PDB-3unl: Crystal structure of ketosteroid isomerase F54G from Pseudomonas ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3unl

タイトル

Crystal structure of ketosteroid isomerase F54G from Pseudomonas testosteroni

要素

Steroid Delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas testosteroni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Schwans, J. / Sunden, F. / Herschlag, D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ketosteroid isomerase F54G from Pseudomonas testosteroni
著者: Schwans, J. / Sunden, F. / Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Herschlag, D.

履歴

登録	2011年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3unl.cif.gz	195.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3unl.ent.gz	160.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3unl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3unl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3unl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m8cS 3mhe 3mkl 3mn2 3myt 3nbr 3nhx 3nm2 3nuv 3nxj 3t8n 3t8u S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4l7k-2 5os2-d 6fer-9 6z4b-1 3fdn-d 4u39-8 3mki-1 6tfv-2 4j8n-5 4ded-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

54.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.571, 64.571, 502.154
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase 分子量: 13321.979 Da / 分子数: 4 / 変異: F54G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア) 遺伝子: ksi / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00947, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 20 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日
放射	モノクロメーター: Si single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→39.5 Å / Num. obs: 22617 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 43.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.52→2.66 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 3118 / % possible all: 98.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.89 Å	38.14 Å
Translation	2.89 Å	38.14 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
Web-Ice		データ収集
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3M8C

3m8c

解像度: 2.52→37.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.902 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.86 / WR_factor R_free: 0.2466 / WR_factor R_work: 0.2072 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8623 / SU B: 20.076 / SU ML: 0.205 / SU R Cruickshank DPI: 0.4886 / SU R_free: 0.2962 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2679	1147	5.1 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
all	0.2262	22472	-	-
obs	0.2262	22472	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.89 Å² / B_iso mean: 25.9096 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.09 Å²	0.54 Å²	0 Å²
2-	-	1.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→37.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3728	0	70	101	3899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3920
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.286	1.961	5334
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.835	3	6193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.258	5	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.906	23.591	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.58	15	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.428	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	823
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.413	1.5	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.072	1.5	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.779	2	3983
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.219	3	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.018	4.5	1351

LS精密化シェル

解像度: 2.52→2.584 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	79	-
R_work	0.287	1492	-
all	-	1571	-
obs	-	-	96.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0577	-0.0406	0.5212	0.634	-0.0036	1.2893	0.0169	0.0723	0.0101	-0.0244	-0.0016	0.0126	-0.0558	0.1113	-0.0153	0.0627	-0.0109	0.017	0.0146	-0.0104	0.0232	25.2121	-10.6033	49.338
2	1.4975	0.0074	0.2073	0.4805	0.4564	1.2535	0.0313	-0.0874	-0.0757	-0.0239	-0.0377	0.0114	-0.0561	-0.2026	0.0064	0.0472	0.0259	-0.0122	0.0528	0.0103	0.0282	3.1155	-18.1875	44.6307
3	0.2727	0.2232	-0.2648	0.8171	-0.2045	0.4308	-0.0523	0.0124	-0.0585	-0.0378	0.0345	-0.0105	0.0478	0.0196	0.0177	0.0275	0.0113	-0.0144	0.052	-0.0153	0.0698	8.3999	-38.0685	-2.456
4	1.1101	-0.0533	0.1066	0.6325	0.5091	1.2072	-0.035	-0.0671	-0.0638	0.0047	-0.0086	-0.0379	0.033	-0.0797	0.0436	0.0108	0.0062	-0.0129	0.0465	-0.001	0.0654	-6.5673	-33.0854	15.2345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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