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Yorodumi- PDB-5ze9: Crystal structure of AMP-PNP bound mutant A3B3 complex from Enter... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ze9 | ||||||
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Title | Crystal structure of AMP-PNP bound mutant A3B3 complex from Enterococcus hirae V-ATPase | ||||||
Components | (V-type sodium ATPase ...) x 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / P-loop | ||||||
Function / homology | Function and homology information Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism ...Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lysosomal membrane / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterococcus hirae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.102 Å | ||||||
Authors | Maruyama, S. / Suzuki, K. / Sasaki, H. / Mizutani, K. / Saito, Y. / Imai, F.L. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shirouzu, M. / Ichiro, Y. / Murata, T. | ||||||
Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2019 Title: Metastable asymmetrical structure of a shaftless V1motor. Authors: Maruyama, S. / Suzuki, K. / Imamura, M. / Sasaki, H. / Matsunami, H. / Mizutani, K. / Saito, Y. / Imai, F.L. / Ishizuka-Katsura, Y. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Uchihashi, T. / Ando, ...Authors: Maruyama, S. / Suzuki, K. / Imamura, M. / Sasaki, H. / Matsunami, H. / Mizutani, K. / Saito, Y. / Imai, F.L. / Ishizuka-Katsura, Y. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Uchihashi, T. / Ando, T. / Yamato, I. / Murata, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ze9.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ze9.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ze9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ze9_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ze9_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 5ze9_validation.xml.gz | 119.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5ze9_validation.cif.gz | 168.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/5ze9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/5ze9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5zeaC 3vr6S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-V-type sodium ATPase ... , 2 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 66347.797 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: NtpA Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (bacteria) Strain: ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258 Gene: ntpA, EHR_08260 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15 #2: Protein | Mass: 51770.914 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: NtpB / Mutation: L65Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (bacteria) Strain: ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258 Gene: ntpB, EHR_08265 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q08637 |
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-Non-polymers , 5 types, 1345 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-MES / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 28% PEG 3350, 20 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 0.1 M NaCl, 0.1 M ammonium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 21, 2016 |
Radiation | Monochromator: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→60 Å / Num. obs: 218240 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 30.64 Å2 / Net I/σ(I): 11.32 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.23 Å |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.602
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VR6 Resolution: 2.102→54.869 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.28
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 134.05 Å2 / Biso mean: 38.9367 Å2 / Biso min: 15.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.102→54.869 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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