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万見
- PDB-3m8c: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D99N from Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m8c
タイトルCrystal Structure of Ketosteroid Isomerase D99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) with Equilenin Bound
要素Steroid Delta-isomerase
キーワードISOMERASE / Lipid metabolism / Steroid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Steroid delta5-4-isomerase / Ketosteroid isomerase / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EQUILENIN / Steroid Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Schwans, J. / Sunden, F. / Herschlag, D.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) with Equilenin Bound
著者: Schwans, J. / Sunden, F. / Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Herschlag, D.
履歴
登録2010年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / software ...database_2 / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid Delta-isomerase
B: Steroid Delta-isomerase
C: Steroid Delta-isomerase
D: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,87622
ポリマ－53,6444
非ポリマー2,23218
水8,395466
1
A: Steroid Delta-isomerase
B: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,94512
ポリマ－26,8222
非ポリマー1,12310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area12080 Å2
手法PISA
2
C: Steroid Delta-isomerase
D: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,93110
ポリマ－26,8222
非ポリマー1,1098
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area12010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.312, 64.312, 506.174
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-377-

HOH

21C-559-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase


分子量: 13411.117 Da / 分子数: 4 / 変異: D99N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア)
遺伝子: ksi / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P00947, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EQU / EQUILENIN


分子量: 266.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-110.98
シンクロトロンSSRL BL9-220.98
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2010年1月16日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2010年1月6日
放射
IDモノクロメータープロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1Si single crystalSINGLE WAVELENGTHx-ray1
2Si double crystalSINGLE WAVELENGTHx-ray1
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→33.63 Å / Num. all: 38027 / Num. obs: 38027 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 5131 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0106精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Web-Iceデータ収集
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8CHO

8cho


解像度: 2.1→84.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.127 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1895 5 %RANDOM
Rwork0.166 ---
all0.169 38027 --
obs0.169 37837 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.99 Å2 / Biso mean: 26.739 Å2 / Biso min: 5.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20.51 Å20 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→84.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3756 0 137 466 4359
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0224335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9891.9765945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5515565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.22823.529204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.5615662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.811538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.171.52697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.01824355
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.22331638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8454.51590
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 118 -
Rwork0.238 2348 -
all-2466 -
obs--89.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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