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- PDB-3wx6: Crystal structure of Type Six Secretion System protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wx6
タイトルCrystal structure of Type Six Secretion System protein
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Hexameric assembly / Hexameric ring / T6SS protein
機能・相同性Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Hcp protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia pseudomallei K96243 (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jobichen, C. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Extended Loop Region of Hcp1 is Critical for the Assembly and Function of Type VI Secretion System in Burkholderia pseudomallei.
著者: Lim, Y.T. / Jobichen, C. / Wong, J. / Limmathurotsakul, D. / Li, S. / Chen, Y. / Raida, M. / Srinivasan, N. / MacAry, P.A. / Sivaraman, J. / Gan, Y.H.
履歴
登録2014年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0932
ポリマ－38,0932
非ポリマー00
水82946
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,55912
ポリマ－228,55912
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area38930 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area49540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.738, 82.738, 64.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 19046.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei K96243 (類鼻疽菌)
株: K96243 / 遺伝子: BPSS1498, Hcp1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63K67
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M NaHEPES, 1M tri-sodiumcitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月1日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. all: 6995 / Num. obs: 6995 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 29.5 % / Rsym value: 0.115
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 29.5 % / Num. unique all: 6695 / Rsym value: 0.274 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→14.937 Å / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.1 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2846 690 9.86 %RANDOM
Rwork0.2487 ---
all0.2846 6695 --
obs0.2536 6695 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→14.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1718 0 0 46 1764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2192330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.635644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004295
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 90 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.7013-2.9080.32341320.31841245
2.908-3.19710.32751380.29751245
3.1971-3.65170.26941370.25041254
3.6517-4.57080.25951420.21271260
4.5708-13.48770.28361410.23331273
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.093-0.0844-0.03080.06470.00030.1881-0.0423-0.02370.0788-0.13550.1268-0.18340.0043-0.05810.21750.1729-0.02510.05150.0988-0.0040.072125.152516.88473.1837
20.0475-0.02420.01140.0564-0.04620.0177-0.04050.097-0.04160.1337-0.07990.04640.1042-0.14930.00010.19150.0057-0.03160.2109-0.01210.163414.466716.193379.6535
30.130.0992-0.01270.30980.12250.13680.038-0.0791-0.02470.16780.17530.009-0.01530.11550.23650.155-0.02170.07170.10650.05030.193525.790316.013376.0561
40.1555-0.07420.18630.05970.00320.2081-0.1623-0.0639-0.00260.2437-0.1406-0.1654-0.26910.1876-0.14010.08570.00040.09920.11480.0210.130519.419617.1474.0696
50.03930.0345-0.01640.009-0.02210.0084-0.07610.15620.12260.01310.1544-0.0716-0.0830.03460.04910.15760.1664-0.0554-0.1025-0.0670.370627.156423.623456.0699
60.0015-0.0125-0.00370.00630.00210.01190.0879-0.2880.0201-0.1959-0.05790.09060.1239-0.1133-0.00050.2327-0.0495-0.09060.28760.00620.226421.672-0.56941.7238
70.03590.00620.0018-0.00430.0179-0.01060.03720.01520.0680.08640.04090.07270.053-0.11430.01380.1929-0.11010.063-0.12210.0790.419218.975814.826654.1459
80.0022-0.00060.00110.00010.0030.00650.01510.03680.0008-0.00390.0145-0.0101-0.00940.0760.01240.10870.0260.01430.2070.0850.260316.842326.115551.1329
90.00220.0032-0.0080.0012-0.0210.05580.11020.1271-0.1342-0.03050.0814-0.0821-0.04420.02110.0952-0.43050.0306-0.32320.1068-0.03140.250227.86316.557852.8774
100.1366-0.0516-0.15940.31110.02730.27180.06960.081-0.13720.1044-0.3724-0.0685-0.1320.4228-0.09890.11560.0815-0.0403-0.28270.19590.38426.693511.039551.2958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 7:40 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 41:68 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 69:117 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 118:168 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 3:35 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 36:50 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 51:68 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 69:78 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 79:110 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 111:168 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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