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万見
- PDB-3vms: Crystal structure of Staphylococcus aureus membrane-bound transgl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vms
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus membrane-bound transglycosylase in complex with NBD-Lipid II
要素Monofunctional glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Transmembrane / Glycosyltransferase / Bacterial cell wall synthesis / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monofunctional glycosyl transferase / Penicillin binding protein transpeptidase fold / Biosynthetic peptidoglycan transglycosylase-like / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Monofunctional glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.202 Å
データ登録者Huang, C.Y. / Shih, H.W. / Lin, L.Y. / Tien, Y.W. / Cheng, T.J.R. / Cheng, W.C. / Wong, C.H. / Ma, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Staphylococcus aureus transglycosylase in complex with a lipid II analog and elucidation of peptidoglycan synthesis mechanism
著者: Huang, C.Y. / Shih, H.W. / Lin, L.Y. / Tien, Y.W. / Cheng, T.J.R. / Cheng, W.C. / Wong, C.H. / Ma, C.
履歴
登録2011年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monofunctional glycosyltransferase
B: Monofunctional glycosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6292
ポリマ－60,6292
非ポリマー00
水00
1
A: Monofunctional glycosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3141
ポリマ－30,3141
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Monofunctional glycosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3141
ポリマ－30,3141
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.878, 67.159, 140.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Monofunctional glycosyltransferase / MGT / Peptidoglycan TGase


分子量: 30314.369 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 28-269 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: mgt / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q99T05, 転移酵素; グリコシル基を移すもの

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM MgCl2, 100mM HEPES, 25% PEG400, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 10888 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 83.62 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HZS, 3FWM, 3FWL

3hzs

3fwm
PDB 未公開エントリ

3fwl


解像度: 3.202→29.934 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6679 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3298 522 4.82 %RANDOM
Rwork0.2615 ---
all0.2649 10845 --
obs0.2649 10838 99.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.054 Å2 / ksol: 0.246 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 407.54 Å2 / Biso mean: 132.1718 Å2 / Biso min: 34.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--31.1833 Å2-0 Å20 Å2
2---0.8404 Å2-0 Å2
3---32.0236 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.202→29.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3565 0 0 0 3565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0164892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2631310
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2017-3.52350.35531380.27212483262198
3.5235-4.03230.32261280.222725592687100
4.0323-5.07620.27931240.19125852709100
5.0762-29.93510.33991320.29992689282199
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.6065 Å / Origin y: -34.1327 Å / Origin z: -12.2568 Å
111213212223313233
T0.3202 Å2-0.1704 Å20.1054 Å2-0.421 Å20.0194 Å2--0.3513 Å2
L2.4446 °2-0.4489 °2-0.849 °2--0.1962 °20.0078 °2--3.3835 °2
S-0.3378 Å °0.1434 Å °-0.0277 Å °0.3363 Å °0.3681 Å °-0.2182 Å °0.4755 Å °0.1279 Å °0.0445 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA43 - 269
2X-RAY DIFFRACTION1allB45 - 269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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