[日本語] English
万見
- PDB-3vcr: Crystal structure of a putative Kdpg (2-keto-3-deoxy-6-phosphoglu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vcr
タイトルCrystal structure of a putative Kdpg (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate) aldolase from Oleispira antarctica
要素putative Kdpg (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate) aldolase
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ALDOLASE SUPERFAMILY / CLASS I ALDOLASE / KDPG ALDOLASE DOMAIN / ALPHA/BETA PROTEIN / TIM BETA/ALPHA BARREL / TIM BARREL / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity
類似検索 - 分子機能
KDPG/KHG aldolase, active site 1 / KDPG and KHG aldolases active site. / KDPG/KHG aldolase / KDPG and KHG aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRUVIC ACID / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Oleispira antarctica (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Kagan, O. / Di Leo, R. / Yim, V. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Genome sequence and functional genomic analysis of the oil-degrading bacterium Oleispira antarctica.
著者: Kube, M. / Chernikova, T.N. / Al-Ramahi, Y. / Beloqui, A. / Lopez-Cortez, N. / Guazzaroni, M.E. / Heipieper, H.J. / Klages, S. / Kotsyurbenko, O.R. / Langer, I. / Nechitaylo, T.Y. / Lunsdorf, ...著者: Kube, M. / Chernikova, T.N. / Al-Ramahi, Y. / Beloqui, A. / Lopez-Cortez, N. / Guazzaroni, M.E. / Heipieper, H.J. / Klages, S. / Kotsyurbenko, O.R. / Langer, I. / Nechitaylo, T.Y. / Lunsdorf, H. / Fernandez, M. / Juarez, S. / Ciordia, S. / Singer, A. / Kagan, O. / Egorova, O. / Alain Petit, P. / Stogios, P. / Kim, Y. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Denaro, R. / Genovese, M. / Albar, J.P. / Reva, O.N. / Martinez-Gomariz, M. / Tran, H. / Ferrer, M. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Yakimov, M.M. / Golyshina, O.V. / Reinhardt, R. / Golyshin, P.N.
履歴
登録2012年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年1月18日ID: 3LAB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: putative Kdpg (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate) aldolase
B: putative Kdpg (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate) aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0764
ポリマ－45,9002
非ポリマー1762
水8,431468
1
A: putative Kdpg (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate) aldolase
ヘテロ分子

A: putative Kdpg (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate) aldolase
ヘテロ分子

A: putative Kdpg (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate) aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1156
ポリマ－68,8503
非ポリマー2643
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area25360 Å2
手法PISA
2
B: putative Kdpg (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate) aldolase
ヘテロ分子

B: putative Kdpg (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate) aldolase
ヘテロ分子

B: putative Kdpg (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate) aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1156
ポリマ－68,8503
非ポリマー2643
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area25190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.020, 76.020, 241.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-414-

HOH

21B-611-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 putative Kdpg (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate) aldolase


分子量: 22950.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oleispira antarctica (バクテリア)
プラスミド: P15TV-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D2YW47
#2: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG 4000, 10% 2-PROPANOL, 0.1M TRI-SODIUM CITRATE PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月22日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 44282 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.91 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 27.29
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.45 / Rsym value: 0.115 / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WBH

1wbh


解像度: 1.84→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.361 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21433 2163 5 %RANDOM
Rwork0.17776 ---
obs0.17957 40941 95.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.15 Å2-1.08 Å20 Å2
2---2.15 Å20 Å2
3---3.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3196 0 12 468 3676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6941.9794511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0745444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.55725.926108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.86415558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.343157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9521.52163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63723487
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9431142
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6134.51017
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.839→1.887 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 146 -
Rwork0.26 2236 -
obs--70.91 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: -0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
116.600335.2077178.2042
220.89726.3591168.0778
3-0.795825.1792131.0165
44.784616.5303140.7247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2A108 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4B108 - 216

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る