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- PDB-5doe: Crystal structure of the Human Cytomegalovirus UL53 (residues 72-292) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5doe
タイトルCrystal structure of the Human Cytomegalovirus UL53 (residues 72-292)
要素Virion egress protein UL31 homolog
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / zinc finger (ジンクフィンガー) / Bergerat fold
機能・相同性host cell nuclear inner membrane / viral budding from nuclear membrane / Herpesvirus UL31 / Herpesvirus UL31-like protein / 生体膜 / metal ion binding / Nuclear egress protein 1
機能・相同性情報
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Lye, M.F. / El Omari, K. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI026077 米国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2015
タイトル: Unexpected features and mechanism of heterodimer formation of a herpesvirus nuclear egress complex.
著者: Lye, M.F. / Sharma, M. / El Omari, K. / Filman, D.J. / Schuermann, J.P. / Hogle, J.M. / Coen, D.M.
履歴
登録2015年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Virion egress protein UL31 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1782
ポリマ－25,1131
非ポリマー651
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.008, 90.008, 33.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

#1: タンパク質 Virion egress protein UL31 homolog


分子量: 25112.818 Da / 分子数: 1 / 断片: UL53 residues 72-290 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 遺伝子: UL53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16794
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.07 %
結晶化温度: 280.65 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris, 0.1 M NaCl, 20-30% polyethylene glycol (PEG) 3350 (w/v) and 10 % glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.0703 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0703 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→90 Å / Num. obs: 5574 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 14.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3→60 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 51.983 / SU ML: 0.428 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.546 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30879 250 4.5 %RANDOM
Rwork0.25335 ---
obs0.25551 5322 97.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 124.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.63 Å20 Å20 Å2
2--4.63 Å20 Å2
3----9.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1752 0 1 11 1764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191789
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1011.9482424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1835218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg18.67224.65186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.34115317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.296159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3659.054875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.58213.5681092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7469.139913
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.67375.5112660
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.998→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 14 -
Rwork0.355 336 -
obs--83.33 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 103.6628 Å / Origin y: 56.9948 Å / Origin z: 14.6886 Å
111213212223313233
T0.2022 Å20.0022 Å20.0407 Å2-0.2097 Å20.0347 Å2--0.3276 Å2
L1.4577 °2-1.3 °20.4543 °2-4.4992 °2-1.4505 °2--1.6536 °2
S-0.0046 Å °-0.1278 Å °0.2395 Å °-0.2551 Å °-0.3003 Å °-0.9223 Å °-0.3798 Å °0.1213 Å °0.3048 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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