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- PDB-3qy2: Crystal structure of the P93A monomer mutant of S. cerevisiae Cks1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qy2
タイトルCrystal structure of the P93A monomer mutant of S. cerevisiae Cks1
要素Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
キーワードTRANSFERASE REGULATOR / protein kinase activator / ubiquitin binding / transcription / Cdc28 kinase / cell cycle / cyclin-dependent kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell cycle G1/S phase transition / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / SCF ubiquitin ligase complex / protein kinase activator activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin binding / histone binding / cell division / regulation of transcription by RNA polymerase II ...regulation of cell cycle G1/S phase transition / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / SCF ubiquitin ligase complex / protein kinase activator activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin binding / histone binding / cell division / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Balog, E.R.M. / Saetern, O.C. / Finch, W. / Hoeft, C.O. / Thai, V. / Harvey, S.L. / Kellogg, D.K. / Rubin, S.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The structure of a monomeric mutant cks protein reveals multiple functions for a conserved hinge-region proline.
著者: Balog, E.R. / Saetern, O.C. / Finch, W. / Hoeft, C.O. / Thai, V. / Harvey, S.L. / Kellogg, D.R. / Rubin, S.M.
履歴
登録2011年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
B: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8843
ポリマ－27,6952
非ポリマー1891
水75742
1
A: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8481
ポリマ－13,8481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0372
ポリマ－13,8481
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
ヘテロ分子

B: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
ヘテロ分子

A: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit

A: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7686
ポリマ－55,3904
非ポリマー3782
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
crystal symmetry operation3_554-y+1/2,x+1/2,z-1/41
crystal symmetry operation5_444-x-1/2,y-1/2,-z-1/41
Buried area5620 Å2
ΔGint-16.7 kcal/mol
Surface area22350 Å2
手法PISA
4
A: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
B: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
ヘテロ分子

A: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
B: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7686
ポリマ－55,3904
非ポリマー3782
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area4790 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.522, 89.522, 93.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-3585-

FLC

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinases regulatory subunit / Cell division control protein CKS1


分子量: 13847.542 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-117 / 変異: P93A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CKS1, YBR135W, YBR1011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20486
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M sodium citrate, 5% isopropanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月23日
放射モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 12295 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 9.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 31.167
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 5.417 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→64.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 8.687 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27293 1200 9.8 %RANDOM
Rwork0.21148 ---
obs0.21739 11016 99.36 %-
all-12216 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.193 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å2-0 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→64.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1774 0 13 42 1829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.9472488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4075208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.61722.816103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.40715308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4341517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8651.51050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.71321694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3183788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9244.5794
LS精密化 シェル解像度: 2.591→2.658 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 101 -
Rwork0.302 710 -
obs--91.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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