PDB-3t8u: Crystal structure of ketosteroid isomerase Y14AY55FD99A from Pseu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t8u

タイトル

Crystal structure of ketosteroid isomerase Y14AY55FD99A from Pseudomonas testosteroni

要素

Steroid Delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas testosteroni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Schwans, J. / Sunden, F. / Herschlag, D.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Evaluating the catalytic contribution from the oxyanion hole in ketosteroid isomerase.
著者: Schwans, J.P. / Sunden, F. / Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Herschlag, D.

履歴

登録	2011年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t8u.cif.gz	203.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t8u.ent.gz	167.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t8u_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t8u_full_validation.pdf.gz	475.7 KB	表示
XML形式データ	3t8u_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	3t8u_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t8nC 3m8cS 3rgr C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4l7k-4 3m8c-1 3nxj-d 3myt-2 4l7k-6 3mki-1 5ugi-1 3ov4-1 3ov4-2 1ohs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

53.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.227, 64.227, 496.554
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase 分子量: 13259.996 Da / 分子数: 4 / 変異: Y14A, Y55F, D99A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア) 遺伝子: ksi / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00947, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月11日

放射

モノクロメーター: Si single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→38.196 Å / Num. all: 22525 / Num. obs: 22525 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 21.9

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.5-2.64	6.8	0.7	20799	3061	1.116	97
2.64-2.8	10.2	1.1	31107	3040	0.741	99.9
2.8-2.99	11	1.7	31232	2829	0.457	100
2.99-3.23	11.5	3.3	30974	2688	0.238	100
3.23-3.54	11.7	6.2	29315	2495	0.125	100
3.54-3.96	11.6	10.3	26213	2256	0.074	100
3.96-4.57	11.4	15.4	23454	2052	0.046	100
4.57-5.6	10.9	16.6	19258	1762	0.04	100
5.6-7.91	10.4	17.7	14908	1437	0.036	100
7.91-38.196	9.1	23.9	8192	905	0.024	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3M8C

3m8c

解像度: 2.5→35.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 30.672 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3001	1145	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2386	-	-	-
all	0.2416	22369	-	-
obs	0.2416	22369	99.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 216.37 Å² / B_iso mean: 62.921 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.43 Å²	1.72 Å²	0 Å²
2-	-	3.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3708	0	45	59	3812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3905
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.33	1.95	5309
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.818	3	6226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.296	5	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.349	23.523	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.19	15	604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.636	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.419	1.5	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.089	1.5	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.777	2	4011
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.332	3	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.186	4.5	1298

LS精密化シェル

解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.446	78	-
R_work	0.345	1429	-
all	-	1507	-
obs	-	-	93.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9067	-0.4156	1.1385	0.9649	0.5803	2.7396	-0.015	-0.1104	0.3406	0.2344	-0.0683	-0.1362	0.0145	-0.2037	0.0833	0.7448	0.1233	-0.1223	0.072	-0.0554	0.268	-19.5001	-13.1164	-48.3128
2	2.624	-1.1054	1.5356	1.1306	-1.4522	2.2046	0.0865	-0.1364	0.3538	0.0213	-0.2397	-0.084	-0.5103	0.369	0.1532	0.8055	-0.1156	-0.1474	0.1843	-0.113	0.3121	2.3055	-21.5531	-44.2711
3	2.1653	0.1541	-0.2507	1.6656	0.7463	4.9701	-0.1388	-0.3399	-0.1654	0.2947	0.0179	0.1912	0.6364	-0.2629	0.1209	0.1161	0.0156	0.0365	0.4725	-0.1203	0.285	-3.6448	-37.6052	3.9746
4	2.9946	0.0335	0.3276	1.7869	0.7387	4.987	-0.1333	0.0419	-0.0262	-0.2	0.1989	0.0697	0.1566	0.332	-0.0656	0.0421	-0.0147	-0.0169	0.3761	-0.1444	0.202	11.2703	-35.22	-14.3738

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	126 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	129 - 140
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	126 - 136
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	126 - 128
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	129 - 148
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 124
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	126 - 128
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	129 - 144

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