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- PDB-3usu: Crystal structure of Butea monosperma seed lectin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3usu
タイトルCrystal structure of Butea monosperma seed lectin
要素
  • Lectin Alpha chain
  • Lectin Beta Chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / N-Linked glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / : / beta-D-xylopyranose / Lectin Alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Butea monosperma (マメ科)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Abhilash, J. / Geethanandan, K. / Bharath, S.R. / Sadasivan, C. / Haridas, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Butea monosperma seed lectin
著者: Abhilash, J. / Geethanandan, K. / Bharath, S.R. / Sadasivan, C. / Haridas, M.
履歴
登録2011年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin Alpha chain
B: Lectin Beta Chain
C: Lectin Alpha chain
D: Lectin Beta Chain
E: Lectin Alpha chain
F: Lectin Beta Chain
G: Lectin Alpha chain
H: Lectin Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,76548
ポリマ－212,1878
非ポリマー6,57840
水8,395466
1
A: Lectin Alpha chain
B: Lectin Beta Chain
C: Lectin Alpha chain
D: Lectin Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,98625
ポリマ－106,0934
非ポリマー3,89221
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14150 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area34920 Å2
手法PISA
2
E: Lectin Alpha chain
F: Lectin Beta Chain
G: Lectin Alpha chain
H: Lectin Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,77923
ポリマ－106,0934
非ポリマー2,68519
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13040 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area33850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.450, 78.910, 101.850
Angle α, β, γ (deg.)74.30, 76.65, 86.88
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Lectin Alpha chain


分子量: 27229.678 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Leguminosae plant / 由来: (天然) Butea monosperma (マメ科) / 参照: UniProt: H2L2M6*PLUS
#2: タンパク質
Lectin Beta Chain


分子量: 25817.002 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: leguminosae plant / 由来: (天然) Butea monosperma (マメ科) / 参照: UniProt: H2L2M6*PLUS

-
糖 , 6種, 8分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖 ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#12: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 498分子

#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#9: 化合物
ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#10: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THESE TWO ENTITIES DO NOT CURRENTLY EXIST. THE RESIDUES 241-246 IN ...SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THESE TWO ENTITIES DO NOT CURRENTLY EXIST. THE RESIDUES 241-246 IN CHAIN A,C,E,G HAVE BEEN ASSIGNED TO UNK DUE TO VERY POOR ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 25% PEG 8000, 0.2M Phosphate Buffer Saline, 5% MPD, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年9月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→69.06 Å / Num. all: 75986 / Num. obs: 74831 / % possible obs: 98.47 % / Observed criterion σ(F): 2.57 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 37.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.44→2.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 10951 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IPV

3ipv


解像度: 2.46→69.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.832 / SU B: 21.095 / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / σ(I): 2 / ESU R: 0.601 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28722 3944 5 %RANDOM
Rwork0.20453 ---
obs0.20861 74831 94.7 %-
all-75986 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.451 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→69.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14880 0 402 466 15748
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0215648
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9421.97621356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.75751956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.58624.892556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.602152324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.6481516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.22570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02111499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.459→2.523 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 245 -
Rwork0.266 4546 -
obs--78.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.38170.2893-0.28781.1043-0.00160.58590.0254-0.027-0.0039-0.0473-0.0697-0.0206-0.0317-0.09140.04430.12490.0401-0.03680.0307-0.02010.0436-23.9463-6.0647.0569
21.5990.17210.12580.8272-0.16540.929-0.03550.0244-0.0513-0.0446-0.01110.00910.07340.02630.04660.10050.03270.01460.0197-0.01430.0455-17.6812-36.1003-5.6739
31.84070.05210.16720.8466-0.1131.0308-0.0114-0.11190.02470.00630.0212-0.05670.08050.0207-0.00980.0291-0.00140.00060.0113-0.0090.018818.015-27.3575-4.1291
42.17580.5117-0.82010.7788-0.69172.25070.0636-0.11130.23750.01760.0472-0.1096-0.2230.0118-0.11070.09880.00390.03580.0208-0.04620.125611.36213.10365.3627
51.66630.04780.30111.0516-0.22281.12260.0548-0.09510.02250.0703-0.00260.1553-0.09990.0052-0.05210.10540.01950.02850.0459-0.00790.0295-60.214622.9775-55.9991
60.72520.0388-0.32230.5227-0.26481.1514-0.0309-0.0068-0.02770.01770.03550.10640.070.009-0.00460.1507-0.01060.00720.0478-0.01210.0346-55.8308-5.863-69.9665
70.9335-0.1540.16820.9789-0.39361.3131-0.02230.12770.02390.01840.02670.01340.020.0515-0.00440.08310.00130.01470.10550.00010.004-38.5433-17.2599-40.256
81.991-0.2212-0.3360.9945-0.17650.73690.0276-0.14710.06040.16050.0181-0.0764-0.06870.0916-0.04570.1069-0.0225-0.01040.0221-0.00990.0122-38.792412.981-28.2426
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 256
2X-RAY DIFFRACTION1A264 - 304
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 242
4X-RAY DIFFRACTION2B260 - 306
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 256
6X-RAY DIFFRACTION3C266 - 304
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 242
8X-RAY DIFFRACTION4D268 - 301
9X-RAY DIFFRACTION5E1 - 256
10X-RAY DIFFRACTION5E262 - 304
11X-RAY DIFFRACTION6F1 - 242
12X-RAY DIFFRACTION6F274 - 290
13X-RAY DIFFRACTION7G1 - 256
14X-RAY DIFFRACTION7G270 - 303
15X-RAY DIFFRACTION8H1 - 242
16X-RAY DIFFRACTION8H272 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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