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- PDB-5xqz: Structure of the MOB1-NDR2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xqz
タイトルStructure of the MOB1-NDR2 complex
要素
  • MOB kinase activator 1A
  • Serine/threonine-protein kinase 38-like
キーワードSIGNALING PROTEIN/TRANSFERASE / SIGNALING PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular component organization / postsynapse organization / hippo signaling / Signaling by Hippo / protein kinase activator activity / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase activator activity / actin cytoskeleton / actin binding / protein phosphorylation ...regulation of cellular component organization / postsynapse organization / hippo signaling / Signaling by Hippo / protein kinase activator activity / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase activator activity / actin cytoskeleton / actin binding / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MOB kinase activator / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / : / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Extension to Ser/Thr-type protein kinases ...MOB kinase activator / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / : / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MOB kinase activator 1A / Serine/threonine-protein kinase 38-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wu, G. / Lin, K.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Stable MOB1 interaction with Hippo/MST is not essential for development and tissue growth control.
著者: Kulaberoglu, Y. / Lin, K. / Holder, M. / Gai, Z. / Gomez, M. / Assefa Shifa, B. / Mavis, M. / Hoa, L. / Sharif, A.A.D. / Lujan, C. / Smith, E.S.J. / Bjedov, I. / Tapon, N. / Wu, G. / Hergovich, A.
履歴
登録2017年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOB kinase activator 1A
C: Serine/threonine-protein kinase 38-like
B: MOB kinase activator 1A
D: Serine/threonine-protein kinase 38-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4119
ポリマ－61,0044
非ポリマー4075
水4,468248
1
A: MOB kinase activator 1A
C: Serine/threonine-protein kinase 38-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7515
ポリマ－30,5022
非ポリマー2503
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
2
B: MOB kinase activator 1A
D: Serine/threonine-protein kinase 38-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6594
ポリマ－30,5022
非ポリマー1582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.519, 94.424, 102.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULEULEUAA33 - 21110 - 188
21GLUGLULEULEUBC33 - 21110 - 188
12SERSERARGARGCB21 - 842 - 65
22SERSERARGARGDD21 - 842 - 65

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 MOB kinase activator 1A / Mob1 alpha / Mob1A / Mob1 homolog 1B / Mps one binder kinase activator-like 1B


分子量: 22316.445 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 33-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MOB1A, C2orf6, MOB4B, MOBK1B, MOBKL1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8S9
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 38-like / NDR2 protein kinase / Nuclear Dbf2-related kinase 2


分子量: 8185.360 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 25-87 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK38L, KIAA0965, NDR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y2H1, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, HEPES, magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 32723 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 16.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 11.748 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.198 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24374 1665 5.1 %RANDOM
Rwork0.15631 ---
obs0.16084 31004 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.202 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2---0.91 Å20 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4147 0 20 248 4415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.024254
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.9535723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.84537212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7365499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3224.045220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.76615782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3291529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02889
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.17437225
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free44.204575
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.257311
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A64060.16
12B64060.16
21C24690.23
22D24690.23
LS精密化 シェル解像度: 2.104→2.159 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 102 -
Rwork0.17 1877 -
obs--89.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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