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万見
- PDB-3uit: Overall structure of Patj/Pals1/Mals complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uit
タイトルOverall structure of Patj/Pals1/Mals complex
要素InaD-like protein, MAGUK p55 subfamily member 5, Protein lin-7 homolog B
キーワードCELL ADHESION / L27 domain / CELL POLARIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / protein localization to myelin sheath abaxonal region / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / subapical complex / MPP7-DLG1-LIN7 complex / myelin assembly / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / morphogenesis of an epithelial sheet / tight junction assembly ...RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / protein localization to myelin sheath abaxonal region / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / subapical complex / MPP7-DLG1-LIN7 complex / myelin assembly / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / morphogenesis of an epithelial sheet / tight junction assembly / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / myelin sheath adaxonal region / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / establishment of apical/basal cell polarity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / microtubule organizing center organization / lateral loop / Schmidt-Lanterman incisure / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / peripheral nervous system myelin maintenance / cell-cell junction assembly / neurotransmitter secretion / tight junction / apical junction complex / synaptic vesicle transport / generation of neurons / central nervous system neuron development / exocytosis / positive regulation of epithelial cell migration / bicellular tight junction / postsynaptic density, intracellular component / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / regulation of microtubule cytoskeleton organization / protein localization to plasma membrane / adherens junction / PDZ domain binding / postsynaptic density membrane / cerebral cortex development / apical part of cell / cell-cell junction / protein transport / presynapse / regulation of protein localization / protein-macromolecule adaptor activity / perikaryon / basolateral plasma membrane / gene expression / apical plasma membrane / axon / protein domain specific binding / synapse / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #460 / de novo design (two linked rop proteins) - #360 / Protein lin-7 / : / L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / L27-2 / L27_2 / L27 domain, C-terminal ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #460 / de novo design (two linked rop proteins) - #360 / Protein lin-7 / : / L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / L27-2 / L27_2 / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / de novo design (two linked rop proteins) / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / InaD-like protein / InaD-like protein / Protein PALS1 / Protein lin-7 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zhang, J. / Yang, X. / Long, J. / Shen, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of an L27 domain heterotrimer from cell polarity complex Patj/Pals1/Mals2 reveals mutually independent L27 domain assembly mode
著者: Zhang, J. / Yang, X. / Wang, Z. / Zhou, H. / Xie, X. / Shen, Y. / Long, J.
履歴
登録2011年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: InaD-like protein, MAGUK p55 subfamily member 5, Protein lin-7 homolog B
B: InaD-like protein, MAGUK p55 subfamily member 5, Protein lin-7 homolog B
C: InaD-like protein, MAGUK p55 subfamily member 5, Protein lin-7 homolog B
D: InaD-like protein, MAGUK p55 subfamily member 5, Protein lin-7 homolog B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,60624
ポリマ－119,4254
非ポリマー1,18120
水15,565864
1
A: InaD-like protein, MAGUK p55 subfamily member 5, Protein lin-7 homolog B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3299
ポリマ－29,8561
非ポリマー4728
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: InaD-like protein, MAGUK p55 subfamily member 5, Protein lin-7 homolog B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1516
ポリマ－29,8561
非ポリマー2955
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: InaD-like protein, MAGUK p55 subfamily member 5, Protein lin-7 homolog B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9743
ポリマ－29,8561
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: InaD-like protein, MAGUK p55 subfamily member 5, Protein lin-7 homolog B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1516
ポリマ－29,8561
非ポリマー2955
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.194, 145.194, 202.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-222-

ARG

21B-877-

HOH

31C-911-

HOH

41D-680-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
InaD-like protein, MAGUK p55 subfamily member 5, Protein lin-7 homolog B / Inadl protein / Channel-interacting PDZ domain-containing protein / Pals1-associated tight junction ...Inadl protein / Channel-interacting PDZ domain-containing protein / Pals1-associated tight junction protein / Protein associated to tight junctions / Lin-7B / Mammalian lin-seven protein 2 / MALS-2 / Vertebrate lin-7 homolog 2 / Veli-2


分子量: 29856.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera of L27 domains of InaD-like protein (UNP residues 1-68) from Mouse, LINKER (LEVLFQGP), MAGUK p55 subfamily member 5 (UNP residues 119-232) from Human, LINKER (GGGLEVFQGP), Protein lin- ...詳細: Chimera of L27 domains of InaD-like protein (UNP residues 1-68) from Mouse, LINKER (LEVLFQGP), MAGUK p55 subfamily member 5 (UNP residues 119-232) from Human, LINKER (GGGLEVFQGP), Protein lin-7 homolog B (UNP residues 3-66) from Rat
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q63ZW7, UniProt: Q8N3R9, UniProt: Q9Z252, UniProt: F1MAD2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 864 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.8M sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.9791
シンクロトロンSSRF BL17U20.9791
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2010年4月23日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2010年9月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 79261 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 29.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→38.863 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8479 / SU ML: 0.22 / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2205 3879 5.03 %RANDOM
Rwork0.1797 ---
all0.1818 79223 --
obs0.1817 77147 97.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.246 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 224.64 Å2 / Biso mean: 41.2893 Å2 / Biso min: 13.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5912 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.5912 Å20 Å2
3----1.1824 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→38.863 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8103 0 80 864 9047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00611197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4943167
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041476
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0499-2.12310.24833210.1926681092
2.1231-2.20810.23033920.1805698694
2.2081-2.30860.2553760.1875712996
2.3086-2.43030.23873490.1788723397
2.4303-2.58260.24733990.1884724498
2.5826-2.78190.24944130.1946735399
2.7819-3.06180.27183950.2099742199
3.0618-3.50460.24074130.18657513100
3.5046-4.41440.17294160.15077611100
4.4144-38.86990.19584050.17697968100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -43.3383 Å / Origin y: 27.7285 Å / Origin z: 34.3325 Å
111213212223313233
T0.1256 Å20.015 Å20.0112 Å2-0.0936 Å20.0524 Å2--0.1306 Å2
L0.3796 °20.0676 °2-0.0309 °2-0.4645 °20.0202 °2--0.6063 °2
S-0.0157 Å °-0.0296 Å °-0.0688 Å °-0.0644 Å °-0.033 Å °-0.0482 Å °0.0218 Å °-0.0117 Å °0.0458 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA8 - 263
2X-RAY DIFFRACTION1allB9 - 261
3X-RAY DIFFRACTION1allC9 - 263
4X-RAY DIFFRACTION1allD8 - 264
5X-RAY DIFFRACTION1allB - C1 - 912
6X-RAY DIFFRACTION1allD1428
7X-RAY DIFFRACTION1allB1428
8X-RAY DIFFRACTION1allA1428
9X-RAY DIFFRACTION1allB266 - 1428
10X-RAY DIFFRACTION1allB267 - 1428
11X-RAY DIFFRACTION1allC1428
12X-RAY DIFFRACTION1allA266 - 1428
13X-RAY DIFFRACTION1allB268 - 1428
14X-RAY DIFFRACTION1allA267 - 1428
15X-RAY DIFFRACTION1allC266 - 1428
16X-RAY DIFFRACTION1allD266 - 1428
17X-RAY DIFFRACTION1allA268 - 1428
18X-RAY DIFFRACTION1allD267 - 1428
19X-RAY DIFFRACTION1allA269 - 1428
20X-RAY DIFFRACTION1allA270 - 1428
21X-RAY DIFFRACTION1allA271 - 1428
22X-RAY DIFFRACTION1allA272 - 1428
23X-RAY DIFFRACTION1allD268 - 1428
24X-RAY DIFFRACTION1allD269 - 1428
25X-RAY DIFFRACTION1allB269 - 1428

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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