+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qrd | ||||||
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Title | Crystal structure of L68V mutant of human cystatin C | ||||||
Components | Cystatin-C | ||||||
Keywords | HYDROLASE INHIBITOR / cysteine protease inhibitor / 3D domain swapping / protein / Hereditary Cystatin C Amyloid Angiopathy / Protease inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of collagen catabolic process / negative regulation of elastin catabolic process / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor activity / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of tissue remodeling / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase inhibitor activity / supramolecular fiber organization ...negative regulation of collagen catabolic process / negative regulation of elastin catabolic process / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor activity / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of tissue remodeling / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase inhibitor activity / supramolecular fiber organization / negative regulation of proteolysis / Post-translational protein phosphorylation / defense response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / tertiary granule lumen / amyloid-beta binding / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.19 Å | ||||||
Authors | Orlikowska, M. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Skowron, P. / Szymanska, A. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of L68V mutant of human cystatin C Authors: Orlikowska, M. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Skowron, P. / Szymanska, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qrd.cif.gz | 102.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qrd.ent.gz | 80.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qrd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/3qrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/3qrd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3ps8C 1g96S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13351.114 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: L68V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CST3 / Plasmid: pHD313 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(de3) / References: UniProt: P01034 #2: Chemical | ChemComp-PEG / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.18M tri-Sodium citrate, 0.1M TrisHCl pH 8.0, 30% PEG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97929 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 21, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97929 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.14→50 Å / Num. obs: 28962 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 33.889 |
Reflection shell | Resolution: 2.14→2.24 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1G96 Resolution: 2.19→36.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 17.444 / SU ML: 0.211 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.275 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.196 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.19→36.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.19→2.249 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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