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- PDB-2if5: Structure of the POZ domain of human LRF, a master regulator of o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2if5
タイトルStructure of the POZ domain of human LRF, a master regulator of oncogenesis
要素Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
キーワードTRANSCRIPTION / POZ domain / BTB domain / POK / proto oncogene / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA-dependent protein kinase complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of glycolytic process / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / nuclear androgen receptor binding / histone acetyltransferase binding / erythrocyte maturation ...regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA-dependent protein kinase complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of glycolytic process / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / nuclear androgen receptor binding / histone acetyltransferase binding / erythrocyte maturation / SMAD binding / fat cell differentiation / negative regulation of Notch signaling pathway / protein localization to nucleus / B cell differentiation / transcription corepressor binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / chromatin organization / site of double-strand break / regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...: / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PRASEODYMIUM ION / Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schubot, F.D. / Waugh, D.S. / Tropea, J.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2006
タイトル: Structure of the POZ domain of human LRF, a master regulator of oncogenesis.
著者: Schubot, F.D. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S.
履歴
登録2006年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3624
ポリマ－12,9401
非ポリマー4233
水2,108117
1
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
ヘテロ分子

A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7258
ポリマ－25,8792
非ポリマー8456
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_545-x,-y-1,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.850, 65.850, 162.603
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-131-

HOH

21A-139-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the symmetry operation (-X, -Y, Z)

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A / Leukemia/lymphoma- related factor / Factor that binds to inducer of short transcripts protein 1 / ...Leukemia/lymphoma- related factor / Factor that binds to inducer of short transcripts protein 1 / Factor binding IST protein 1 / FBI-1 / HIV-1 1st-binding protein 1 / TTF-I-interacting peptide 21 / TIP21


分子量: 12939.632 Da / 分子数: 1 / 断片: BTB/POZ-domain, residues 9-128 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB7A, FBI1, LRF, ZBTB7 / プラスミド: pJT18 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95365
#2: 化合物 ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION


分子量: 140.908 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.87 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein at 24 mg/ml in 25 mM Tris, 150 mM NaCl, 2mM DTT, 0.18 M Calcium acetate hydrate, 18% w/v Polyethylene glycol 3350, 0.01 M Praseodymium (III) Acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: Protein at 24 mg/ml in 25 mM Tris, 150 mM NaCl, 2mM DTT, 0.18 M Calcium acetate hydrate, 18% w/v Polyethylene glycol 3350, 0.01 M Praseodymium (III) Acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 12540 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 2.03→2.13 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Rsym value: 0.259 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BUO

1buo


解像度: 2→40.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 5.932 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29096 620 5 %RANDOM
Rwork0.22933 ---
obs0.23245 11695 98.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.928 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----0.41 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.113 Å / Luzzati d res low obs: 40 Å / Luzzati sigma a obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数877 0 3 117 997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.581.971215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2855113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.3424.73738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.92115143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.641154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.297
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0950.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2640.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1670.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1981.5591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8912926
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8573338
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9664.5289
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 47 -
Rwork0.194 843 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.481 Å / Origin y: -32.481 Å / Origin z: -4.221 Å
111213212223313233
T-0.0832 Å20.003 Å20.0035 Å2-0.0259 Å2-0.0051 Å2---0.0479 Å2
L1.816 °20.2185 °2-0.7356 °2-0.3995 °20.163 °2--0.4674 °2
S0.002 Å °-0.2032 Å °0.0372 Å °0.0346 Å °-0.0384 Å °0.0537 Å °0.0442 Å °0.165 Å °0.0364 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA8 - 641 - 57
2X-RAY DIFFRACTION1AA70 - 12763 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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