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万見
- PDB-3igq: Crystal structure of the extracellular domain of a bacterial pent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3igq
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of a bacterial pentameric ligand-gated ion channel
要素Glr4197 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / pLGIC cys-loop
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / : / Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nury, H. / Delarue, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the extracellular domain of a bacterial ligand-gated ion channel
著者: Nury, H. / Bocquet, N. / Le Poupon, C. / Raynal, B. / Haouz, A. / Corringer, P.-J. / Delarue, M.
履歴
登録2009年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glr4197 protein
B: Glr4197 protein
C: Glr4197 protein
D: Glr4197 protein
E: Glr4197 protein
F: Glr4197 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,15130
ポリマ－137,2366
非ポリマー1,91524
水7,350408
1
A: Glr4197 protein
B: Glr4197 protein
C: Glr4197 protein
ヘテロ分子

A: Glr4197 protein
B: Glr4197 protein
C: Glr4197 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,15130
ポリマ－137,2366
非ポリマー1,91524
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
2
D: Glr4197 protein
E: Glr4197 protein
F: Glr4197 protein
ヘテロ分子

D: Glr4197 protein
E: Glr4197 protein
F: Glr4197 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,15130
ポリマ－137,2366
非ポリマー1,91524
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area34960 Å2
ΔGint-635 kcal/mol
Surface area87390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)84.450, 130.240, 113.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Glr4197 protein


分子量: 22872.697 Da / 分子数: 6
断片: extracellular N-terminal fragment, UNP residues 44-235
変異: F116G, Y119T, P120E, F121S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア)
遺伝子: glr4197 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8

-
非ポリマー , 5種, 432分子

#2: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 108138 / Num. obs: 105975 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.03 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 11.23
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 2.01 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / % possible all: 97.91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 7.36 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.Friedel's pair are not merged during data collection (the anomalous information from the mercury ions were used), while the refinement ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.Friedel's pair are not merged during data collection (the anomalous information from the mercury ions were used), while the refinement is made with merged plus and minus reflections.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25515 2845 5.1 %RANDOM
Rwork0.2066 ---
obs0.20902 53353 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.431 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å20 Å2
2--1.07 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8603 0 42 408 9053
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0228812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8311.97311997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.62151060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.29123.883412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.173151481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0821573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.21403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.111.55422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.21228867
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.17633390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5814.53130
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A623tight positional0.10.05
B623tight positional0.070.05
C623tight positional0.090.05
D623tight positional0.10.05
E623tight positional0.090.05
F623tight positional0.090.05
A628medium positional0.120.5
B628medium positional0.090.5
C628medium positional0.110.5
D628medium positional0.190.5
E628medium positional0.120.5
F628medium positional0.140.5
A623tight thermal0.220.5
B623tight thermal0.220.5
C623tight thermal0.190.5
D623tight thermal0.220.5
E623tight thermal0.230.5
F623tight thermal0.240.5
A628medium thermal0.22
B628medium thermal0.22
C628medium thermal0.212
D628medium thermal0.192
E628medium thermal0.212
F628medium thermal0.212
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 215 -
Rwork0.25 3861 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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