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Yorodumi- PDB-4enn: Crystal structure of S. pombe Atl1 in complex with damaged DNA co... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4enn | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of S. pombe Atl1 in complex with damaged DNA containing O6-carboxymethylguanine | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Alkyltransferase / DNA repair / nucleotide excision repair / NER / base repair / DNA / DNA Damage / Guanine / Alkylation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationO6-alkylguanine-DNA binding / global genome nucleotide-excision repair / catalytic activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / damaged DNA binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8448 Å | ||||||
Authors | Tubbs, J.L. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2012Title: Atl1 Regulates Choice between Global Genome and Transcription-Coupled Repair of O(6)-Alkylguanines. Authors: Latypov, V.F. / Tubbs, J.L. / Watson, A.J. / Marriott, A.S. / McGown, G. / Thorncroft, M. / Wilkinson, O.J. / Senthong, P. / Butt, A. / Arvai, A.S. / Millington, C.L. / Povey, A.C. / ...Authors: Latypov, V.F. / Tubbs, J.L. / Watson, A.J. / Marriott, A.S. / McGown, G. / Thorncroft, M. / Wilkinson, O.J. / Senthong, P. / Butt, A. / Arvai, A.S. / Millington, C.L. / Povey, A.C. / Williams, D.M. / Santibanez-Koref, M.F. / Tainer, J.A. / Margison, G.P. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4enn.cif.gz | 171 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4enn.ent.gz | 137.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4enn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4enn_validation.pdf.gz | 460.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4enn_full_validation.pdf.gz | 487.5 KB | Display | |
| Data in XML | 4enn_validation.xml.gz | 15.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 4enn_validation.cif.gz | 20.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/4enn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/4enn | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4enjC ![]() 4enkC ![]() 4enmC ![]() 3gvaS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
| #1: Protein | Mass: 13662.412 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: atl1, SPAC1250.04c / Production host: ![]() #2: DNA chain | Mass: 4049.646 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.24 Å3/Da / Density % sol: 62.05 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 20% mPEG 2000, 5% sodium formate, 25% sodium chloride, 0.2M imidazole-malate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 12.3.1 / Wavelength: 1.1158 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 28, 2009 |
| Radiation | Monochromator: ML crystals / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.1158 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.8448→50 Å / Num. all: 13069 / Num. obs: 13069 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
| Reflection shell | Resolution: 2.8448→2.95 Å / % possible all: 77 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 3GVA Resolution: 2.8448→43.269 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.12 / Phase error: 36.87 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.266 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8448→43.269 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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