[日本語] English
万見
- PDB-3vmr: Crystal structure of Staphylococcus aureus membrane-bound transgl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vmr
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus membrane-bound transglycosylase in complex with moenomycin
要素Monofunctional glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Transmembrane / Glycosyltransferase / Bacterial cell wall synthesis / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monofunctional glycosyl transferase / Penicillin binding protein transpeptidase fold / Biosynthetic peptidoglycan transglycosylase-like / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / Transglycosylase / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MOENOMYCIN / Monofunctional glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.688 Å
データ登録者Huang, C.Y. / Shih, H.W. / Lin, L.Y. / Tien, Y.W. / Cheng, T.J.R. / Cheng, W.C. / Wong, C.H. / Ma, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Staphylococcus aureus transglycosylase in complex with a lipid II analog and elucidation of peptidoglycan synthesis mechanism
著者: Huang, C.Y. / Shih, H.W. / Lin, L.Y. / Tien, Y.W. / Cheng, T.J.R. / Cheng, W.C. / Wong, C.H. / Ma, C.
履歴
登録2011年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Monofunctional glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8952
ポリマ－30,3141
非ポリマー1,5811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.423, 52.852, 54.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Monofunctional glycosyltransferase / MGT / Peptidoglycan TGase


分子量: 30314.369 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 28-269 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: mgt / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: Q99T05, 転移酵素; グリコシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-M0E / MOENOMYCIN / MOENOMYCIN


分子量: 1580.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H106N5O34P / コメント: 抗生剤*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25mM Na malonate, 11.5% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.68→28.598 Å / Num. obs: 4460 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.6879→3.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HZS, 3FWM, 3FWL

3hzs

3fwm
PDB 未公開エントリ

3fwl


解像度: 3.688→28.598 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.577 / SU ML: 0.67 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 43.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3092 190 4.72 %RANDOM
Rwork0.3033 ---
obs0.3036 4028 91.52 %-
all-4344 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 126.995 Å2 / ksol: 0.296 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 370.12 Å2 / Biso mean: 176.1767 Å2 / Biso min: 90.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--52.5432 Å20 Å2-0 Å2
2--77.9079 Å20 Å2
3----25.3647 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.688→28.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 0 84 0 1938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1342676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d34.365809
LS精密化 シェル解像度: 3.6879→3.83 Å / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3092 190 -
Rwork0.3033 3838 -
all-4028 -
obs--92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.1429 Å / Origin y: 5.9705 Å / Origin z: 12.4435 Å
111213212223313233
T1.0066 Å20.0218 Å2-0.1029 Å2-0.86 Å2-0.0137 Å2--0.8807 Å2
L3.3627 °21.0033 °22.1422 °2-3.7644 °22.8131 °2--2.7408 °2
S0.1003 Å °-0.3785 Å °-0.0903 Å °0.1986 Å °0.0735 Å °-0.9547 Å °0.2933 Å °0.0753 Å °-0.0006 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA41 - 269
2X-RAY DIFFRACTION1allA901

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る