[日本語] English
万見
- PDB-3vr3: Crystal structure of AMP-PNP bound A3B3 complex from Enterococcus... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vr3
タイトルCrystal structure of AMP-PNP bound A3B3 complex from Enterococcus hirae V-ATPase [bA3B3]
要素
  • V-type sodium ATPase catalytic subunit A
  • V-type sodium ATPase subunit B
キーワードHYDROLASE / V-ATPase / Enterococcus hirae / Rotary motor / P-loop / Na(+)-ATPase / ATP Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism ...Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lysosomal membrane / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12240 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily ...Rossmann fold - #12240 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / V-type sodium ATPase catalytic subunit A / V-type sodium ATPase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus hirae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Arai, S. / Saijo, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. ...Arai, S. / Saijo, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Yamato, I. / Murata, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Rotation mechanism of Enterococcus hirae V(1)-ATPase based on asymmetric crystal structures
著者: Arai, S. / Saijo, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Yamato, I. / Murata, T.
履歴
登録2012年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
B: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
C: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
D: V-type sodium ATPase subunit B
E: V-type sodium ATPase subunit B
F: V-type sodium ATPase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,75410
ポリマ－359,6936
非ポリマー1,0614
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25730 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area113420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.110, 124.130, 245.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A


分子量: 67473.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpA / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15
#2: タンパク質 V-type sodium ATPase subunit B / Na(+)-translocating ATPase subunit B / V-type sodium pump subunit B


分子量: 52424.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpB / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q08637, EC: 3.6.3.15
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 26% PEG 3350, 0.1M HEPES, 0.2M Sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月1日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→70.99 Å / Num. all: 52024 / Num. obs: 52024 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 73.428 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 7506 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VR4

3vr4


解像度: 3.4→70.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 65.52 / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.582 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23914 2651 5.1 %RANDOM
Rwork0.19787 ---
all0.19997 49208 --
obs0.19997 49208 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.677 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.89 Å20 Å20 Å2
2---2.48 Å20 Å2
3---5.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→70.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24131 0 64 71 24266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02224608
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0321.97633301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.17653098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83824.5581121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.148154367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.72215177
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.23747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02118531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2051.515386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.398224840
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.60839222
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0464.58461
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 207 -
Rwork0.273 3585 -
obs-3792 99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3659-3.7172-4.35978.68418.68738.8405-0.8159-1.1889-0.65660.77690.20.54620.86130.49060.61590.5223-0.04760.11370.65610.04710.4796-58.81-12.6624.069
24.2267-1.98320.45681.880.22170.3026-0.1302-0.3692-0.30410.36840.120.31990.2232-0.14290.01020.365-0.15490.1160.18240.07190.2412-52.73-22.7150.443
33.1417-0.86322.12240.4931-0.60242.24020.0815-0.6557-0.62530.30230.01460.05640.5235-0.4257-0.09610.8124-0.08690.05010.43430.25970.6999-40.842-39.3767.609
41.9715-0.59990.88652.5284-1.18622.7088-0.0527-0.4711-0.41470.5643-0.0092-0.01230.4247-0.15090.06190.4207-0.0055-0.03710.14040.07320.2301-30.141-30.5313.674
52.0745-0.60313.30181.2369-0.86346.18950.42380.1943-0.6172-0.3277-0.05650.35770.91980.5309-0.36730.43220.01850.07220.17070.02720.6288-37.249-34.462-10.535
65.321-3.39692.94728.354-2.85373.9993-0.2472-0.136-0.22070.54920.20590.5402-0.1239-0.23490.04130.1967-0.00890.01540.03070.00890.0662-36.748-17.108-5.607
73.6638-0.332-0.38131.67060.95291.80050.05520.7198-0.1460.1163-0.161-0.3050.16270.3620.10590.28910.0282-0.04230.34050.09790.1312-20.848-22.143-12.299
85.44540.54170.35534.43011.40153.0915-0.00650.91220.0663-0.4842-0.1177-0.4747-0.13770.54290.12420.47840.1786-0.02870.7547-0.08570.2395-9.945-27.784-28.263
95.06220.3058-0.70992.7924-1.70485.28260.20630.5035-0.4754-0.5162-0.3828-0.2760.46031.05050.17640.79890.26320.05210.9963-0.15570.711-1.978-38.163-31.594
103.68493.31913.770312.26272.73874.99150.4397-0.0480.490.4062-0.33410.674-0.1348-0.2014-0.10560.45160.11770.17220.1987-0.06860.8804-58.89231.494-14.271
1119.8767-3.3279-2.96263.85152.89982.22080.5336-0.6041-0.18640.1515-0.1683-0.2610.0929-0.0682-0.36530.3222-0.00970.01490.1617-0.01440.8979-54.75333.034-12.26
120.76470.4712-3.02741.5669-3.581614.59870.39090.51940.1363-0.39690.18930.4084-0.972-1.5095-0.58020.76910.0149-0.3490.84140.63861.3407-54.05142.688-34.529
133.56070.9729-0.04062.07060.03092.9379-0.1860.59590.9976-0.4542-0.03130.4971-0.38680.38940.21720.61710.0462-0.3320.82120.5310.8135-51.47535.398-45.905
145.5442-0.5772.06960.1363-0.06185.0948-0.32690.65991.0328-0.2001-0.0825-0.1047-1.0018-0.00380.40940.81-0.1278-0.20280.92180.62460.7594-38.80935.806-46.252
150.7519-0.9309-0.22072.1431-0.27735.18230.03670.4450.4612-0.2971-0.1996-0.0081-0.26190.0440.16290.2448-0.109-0.17050.54940.44290.723-46.41228.183-38.596
162.1883-2.1703-0.90775.0877-1.30262.08560.00420.35150.0012-0.49710.03540.0890.1989-0.2861-0.03960.7077-0.1721-0.04231.23510.47610.4715-36.20424.095-55.846
172.60731.0214-1.50451.93251.42243.5621-0.41760.6417-0.2983-0.64590.6496-0.4283-0.22810.3268-0.2321.0041-0.1684-0.10451.71260.42390.7467-25.5722.264-63.948
186.2743-3.8869-9.86772.44546.018715.83480.50750.8364-0.2706-0.3191-0.94230.028-1.3528-0.47530.43481.5449-0.6175-0.53332.53510.70531.4839-31.83821.569-77.288
198.99629.0981-7.22627.014-6.93855.8318-0.04381.5711-0.2481-0.9556-0.04671.0823-0.0304-1.3230.09050.29580.0584-0.11170.5338-0.02010.7319-75.18913.812-23.109
205.61011.23390.5497.2619-1.31038.1953-0.0860.86910.45810.00620.21020.14850.0726-0.8736-0.12420.0766-0.006-0.16270.28460.01350.6685-70.97316.123-26.686
211.7883-0.60063.0560.3541-1.15315.4093-0.28420.18980.2117-0.08180.08420.2484-0.4244-0.03520.20.49190.1008-0.30560.87220.10621.1126-74.50116.485-45.09
222.07150.2470.84481.2170.36180.99690.05730.83980.0812-0.0749-0.25550.74820.1187-0.25180.19820.6359-0.0303-0.31371.0668-0.02820.75-77.5370.983-53.204
239.08270.6604-8.28030.484-1.25978.61050.01510.49120.0897-0.69250.04760.36961.36250.1253-0.06271.2890.2309-0.27951.25270.22631.2403-52.7888.253-56.657
243.12292.042-0.81643.11811.11311.9269-0.18270.79660.2289-0.63910.0680.2861-0.3893-0.25070.11470.60830.1185-0.33851.0440.18030.5061-62.96710.696-54.885
252.9886-0.282-0.7771.33120.11222.32890.0040.6896-0.031-0.25660.04030.26020.17930.1427-0.04430.45360.0277-0.29910.69030.07330.4121-55.396-2.263-48.406
266.0859-2.34311.55263.79670.15673.50490.1930.5917-0.3611-0.47580.0168-0.520.56320.4867-0.20980.86980.028-0.16091.44070.03380.4723-35.771-4.14-66.289
272.7762-0.6911-0.60121.04570.21480.1392-0.05020.68860.0973-0.12060.1506-0.38670.0051-0.0847-0.10041.1610.1852-0.08222.1558-0.18550.817-36.502-4.918-79.898
285.71781.17476.56364.219-1.804110.51230.167-0.6076-0.2474-0.0870.17090.54690.4552-1.3147-0.33790.2922-0.1553-0.01750.4029-0.23340.621-74.598-7.61-17.424
291.6311-1.47462.0021.6174-1.37486.1582-0.2623-0.26050.35340.2563-0.0302-0.24070.1829-0.58840.29260.2741-0.0642-0.07860.3649-0.06840.6197-72.115-5.892-17.608
302.70660.4157-0.39760.8110.23943.47480.13720.6828-0.6844-0.2707-0.11520.44270.4574-0.2665-0.0220.54470.036-0.19470.4263-0.31610.6599-56.842-31.042-32.707
3119.506820.0984-2.811952.7778-3.557911.67450.33780.7404-1.3037-1.1822-0.35360.20840.0187-0.93820.01570.51250.1776-0.3940.8899-0.29390.4938-61.213-27.858-46.862
322.6973-0.2113-0.2685.04520.6533.84190.00230.3385-0.1865-0.22310.0760.36540.0891-0.1549-0.07820.3002-0.0132-0.16060.3159-0.17910.2946-57.636-20.739-28.932
332.7356-0.5125-0.19765.7599-0.26935.11540.1730.5871-0.5583-0.1645-0.5378-0.09910.17360.32630.36490.2130.1004-0.10810.2878-0.11220.1824-47.6-23.212-27.179
342.59370.6576-2.5132.57012.34566.2605-0.16640.5602-0.1562-0.38330.4204-0.3273-0.05980.0547-0.2540.53520.2662-0.14080.7019-0.13270.2927-38.374-25.906-39.05
354.6095-1.66680.38533.3417-1.08882.09170.21231.0983-0.0569-0.5657-0.1996-0.3137-0.04970.6707-0.01260.9650.2342-0.04111.0937-0.3130.5458-29.333-35.882-47.385
365.2206-0.9538-1.15960.17460.20910.282-0.19650.9981-2.31510.0496-0.24170.4219-0.1613-0.21290.43831.7850.2813-0.07851.2014-0.39521.3394-24.26-49.695-42.793
374.4932.63693.83588.353312.212218.4691-0.49410.5211.3118-1.7963-0.27781.0138-2.287-0.38320.77190.728-0.1102-0.45620.4532-0.00041.2239-47.10222.9095.928
380.36390.26790.66020.62150.19471.71590.0181-0.29420.3640.0795-0.41780.0954-0.0625-0.37430.39960.3147-0.06650.07050.333-0.24170.88-38.57129.1431.773
391.4602-0.75560.81252.78530.54171.8431-0.3008-0.06660.80170.24760.00710.2135-0.4794-0.02850.29370.2537-0.0764-0.11870.2534-0.01271.0769-27.54548.391-3.888
401.42681.8875-1.06042.6445-1.20452.9278-0.02870.1350.0483-0.02980.1439-0.2734-0.0970.3806-0.11520.08490.0186-0.05150.25880.14530.8637-12.10834.609-15.131
410.9147-0.06831.12687.8777-0.06232.3998-0.09590.18690.4036-0.32030.13990.25850.07340.1349-0.0440.1282-0.0378-0.07660.1380.12640.5632-29.49130.175-14.72
424.2108-0.4933-0.02240.1148-0.42154.572-0.21550.73330.2326-0.0687-0.1053-0.04360.36040.25890.32090.26-0.1121-0.09310.36140.35830.5817-23.51531.743-24.418
431.0706-1.3980.3026.6678-1.94466.12450.1240.24620.2163-0.4423-0.1576-0.1066-0.18430.71160.03360.4085-0.24930.07130.61370.30940.7325-10.79534.289-33.619
443.3069-1.3635-0.34890.80450.58486.9399-0.10251.02770.136-0.3844-0.1465-0.06380.10360.47570.2490.9179-0.37670.1231.07120.29560.9618-1.61531.097-39.714
450.13830.2115-0.47630.4308-0.98612.4068-0.0560.22730.0473-0.25520.0870.02370.23670.1746-0.03111.1283-0.46380.12031.68390.20851.46029.18638.823-44.06
467.98714.195-0.6665.83540.19340.139-0.1848-0.31080.20530.13560.19680.10890.04810.0484-0.0120.4805-0.02690.01030.554-0.20810.3027-43.6891.34612.958
473.3691-1.4996-0.44075.1377-0.72861.72050.0437-0.34610.14830.41910.07220.1140.14490.3157-0.11580.3244-0.0484-0.14270.3784-0.17540.2527-14.2367.3029.106
484.7513-1.4889-1.00716.5722-1.47384.6832-0.19990.1533-0.0803-0.94220.1486-0.56180.84420.28360.05120.33810.0910.03120.1652-0.01820.156-8.6292.064-6.898
491.3365-1.6473-0.41113.7611-0.36091.92690.0473-0.2561-0.18110.39440.0013-0.56250.27940.318-0.04860.5279-0.0284-0.32060.33390.09490.6135-11.933-3.7564.836
507.0831-1.35912.70980.61580.16472.5526-0.01960.21410.61730.0312-0.0193-0.06760.23190.00290.03890.3536-0.1866-0.22580.11580.18380.5204-24.9545.6340.492
514.3325-1.19950.14285.56481.26245.0682-0.12320.46330.0346-0.70730.1805-0.02470.37020.2318-0.05740.4068-0.0301-0.06930.21450.12530.1332-14.4987.301-9.603
523.71890.51813.166.95663.48444.37870.33651.032-0.002-0.8109-0.2191-0.15360.37730.3796-0.11730.9962-0.05940.33081.15070.19520.9171.6285.179-24.987
533.109-1.9646-0.66931.71910.39440.15720.39070.65010.1782-1.1296-0.3309-0.3811-0.0052-0.0409-0.05981.73280.17460.42131.1814-0.0590.77996.355-0.548-20.201
5427.90256.757217.82286.69677.16620.51811.1335-1.7739-0.77341.7163-0.09430.04552.5013-3.8877-1.03920.8148-0.23690.12071.4370.47991.296214.5112.116-23.934
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2C28 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3C95 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4C146 - 251
5X-RAY DIFFRACTION5C252 - 306
6X-RAY DIFFRACTION6C307 - 367
7X-RAY DIFFRACTION7C368 - 452
8X-RAY DIFFRACTION8C453 - 524
9X-RAY DIFFRACTION9C525 - 584
10X-RAY DIFFRACTION10E4 - 50
11X-RAY DIFFRACTION11E51 - 72
12X-RAY DIFFRACTION12E73 - 92
13X-RAY DIFFRACTION13E93 - 139
14X-RAY DIFFRACTION14E140 - 198
15X-RAY DIFFRACTION15E199 - 321
16X-RAY DIFFRACTION16E322 - 364
17X-RAY DIFFRACTION17E365 - 432
18X-RAY DIFFRACTION18E433 - 454
19X-RAY DIFFRACTION19B-1 - 27
20X-RAY DIFFRACTION20B28 - 62
21X-RAY DIFFRACTION21B63 - 101
22X-RAY DIFFRACTION22B102 - 237
23X-RAY DIFFRACTION23B238 - 244
24X-RAY DIFFRACTION24B245 - 313
25X-RAY DIFFRACTION25B314 - 452
26X-RAY DIFFRACTION26B453 - 517
27X-RAY DIFFRACTION27B518 - 584
28X-RAY DIFFRACTION28F4 - 42
29X-RAY DIFFRACTION29F43 - 71
30X-RAY DIFFRACTION30F72 - 189
31X-RAY DIFFRACTION31F190 - 205
32X-RAY DIFFRACTION32F206 - 272
33X-RAY DIFFRACTION33F273 - 318
34X-RAY DIFFRACTION34F319 - 353
35X-RAY DIFFRACTION35F354 - 442
36X-RAY DIFFRACTION36F443 - 454
37X-RAY DIFFRACTION37A1 - 19
38X-RAY DIFFRACTION38A20 - 84
39X-RAY DIFFRACTION39A85 - 216
40X-RAY DIFFRACTION40A217 - 292
41X-RAY DIFFRACTION41A293 - 375
42X-RAY DIFFRACTION42A376 - 415
43X-RAY DIFFRACTION43A416 - 451
44X-RAY DIFFRACTION44A452 - 521
45X-RAY DIFFRACTION45A522 - 586
46X-RAY DIFFRACTION46D5 - 79
47X-RAY DIFFRACTION47D80 - 136
48X-RAY DIFFRACTION48D137 - 166
49X-RAY DIFFRACTION49D167 - 219
50X-RAY DIFFRACTION50D220 - 275
51X-RAY DIFFRACTION51D276 - 356
52X-RAY DIFFRACTION52D357 - 393
53X-RAY DIFFRACTION53D394 - 439
54X-RAY DIFFRACTION54D440 - 452

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る