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- PDB-3v6f: Crystal Structure of an anti-HBV e-antigen monoclonal Fab fragmen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v6f
タイトルCrystal Structure of an anti-HBV e-antigen monoclonal Fab fragment (e6), unbound
要素
  • Fab e6 Heavy Chain
  • Fab e6 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin domain / antibody Fab fragment
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Dimattia, M.A. / Watts, N.R. / Stahl, S.J. / Grimes, J.M. / Steven, A.C. / Stuart, D.I. / Wingfield, P.T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Antigenic switching of hepatitis B virus by alternative dimerization of the capsid protein.
著者: Dimattia, M.A. / Watts, N.R. / Stahl, S.J. / Grimes, J.M. / Steven, A.C. / Stuart, D.I. / Wingfield, P.T.
履歴
登録2011年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab e6 Heavy Chain
B: Fab e6 Light Chain
C: Fab e6 Heavy Chain
D: Fab e6 Light Chain
E: Fab e6 Heavy Chain
F: Fab e6 Light Chain
H: Fab e6 Heavy Chain
L: Fab e6 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,3818
ポリマ－192,3818
非ポリマー00
水8,449469
1
A: Fab e6 Heavy Chain
B: Fab e6 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0952
ポリマ－48,0952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
2
C: Fab e6 Heavy Chain
D: Fab e6 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0952
ポリマ－48,0952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
3
E: Fab e6 Heavy Chain
F: Fab e6 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0952
ポリマ－48,0952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
4
H: Fab e6 Heavy Chain
L: Fab e6 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0952
ポリマ－48,0952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.120, 68.240, 236.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Chain H and L form one copy of the biological assembly (Fab fragment).

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要素

#1: 抗体
Fab e6 Heavy Chain


分子量: 23765.408 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体
Fab e6 Light Chain


分子量: 24329.928 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.52→31.1 Å / Num. obs: 66469 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 58.39 Å2

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.52→31.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9375 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9151 / SU R Cruickshank DPI: 0.491 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2197 3376 5.08 %RANDOM
Rwork0.1789 ---
obs0.181 66468 99.33 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.5158 Å20 Å23.3087 Å2
2---0.8106 Å20 Å2
3---12.3265 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.359 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→31.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13262 0 0 469 13731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113597HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2718511HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4455SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes264HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1970HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13597HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.61
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1832SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14708SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2756 251 5.32 %
Rwork0.2363 4468 -
all0.2385 4719 -
obs--99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09890.3857-0.33660.9808-0.79674.43730.20810.15880.1410.36680.03160.2329-0.4999-0.2591-0.23980.03510.06680.1281-0.09120.0481-0.133922.3846-40.957280.8011
24.396-0.3853-0.04624.1999-2.96948.0037-0.0531-0.57930.51880.03040.129-0.0228-0.53960.2892-0.0758-0.133-0.08250.0836-0.0179-0.162-0.125841.715-32.22554.7699
31.59980.06130.10751.4575-0.09472.58020.02380.09980.1509-0.1654-0.0667-0.0376-0.16970.07060.0429-0.04550.05880.005-0.0732-0.0115-0.030328.7341-24.2848-14.8369
44.24941.28051.43271.70041.6054.60540.0324-0.19160.0027-0.0613-0.16680.2416-0.323-0.340.1343-0.1625-0.0140.021-0.0504-0.02720.04526.6949-21.814110.9959
51.68090.0028-0.55323.3771-0.57753.7062-0.00520.07060.04010.15810.10670.15410.1383-0.039-0.10140.0122-0.02860.0856-0.1134-0.0038-0.142813.6833-19.1823132.0091
62.6706-1.2070.02952.39821.11294.53720.09150.1558-0.4957-0.0788-0.08620.5389-0.023-0.3218-0.0053-0.1486-0.0959-0.1095-0.10150.03280.0955-4.165-21.3871103.1169
70.36510.5975-0.04992.86440.49712.4560.0574-0.1502-0.0530.0955-0.0178-0.1411-0.02760.0523-0.0396-0.1253-0.04610.00950.05720.0039-0.06127.8328-2.844736.8445
85.73031.5209-1.17454.0878-2.76084.638-0.30030.032-0.55970.40410.16650.17250.49390.52530.13380.24990.15290.0541-0.2771-0.0879-0.2638.8719-12.03667.1426
92.7040.007-0.12992.16060.92815.67480.05680.218-0.1029-0.1272-0.0656-0.313-0.03830.52820.0088-0.16460.01190.0207-0.05330.0049-0.030443.103-22.40591.3787
105.14381.19151.49312.96830.31643.2384-0.0329-0.398-0.54860.04480.02640.39210.3848-0.56160.0064-0.1405-0.03620.0692-0.09430.0884-0.017712.0989-31.514723.2184
113.6335-1.21160.51723.4498-2.38387.1130.1792-0.0427-0.12750.04780.250.5478-0.1008-0.5522-0.4291-0.31660.04460.04830.1260.1578-0.147.2186-42.625165.3207
127.9458-1.09142.00671.75120.26682.40370.1103-0.2312-0.5123-0.18090.1514-0.1581-0.19420.2391-0.2616-0.051-0.08720.0596-0.09610.0283-0.09338.7994-42.383442.3668
132.8516-0.2485-1.08123.1130.98327.4909-0.0014-0.3330.1821-0.01440.1549-0.4602-0.0180.5104-0.1535-0.0907-0.07690.0997-0.1214-0.1034-0.140430.378-20.9246118.1967
147.8678-2.20570.65583.48420.29842.85-0.00950.0160.2557-0.60010.13260.4785-0.3046-0.5046-0.12310.0989-0.023-0.1258-0.18730.1504-0.16952.8777-11.853392.1664
154.08430.8469-1.63663.7321-0.22966.10820.2191-0.03810.40540.1628-0.24460.5351-0.1612-0.27340.0255-0.2613-0.00820.08650.004-0.0105-0.0998.9187-0.947647.5506
166.68730.74721.42493.27011.06756.6416-0.16510.06770.12490.51510.2285-0.22210.54110.5534-0.06330.16030.1434-0.0468-0.26840.0101-0.311332.8051-2.076178.3016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 118}A1 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2{A|119 - 219}A119 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3{H|1 - 118}H1 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4{H|119 - 219}H119 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5{C|1 - 118}C1 - 118
6X-RAY DIFFRACTION6{C|119 - 219}C119 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7{E|1 - 118}E1 - 118
8X-RAY DIFFRACTION8{E|119 - 219}E119 - 219
9X-RAY DIFFRACTION9{L|1 - 115}L1 - 115
10X-RAY DIFFRACTION10{L|116 - 219}L116 - 219
11X-RAY DIFFRACTION11{B|1 - 115}B1 - 115
12X-RAY DIFFRACTION12{B|116 - 219}B116 - 219
13X-RAY DIFFRACTION13{D|1 - 115}D1 - 115
14X-RAY DIFFRACTION14{D|116 - 219}D116 - 219
15X-RAY DIFFRACTION15{F|1 - 115}F1 - 115
16X-RAY DIFFRACTION16{F|116 - 219}F116 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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