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- PDB-3s67: Crystal structure of V57P mutant of human cystatin C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s67
タイトルCrystal structure of V57P mutant of human cystatin C
要素Cystatin-C
キーワードHYDROLASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of collagen catabolic process / negative regulation of elastin catabolic process / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor activity / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of tissue remodeling / endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / supramolecular fiber organization ...negative regulation of collagen catabolic process / negative regulation of elastin catabolic process / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor activity / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of tissue remodeling / endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / supramolecular fiber organization / negative regulation of proteolysis / Post-translational protein phosphorylation / defense response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / tertiary granule lumen / amyloid-beta binding / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cystatin-C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Orlikowska, M. / Szymanska, A. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Skowron, P. / Jankowska, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural characterization of V57D and V57P mutants of human cystatin C, an amyloidogenic protein.
著者: Orlikowska, M. / Szymanska, A. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Skowron, P. / Jankowska, E.
履歴
登録2011年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Derived calculations
改定 1.22013年4月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystatin-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,03210
ポリマ－13,3631
非ポリマー6699
水1,20767
1
A: Cystatin-C
ヘテロ分子

A: Cystatin-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,06420
ポリマ－26,7262
非ポリマー1,33818
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.135, 140.135, 140.135
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-124-

IMD

21A-125-

IMD

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cystatin-C / Cystatin-3 / Gamma-trace / Neuroendocrine basic polypeptide / Post-gamma-globulin


分子量: 13363.124 Da / 分子数: 1 / 変異: V57P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CST3 / プラスミド: pHD313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P01034

-
非ポリマー , 5種, 76分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Imidazole pH=6.5 0.9M Sodium acetate, additive 2.0M NDSB-221, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 11234 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 36.5
反射 シェル解像度: 2.26→2.3 Å / 冗長度: 12.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.16

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G96

1g96


解像度: 2.26→27.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 9.08 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2289 537 4.8 %RANDOM
Rwork0.18667 ---
obs0.18869 10697 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.279 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→27.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数871 0 44 67 982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022929
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6571.9731243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.32336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.775110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.88223.86444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.2315147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.564157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8151.5563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1872898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.6893366
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.6024.5345
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.322 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 43 -
Rwork0.279 774 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.8423-4.32983.708947.8849-3.234613.1069-0.22290.29071.06223.1208-0.068-0.5079-1.25561.94810.2910.3541-0.1079-0.0310.33320.0530.214286.2928-1.101231.9856
233.20989.823114.591811.3053-1.419737.84720.5404-0.0766-1.80050.618-0.3681-0.52023.00641.3054-0.17230.52390.13420.01770.1612-0.00780.264283.3255-15.378629.2776
32.2045-0.8076-2.48093.87317.955519.8714-0.11630.0864-0.01310.01-0.30130.3458-0.0309-0.64580.41760.11990.02530.00660.1693-0.00830.225679.8345-14.484312.326
41.38790.1541-0.193311.476111.469812.81230.1434-0.3069-0.03310.52850.6693-0.98520.50360.4885-0.81270.15840.0642-0.01840.2061-0.05130.232689.9975-13.129317.4707
56.2909-2.19120.93581.4820.09040.9303-0.04340.06340.13960.0899-0.0007-0.06360.02320.13440.04410.16180.02520.00870.13080.02640.160470.81041.521528.619
61.8788-0.80660.406112.7665-16.651723.5324-0.16020.1219-0.3498-0.18620.50380.23890.322-0.6883-0.34360.13940.0257-0.03790.208-0.01240.328850.510711.278313.2768
77.97414.2991.90633.58160.816412.66190.05260.00640.7055-0.04620.22090.1808-0.93680.412-0.27340.2077-0.0225-0.01570.15770.00610.155656.108223.9256.4092
821.95036.1527-2.618112.5288-1.713814.70070.548-0.93721.46971.1572-0.22830.983-0.7387-0.5554-0.31980.25170.10520.05990.1636-0.02910.27650.609923.843910.9942
917.65281.50357.609333.7309-9.72819.40550.27682.1379-0.707-1.54980.30220.68311.3766-1.5593-0.57910.2759-0.1421-0.05870.9389-0.05510.3445.196814.94272.0058
108.44712.16995.02494.37871.86186.05540.02570.1903-0.1208-0.12730.0779-0.09580.02990.2891-0.10370.08820.02240.01780.14950.0380.148664.62667.426122.3964
1148.5988-10.961421.35223.12655.422622.56760.3382.3709-1.6631-2.1714-0.38062.2597-0.82250.270.04260.2648-0.0036-0.17410.2380.01440.351653.70793.035211.5055
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2A18 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3A25 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4A43 - 51
5X-RAY DIFFRACTION5A52 - 64
6X-RAY DIFFRACTION6A65 - 70
7X-RAY DIFFRACTION7A71 - 77
8X-RAY DIFFRACTION8A78 - 87
9X-RAY DIFFRACTION9A88 - 94
10X-RAY DIFFRACTION10A95 - 113
11X-RAY DIFFRACTION11A114 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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