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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jhp | ||||||
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タイトル | Three-dimensional Structure of CobT in Complex with 5-methoxybenzimidazole | ||||||
![]() | Nicotinate Mononucleotide:5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cheong, C.G. / Escalante-Semerena, J. / Rayment, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural investigation of the biosynthesis of alternative lower ligands for cobamides by nicotinate mononucleotide: 5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase from Salmonella enterica. 著者: Cheong, C.G. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 76.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36675.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q05603, ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-5OB / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.24 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Ammonium Phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年8月9日 / 詳細: Double Focusing Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 15882 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 85.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 14758 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1D0S 解像度: 2.2→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.179 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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