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Yorodumi- PDB-3rgr: Crystal structure of ketosteroid isomerase M116A from Pseudomonas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rgr | ||||||
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Title | Crystal structure of ketosteroid isomerase M116A from Pseudomonas putida | ||||||
Components | Steroid Delta-isomerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / steroid metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.594 Å | ||||||
Authors | Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Schwans, J. / Sunden, F. / Herschlag, D. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of ketosteroid isomerase M116A from Pseudomonas putida Authors: Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Schwans, J. / Sunden, F. / Herschlag, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rgr.cif.gz | 77.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rgr.ent.gz | 58.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rgr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rgr | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3cpoS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14488.382 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: M116A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida (bacteria) / Gene: ksi / Plasmid: pKK / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 / References: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 Details: 1 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate pH 7.2, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 1.097 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 17, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si single crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.097 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.594→36.195 Å / Num. all: 16562 / Num. obs: 16562 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 14.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3CPO Resolution: 1.594→33.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 4.256 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.1067 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.108 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.736 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.594→33.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.594→1.635 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 5.52 Å / Origin y: 11.736 Å / Origin z: -1.067 Å
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