.0717-0.24980.7302-0.0315-0.01770.42990.19250.540737.1992-40.4914104.5676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 0:63)A0 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 64:390)A64 - 390
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 391:426)A391 - 426
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 427:587)A427 - 587
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resseq -6:90)B-6 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resseq 91:226)B91 - 226
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resseq 227:344)B227 - 344
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resseq 345:586)B345 - 586
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and (resseq 1:90)C1 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10chain C and (resseq 91:185)C91 - 185
11X-RAY DIFFRACTION11chain C and (resseq 186:344)C186 - 344
12X-RAY DIFFRACTION12chain C and (resseq 345:452)C345 - 452
13X-RAY DIFFRACTION13chain C and (resseq 453:586)C453 - 586
14X-RAY DIFFRACTION14chain D and (resseq 4:77)D4 - 77
15X-RAY DIFFRACTION15chain D and (resseq 78:147)D78 - 147
16X-RAY DIFFRACTION16chain D and (resseq 148:217)D148 - 217
17X-RAY DIFFRACTION17chain D and (resseq 218:389)D218 - 389
18X-RAY DIFFRACTION18chain D and (resseq 390:455)D390 - 455
19X-RAY DIFFRACTION19chain E and (resseq 4:77)E4 - 77
20X-RAY DIFFRACTION20chain E and (resseq 78:187)E78 - 187
21X-RAY DIFFRACTION21chain E and (resseq 188:330)E188 - 330
22X-RAY DIFFRACTION22chain E and (resseq 331:455)E331 - 455
23X-RAY DIFFRACTION23chain F and (resseq 1:77)F1 - 77
24X-RAY DIFFRACTION24chain F and (resseq 78:106)F78 - 106
25X-RAY DIFFRACTION25chain F and (resseq 107:263)F107 - 263
26X-RAY DIFFRACTION26chain F and (resseq 264:296)F264 - 296
27X-RAY DIFFRACTION27chain F and (resseq 297:364)F297 - 364
28X-RAY DIFFRACTION28chain F and (resseq 365:455)F365 - 455
29X-RAY DIFFRACTION29chain G and (resseq 6:89)G6 - 89
30X-RAY DIFFRACTION30chain G and (resseq 90:206)G90 - 206
31X-RAY DIFFRACTION31chain H and (resseq 2:10)H2 - 10
32X-RAY DIFFRACTION32chain H and (resseq 11:20)H11 - 20
33X-RAY DIFFRACTION33chain H and (resseq 21:29)H21 - 29
34X-RAY DIFFRACTION34chain H and (resseq 30:42)H30 - 42
35X-RAY DIFFRACTION35chain H and (resseq 43:64)H43 - 64
36X-RAY DIFFRACTION36chain H and (resseq 65:71)H65 - 71
37X-RAY DIFFRACTION37chain H and (resseq 72:84)H72 - 84
38X-RAY DIFFRACTION38chain H and (resseq 85:97)H85 - 97
39X-RAY DIFFRACTION39chain H and (resseq 98:103)H98 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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