PDB-3txs: Crystal Structure of phage 44RR small terminase gp16

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3txs

タイトル

Crystal Structure of phage 44RR small terminase gp16

要素

Terminase DNA packaging enzyme small subunit

キーワード

VIRAL PROTEIN / helix / small terminase

機能・相同性

Bacteriophage T4, Gp16, DNA-packaging / Terminase DNA packaging enzyme / ESAT-6-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Terminase DNA packaging enzyme small subunit

機能・相同性情報

生物種

Aeromonas phage 44RR2.8t (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Sun, S. / Xiang, Y. / Rossmann, M.G.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure and function of the small terminase component of the DNA packaging machine in T4-like bacteriophages.
著者: Sun, S. / Gao, S. / Kondabagil, K. / Xiang, Y. / Rossmann, M.G. / Rao, V.B.

履歴

登録	2011年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3txs.cif.gz	154.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3txs.ent.gz	125.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3txs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3txs_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3txs_full_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示
XML形式データ	3txs_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	3txs_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/3txs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/3txs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3txqSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k2a-3 3wx6-1 3txq-d 3igq-2 4aho-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

B: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

C: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

D: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

43.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

B: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

C: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

D: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

A: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

B: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

C: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

D: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

A: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

B: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

C: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

D: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.605, 140.605, 53.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Terminase DNA packaging enzyme small subunit 分子量: 10845.477 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 25-115 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas phage 44RR2.8t (ファージ) 遺伝子: 16, gene 16 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6U9F0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12.5% PEG3350, 0.1M NaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月6日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→70.36 Å / Num. all: 35876 / Num. obs: 35747 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 29.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 1.81→1.87 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 3570 / R_sym value: 0.392 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TXQ

3txq

解像度: 1.81→70.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 5.323 / SU ML: 0.087 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2199	1792	5 %	RANDOM
R_work	0.18699	-	-	-
all	0.18866	34208	-	-
obs	0.18866	34075	99.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.582 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.16 Å²	-0.58 Å²	0 Å²
2-	-	-1.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→70.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2887	0	0	367	3254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.019	1.972	4045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.569	5	379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.84	25.425	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.349	15	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.37	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.168	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.12	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.72	1.5	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.003	2	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.662	3	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.687	4.5	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.81→1.857 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	135	-
R_work	0.233	2516	-
obs	-	-	99.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4929	0.2291	-0.876	0.7941	-0.1508	0.757	0.0492	-0.0342	-0.0606	-0.0069	-0.0106	-0.1086	0.0323	-0.0001	-0.0386	-0.0212	-0.0054	-0.0287	-0.0445	0.0078	-0.0667	25.823	-3.877	21.943
2	1.1845	0.1616	-0.4841	1.6851	-0.9293	0.8922	0.1271	-0.0458	0.0492	-0.0042	-0.0811	-0.1299	-0.0175	0.0779	-0.046	0.0214	-0.0069	-0.011	-0.0729	-0.0067	-0.0713	19.986	-16.651	21.726
3	2.177	0.2331	-1.0808	0.7718	-0.1106	1.0093	-0.0283	0.0136	-0.0943	0.0262	0.0413	-0.0486	0.0316	-0.045	-0.013	-0.0671	0.0048	-0.0207	-0.0588	0.0028	-0.078	9.8761	-24.3548	21.5805
4	2.0209	-0.4029	-1.0537	0.9188	0.472	1.2548	-0.0331	0.0585	-0.1722	0.0573	0.0527	0.0161	0.0052	-0.075	-0.0196	-0.0548	0.0154	-0.0134	-0.03	0.0084	-0.0707	-4.2267	-25.611	21.77

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	34 - 114
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	32 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	34 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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